一.示例数据准备 数据格式如下: 二.作图 1.直接作图结果如下,默认蓝色渐变. 1 ggplot(df,aes(x=BP_A,y=P.value,colour=R2))+ 2 geom_point(size=2,shape=16) 2.双色梯度渐变,主要有函数scale_color_gradient()控制. 1 ggplot(df,aes(x=BP_A,y=P.value,colour=R2))+ 2 geom_point(size=2,shape=16)+ 3 scale_color_gr

安装:install.packages("ggplot2") 加载:library(ggplot2) Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象) 其中: data: 数据集,主要是data frame: Aesthetics: 美学映射,比如将变量映射给x,y坐标轴,或者映射给颜色.大小.形状等图形属性: Geometry: 几何对象,比如柱形图.直方图.散点图.线图.密度图等. 在ggplot2中有两个主要绘图函数:qpl

ggplot绘图之基本语法 2018年09月03日 22:29:56 一个人旅行*-* 阅读数 4332更多 分类专栏: R语言   1.ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离.按图层作图,保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性,并将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加是靠“+”号实现的,越后面其图层越高.

散点图简介 散点图通常是用来表述两个连续变量之间的关系,图中的每个点表示目标数据集中的每个样本. 同时散点图中常常还会拟合一些直线,以用来表示某些模型. 绘制基本散点图 本例选用如下测试数据集: 绘制方法是首先调用ggplot函数选定数据集,并在aes参数中指明横轴纵轴.然后调用散点图函数geom_point()便可绘制出基本散点图.R语言示例代码如下: # 基函数 ggplot(ah, aes(x = ageYear, y = heightIn)) + # 散点图函数 geom_point()

散点图也是目前R中的常用的图形之一 geom_point(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity", position = "identity",  na.rm = FALSE, ...) 从参数来看基本上也是常规的参数 下面来看些具体例子 library(ggplot2) p<-ggplot(economics,aes(pop,psavert)) p+geom_point() p+geom_point(ae

1.What is ggplot2 ggplot2基本要素 数据(Data)和映射(Mapping) 几何对象(Geometric) 标尺(Scale) 统计变换(Statistics) 坐标系统(Coordinante) 图层(Layer) 分面(Facet) 这里将从这些基本要素对ggplot2进行介绍. 2.数据(Data)和映射(Mapping) 以R自带的钻石的数据为例,由于样本量十分巨大,我们随机取一个子集来画图.参考:https://www.plob.org/article/726

[本文出自天外归云的博客园] 需求 1. Vue中使用ECharts画散点图 2. 在图中加入加均值线 3. 在图中标注出阴影区域 实现 实现这个需求,要明确两点: 1. 知道如何在vue中使用echarts 2. 要知道如何在echarts散点图中画均值线和阴影区域 在下面的代码option对象的series属性中用到了markLine和markArea,标注最值用到了markPoint. 所以去官方文档搜索标线.标点.标图的关键字要搜mark. 如何在vue中使用echarts见文末. 需要

绘制散点图(scatterplots)使用geom_point()函数,气泡图(bubblechart)也是一个散点图,只不过点的大小由一个变量(size)来控制.散点图潜在的最大问题是过度绘图:当一个位置或相邻的位置上出现有多个点,就可能把点绘制在彼此之上, 这会严重扭曲散点图的视觉外观,你可以通过使点变得透明(geom_point(alpha = 0.05))或者设置点的形状(geom_point(shape = "."))来帮助解决该问题. geom_point(mapping

ggplot2包中绘制点图的函数有两个:geom_point和 geom_dotplot,当使用geom_dotplot绘图时,point的形状是dot,不能改变点的形状,因此,geom_dotplot 叫做散点图(Scatter Plot),通过绘制点来呈现数据的分布,对点分箱的方法有两种:点密度(dot-density )和直方点(histodot).当使用点密度分箱(bin)方式时,分箱的位置是由数据和binwidth决定的,会根据数据进行变化,但不会大于binwidth指定的宽度:当使用

本文转载自http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=146&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D18 library(ggplot2)pathway = read.table("F:/R练习/R测试数据/R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")pp =

数据分析中应用到python中的ggplot库,可以用来画图 数据之类的用优达学院中课程七中的数据为例 数据是:https://s3.amazonaws.com/content.udacity-data.com/courses/ud359/hr_year.csv 散点图: gp=pandas.read_csv(hr_year_csv) gg=ggplot(gp,aes('yearID','HR'))+geom_point(color='red')+ggtitle(u'Total Hr by ye

例一 Michaelis-Menten动力学方程 这个例子中采用出自文献中的一组有关于浮萍氮摄取的数据,共2两个变量8个观测值,其中底物浓度与浮萍的氮取速率之间可以通过M-M动力学方程来进行描述.在这个例子中首先通过nls()根据M-M动力学方程进行模型拟合,然后用预测值进行了ggplot2绘图,主要采用了R里面的数学表示方法plotmath在图中展示了公式,并通过ggplot2种的theme对图像进行了修饰.需要注意的在geom_text()并不能直接使用expression,需要开启pars

qplot()函数 一年前就听说过ggplot,很多人都说ggplot强大,ggplot无所不能,从今天开始就让我们一起来见证一下这个神奇的R包. 首先要加载ggplot2: 1 if(!suppressWarnings(require('ggplot2'))){ 2 install.packages('ggplot2') 3 require('ggplot2') 4 } 先简单介绍一下diamonds数据集,diamonds数据集包含了约54000颗钻石的价格和质量信息.有 克拉重量(cara

df<-data.frame( x=c(3,1,5), y=c(2,4,6), label=c("a","b","c"))p<-ggplot(df,aes(x,y))+xlab(NULL)+ylab(NULL)p+geom_point()+labs(title="geom_point")p+geom_bar(stat="identity")+labs(title="geom_bar(s

# coding:utf-8 from matplotlib import pyplot as plt import numpy as np plt.style.use('ggplot') x = np.random.randn(200) y = x + np.random.randn(200) * 0.5 # 确定图的位置 margin_border = 0.1 width = 0.6 margin_between = 0.02 height = 0.2 left_s = margin_bor

1.二维散点图 二维散点图的函数原型: matplotlib.pyplot.scatter(x, y, s=None, c=None, marker=None, cmap=None, norm=None, vmin=None, vmax=None, alpha=None, linewidths=None, verts=None, edgecolors=None, hold=None, data=None, **kwargs) x, y对应了平面点的位置, s控制点大小, c对应颜色指示值,也就是

输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #Pathwy是ID,richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 # 改变点的大小 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) # 以基因的数目表示点大小 pbubble = pp + geom_point(aes(siz

上一篇说了qplot函数,现在说一下ggplot函数 本身不能实现,需要添加层才可以.ggplot2的核心函数 library(ggplot2) ggplot(airquality,aes(Wind,Temp)) + geom_point(col="steelblue",alpha=0.4,size=5) #做散点图,半透明蓝色大小为5.使用了两层. ggplot(airquality,aes(Wind,Temp)) + geom_point(aes(color=factor(Mont

R 可视化学习笔记 记参数挺费劲的,还是用的时候查官方文档吧,现在记个大概就行吧~ 1.ggplot2分层次绘图 1.1 核心理念 把绘图与数据分离,把数据相关的绘图与数据无关的绘图分离,按图层作图.ggplot2可以把绘图拆分成多个图层,且能够按照顺序创建多重图形 使用ggplot2包创建图形时,每个图形都是由函数ggplot()创建的,提供绘图的数据和映射 数据(data):数据框对象 映射(mapping):由aes()函数来设置映射 1.2 ggplot2绘图组件 列几种常见的部件 几何

当我们在绘制散点图的时候,可能会遇到点特别多的情况,这时点与点之间过度重合,影响我们对图的认知.为了更好地反映特征,我们可以加上点的密度信息,比如在原来散点所在的位置将密度用热图的形式呈现出来,再比如在主图的边缘加上直方图等来反映密度.具体实现如下: 先导入数据,除了ggplot2,还有一个ggExtra包 library(ggplot2) library(tidyverse) library(ggExtra) df=read.table("20191126P31_HTODemux_CiteFu

这里以火山图为例进行说明,在转录组分析中,火山图是很常见的一类图,纵轴表示p_value,横轴表示log (fold change).单一的散点图绘制很简单,火山图比较难处理的地方就是一些基因的注释,基因越多,加文本注释越困难,因为文字会堆在一起,看不清. 示例数据df1是转录组做差异表达后的部分结果,df2将logFC绝对值大于0.3的挑出来了. > head(df1) p_val avg_logFC class gene cd avg_logFC_new2 p_val_new 1 1.628