ggplot2绘制曼哈顿图

2024-11-05

ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？

本文首发于“生信补给站”,ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图进行绘制. 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包#install.pac

ggplot2绘制概率密度图

以下绘图以Weibull分布(韦伯分布.威布尔分布)为例关于Weibull分布(韦伯分布.威布尔分布),请参考本人博客http://www.cnblogs.com/wwxbi/p/6141501.html library(ggplot2) # 这里的d和y都有大小顺序 d<- seq(0, 5, length.out=10000) y<-dweibull(d, shape=5, scale=1, log = FALSE) df<-data.frame(x=d,y) ggplot(df,

ggplot2绘制多图

参考链接:http://www.cnblogs.com/nxld/p/6065237.html ggplot2.multiplot是一个易于使用的功能,将多个图形在同一页面上使用R统计软件和GGPLOT2绘图方法.这个功能是从easyGgplot2包. 安装并加载easyGgplot2包,easyGgplot2 软件包可以安装如下: install.packages("devtools") library(devtools) install_github("easyGgplo

R绘图第六篇：绘制线图（ggplot2）

线图是由折线构成的图形,线图是把散点从左向右用直线连接起来而构成的图形,在以时间序列为x轴的线图中,可以看到数据增长的趋势. geom_line(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity", position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE, ...) 线图中的常用参数: group:线的分组 alpha:线的透明度

扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇. 曼哈顿图优点大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵. 数据坐标轴介绍以上

R-forestplot包| HR结果绘制森林图

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货. 上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森林图的方法. 其中点估计值(置信区间)的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果,适

R绘制韦恩图 | Venn图

解决方案有好几种: 网页版,无脑绘图,就是麻烦,没有写代码方便极简版,gplots::venn 文艺版,venneuler,不好安装rJava,参见Y叔酷炫版,VennDiagram 特别注意: 目前主流的韦恩图都只支持5个类别,多了不能使用韦恩图. UpSet某种程度上可以显示多于5个类别,但是结果不是很直观,不推荐. library(ComplexHeatmap) m = make_comb_mat(venn.list) UpSet(m) 1. 网页版的就不说了,非常简单,直接输入数据就

R语言与医学统计图形-【33】生存曲线、森林图、曼哈顿图

1.生存曲线基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

用canvas绘制折线图

<!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>用canvas绘制折线图</title> </head> <body> <canvas id="cv"></canvas> </body> </html> <s

php中用GD绘制折线图

php中用GD绘制折线图,代码如下: Class Chart{ private $image; // 定义图像 private $title; // 定义标题 private $ydata; // 定义Y轴数据 private $xdata; // 定义X轴数据 private $seriesName; // 定义每个系列数据的名称 private $color; // 定义条形图颜色 private $bgcolor; // 定义图片背景颜色 private $width; // 定义图片的宽

使用Canvas绘制背景图

原文 http://www.imququ.com/post/use-canvas-as-background-image.html 最近iCloud Web的Beta版换了UI,整体风格变得和iOS7一致了.首页图标下方漂浮着若干大小不一的泡泡,十分梦幻.大家可以访问 beta.icloud.com 体验下,如果觉得泡泡不够多,还可以加上 crazyAwesome 参数让泡泡变得更加疯狂. 上面提到的泡泡效果,有许多种实现方案.本文要讨论的是iCloud使用的Canvas绘制背景图方案.这样做

Excel应该这么玩——7、我是预言家：绘制趋势图

让我们先看一个场景:你是公司销售部的员工,你手里有公司最近几年的销售额相关的数据,经理希望你预测下个月的销售额.盯着一堆数据,你或许会想到画一张XY坐标图,然后将每个月份的销售额标定为一个坐标.但是下个月的趋势是上升还是下降,值是多少,估计你只能凭感觉在坐标图上打一个点. 读完本文,你就有了很严谨的预测未来趋势的能力,不只是凭感觉哦. 假设存在下面一系列数据,第一行是区间值(例如第几个月),第二行的随着区间变化的值(例如销售额). 选中数据,菜单:插入->图表->散点图->带平滑线和数据

使用Excel 2007绘制甘特图

本文将教大家如何使用Excel 2007制作甘特图.Excel并未提供甘特图类型,但还是可以绘制甘特图的,方法就是通过对堆积条形图类型进行自定义,使之显示任务.任务工期和层次结构. 下面的过程可帮助创建甘特图(Gantt Chart),并且结果与上图相似.对于此图表,我们使用示例工作表数据.您可以将这些数据复制到工作表中,也可以使用自己的数据,只要使用的列标题和工作表结构是相同的. 将示例工作表数据复制到一个空白工作表中,或者打开包含要绘制到甘特图中的数据的工作表:注释 B 列和 C 列中(开始

【python】pandas & matplotlib 数据处理绘制曲面图

Python matplotlib模块,是扩展的MATLAB的一个绘图工具库,它可以绘制各种图形建议安装 Anaconda后使用 ,集成了很多第三库,基本满足大家的需求,下载地址,对应选择python 2.7 或是 3.5 的就可以了: https://www.continuum.io/downloads#windows 脚本默认执行方式: 1.获取当前文件夹下的1.log文件 2.将数据格式化为矩阵 3.以矩阵的列

利用Flex组件birdeye绘制拓扑关系图

birdeye绘制拓扑关系图 1.flex简单介绍 Flex 是一个高效.免费的开源框架,可用于构建具有表现力的 Web应用程序,这些应用程序利用Adobe Flash Player和Adobe AIR, 可以实现跨浏览器.桌面和操作系统.虽然只能使用 Flex 框架构建 Flex应用程序,但Adobe Flash Builder™(之前称为 Adobe Flex Builder™)软件可以通过智能编码.交互式遍历调试以及可视设计用户界面布局等功能加快开发. 另外,FLEX的另一个组件Sprin

R语言画全基因组关联分析中的曼哈顿图（manhattan plot）

1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

UUChart的使用--iOS绘制折线图

UUChart是一个用于绘制图表的第三方,尤其适合去绘制折线图. 二.下载地址: https://github.com/ZhipingYang/UUChartView 三.使用第一步.首先我们将下载下来的文件解压,里面有一个UUChar的文件夹,然后将整个文件夹都拖到项目里面.我们会发现里面有UUBar.h.UUChart.h等文件,这些就是UUChart的具体实现. 第二步.我们需要在引用的.h文件中引入 #import “UUChart.h" 然后实现代理 @interface curre

html5绘制折线图

html5绘制折线图详细代码 <html> <canvas id="a_canvas" width="1000" height="700"></canvas> <script> (function (){ window.addEventListener("load", function(){ var data = [100,-1000,0,700]; // 获取上下文 var a

HTML5 WebAudioAPI(四)--绘制频谱图2

绘制分析器数组所有数据.本文内容,承接上文 1.800宽度绘制 var url='../content/audio/海阔天空.mp3'; if (!window.AudioContext) { alert('您的浏览器不支持AudioContext'); } else { //创建上下文 var atx = new AudioContext(); var source = null; //使用Ajax获取音频文件 var request = new XMLHttpRequest(); reque

HTML5 WebAudioAPI(三)--绘制频谱图

HTML <style> #canvas { background: black; } </style> <div class="container"> <button class="btn btn-primary" id="playBtn"> <i class="glyphicon glyphicon-pause"></i> </button>

【译】在Asp.Net中操作PDF - iTextSharp - 绘制矢量图

原文 [译]在Asp.Net中操作PDF - iTextSharp - 绘制矢量图在上一篇iTextSharp文章中讲述了如何将现有的图片插入PDF中并对其进行操作.但有时,你需要在PDF中绘制不依赖于任何图片文件的矢量图形.iTextSharp既包含了绘制简单矢量图功能,也包含了绘制复杂矢量图的功能.这篇文章将会帮助你入门.本系列文章之前的文章如下: 在ASP.NET中创建PDF-iTextSharp起步在Asp.Net中操作PDF - iTextSharp - 使用字体在Asp.Net

ggplot2绘制曼哈顿图

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