ggplot2绘制单细胞测序umap封面图

2024-08-25

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

单细胞测序技术(single cell sequencing)

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02 来源: 一呼百诺点击次数:6587关键词: 前言单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以

基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两

C#绘制立体三维饼状图

转载自原文 C#绘制立体三维饼状图(超酷) 内容原文地址:LINK [翻译]Julijan Sribar著3D Pie Chart一个用于绘制立体三维饼状图的C#类库[简介]本文的想法就是创建一个独立的能够用于绘制立体三维饼状图的类库.首先,它看起来非常简单,因为,在Graphics 类中已经有了一个叫DrawPie 的方法.这个方法接收开始角度和展开角度作为参数,因此,看上去不再有什么其它的问题了.不过它实现的是一个平面的圆饼图,我需要的是一个三维的透视图:如果你也正需要这样的一个控件,这篇文

绘制3D的托卡马克位形图的matlab脚本文件 ThreeD.m

% 绘制3D的托卡马克位形图, (V 0.1 by Jiale Chan for Y. H. Huang) % Dee Formula % 特征参数 rzero = 2.0; rmax = 0.75; eshape = 2.0; xshape = 0.4; % 极向角与环向角 theta = linspace(0, 2*pi, 50); phi = linspace(0, 1.3*pi, 50); % 将数据矩阵化 [phi_g, thet

PHP -- 七牛云在线视频获取某一帧作为封面图

### 最近碰到视频处理,需要视频封面? 但用的是七牛云存储视频,索性搜了一下,怎么获取视频的某一帧作为视频的封面图... 发现了七牛官网又自身的接口 ### https://developer.qiniu.com/dora/manual/1313/video-frame-thumbnails-vframe 在上传的视频链接加相应参数域名/1.mp4 获取第5秒为封面域名/1.mp4?vframe/png/offset/5

使用highcharts绘制美观的燃尽图

使用highcharts绘制美观的燃尽图助教在博客中介绍了两种绘制燃尽图的方法,但是我们组在使用时发现有些任务不适合写进issue,而且网站生成的燃尽图不是很美观,因此我们打算使用其他方法自己绘制燃尽图.经过简单调研,我们采用了highcharts来展现我们的燃尽图. demo与特点我们的燃尽图demo如下: demo 我们的燃尽图具有以下特点: 1 交互性图表利用highcharts的交互性,访问者可以和图表进行积极交互,获取更多有效信息,如下所示. 查询每日工作进度比较任意几天的工作

[math] 绘制空间几何体的直观图

这么多年,一直凭着从天而降的神来之灵感画着立体图. 而今才知道在二维平面上绘制空间几何体的直观图也是有方法的.叫做“画法几何” 1. 斜二测图就是倾斜y轴,使y轴与x轴成45度的夹角.见: http://222.197.192.76/jpkc/gczt/page/published_textbook/dtree/jxzt_textbook/jxzt_6_3.pdf 2. 正等测图三轴各成120度夹角.见: http://222.197.192.76/jpkc/gczt/page/publis

微信小程序分享支持自定义封面图

微信小程序又发布更新了,刚好昨天支付宝也发布小程序,不能让它抢了风头的节奏.微信小程序主要更新如下:“小程序分享支持自定义封面图,公众号及小程序客服可发送小程序卡片.同时,我们还开放了获取发票抬头,指纹识别等更多能力.” 1.小程序可自定义分享配图为帮助开发者给用户呈现最合适的小程序分享效果,我们开放了自定义分享卡片配图的能力.未定义分享卡片配图的,仍将由微信截屏,作为小程序分享卡片配图. 2.客服消息支持发送小程序卡片为便于用户使用小程序服务,客服接口能力升级: 公众号及小程序客服可给用户

[py][mx]django课程页显示city和机构封面图

city和课程机构信息展示到前台去 organization/views.py from django.views.generic.base import View from organization.models import CourseOrg, CityDict class OrgView(View): # 课程机构列表页 def get(self, request): all_orgs = CourseOrg.objects.all() all_citys = CityDict.obje

Qt绘制简单的风向玫瑰图代码

1.绘制简单的风向玫瑰图代码2.主要使用QPainter3.在子widget上绘制需要使用widget监视事件 eventfilter update();//更新界面 //镜头12 QPainter painter1(WindRose12)/**/; painter1.begin(WindRose12); painter1.setFont(QFont("宋体")); painter1.translate(WindRose12->width() >> 1, WindRo

用HTML5绘制的一个星空特效图

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多种方法爬取猫眼电影Top100排行榜,保存到csv文件,下载封面图

参考链接: https://blog.csdn.net/BF02jgtRS00XKtCx/article/details/83663400 https://www.makcyun.top/web_scraping_withpython1.html 因猫眼网站有些更新,参考链接中的部分代码执行报错,特修改一下 #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- import csv import re from multiprocessing.pool im

用Python 绘制分布（折线）图

用Python 绘制分布(折线)图,使用的是 plot()函数. 一个简单的例子: # encoding=utf-8 import matplotlib.pyplot as plt from pylab import * # 支持中文 mpl.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] # 'mentioned0cluster', names = ['mentioned1cluster','mentioned2cluster', 'mentioned3clu

单细胞测序|单细胞基因组|单细胞转录组|Gene editing|

单细胞测序单细胞基因组学测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一

使用JavaCV实现读取视频信息及自动截取封面图

概述最近在对之前写的一个 Spring Boot 的视频网站项目做功能完善,需要利用 FFmpeg 实现读取视频信息和自动截图的功能,查阅资料后发现网上这部分的内容非常少,于是就有了这篇文章. 视频网站项目地址 GitHub:https://github.com/PuZhiweizuishuai/PornTube 码云: https://gitee.com/puzhiweizuishuai/VideoWeb 本文将介绍如何利用Javacv实现在视频网站中常见的读取视频信息和自动获取封面图的功能

ggplot2绘制概率密度图

以下绘图以Weibull分布(韦伯分布.威布尔分布)为例关于Weibull分布(韦伯分布.威布尔分布),请参考本人博客http://www.cnblogs.com/wwxbi/p/6141501.html library(ggplot2) # 这里的d和y都有大小顺序 d<- seq(0, 5, length.out=10000) y<-dweibull(d, shape=5, scale=1, log = FALSE) df<-data.frame(x=d,y) ggplot(df,

ggplot2绘制Excel所有图

出处:https://brucezhaor.github.io/blog/2016/06/13/excel2ggplot/#%E5%89%8D%E8%A8%80 目录前言 1.用到的包 2.数据准备 3.数据转换柱形图 1.簇状柱形图 2.堆积柱形图 3.百分比堆积柱形图 4.三维簇状柱形图 5. 三维堆积柱形图 6.三维百分比堆积柱形图 7.三维柱形图——用分面替代折线图 1.折线图 2.堆积折线图 3.百分比堆积折线图 4.带标记的折线图 5.带标记的堆积折线图 6.带标记的百分比堆积

ggplot2绘制多图

参考链接:http://www.cnblogs.com/nxld/p/6065237.html ggplot2.multiplot是一个易于使用的功能,将多个图形在同一页面上使用R统计软件和GGPLOT2绘图方法.这个功能是从easyGgplot2包. 安装并加载easyGgplot2包,easyGgplot2 软件包可以安装如下: install.packages("devtools") library(devtools) install_github("easyGgplo

【R】用 ggplot2 绘制漂亮的分级统计地图

最近我一直尝试利用R绘制地图,我从网上找到了上百种不同的实现方法,然而其中却没有适用于我的数据的方法.最终,我从以下几个博客[1]中找到了灵感.我在整合这些资源的基础上,通过不断的试验和修正得到了一个较好地解决方案.这个方案就是本篇博文的主要内容. 本篇博文中展示了如何利用 ggplot2 来绘制分级统计地图,同时还介绍了如何更改图例.颜色等参数指标,以及如何导出图像文件. 数据预处理绘制分级统计地图需要一些软件包,你最好确认你的电脑中已经安装并加载了它们.我们利用 maptools 库中的

【开源】专业K线绘制[K线主副图、趋势图、成交量、滚动、放大缩小、MACD、KDJ等）

这是一个iOS项目雅黑深邃的K线的绘制. 实现功能包括K线主副图.趋势图.成交量.滚动.放大缩小.MACD.KDJ,长按显示辅助线等功能预览图最后的最后,这是项目的开源地址:https://github.com/yate1996/Y_KLine,如果帮到了你,麻烦点赞鼓励鼓励呗~(*^__^*) ~ 欢迎加群讨论其它无关内容

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