ggplot2绘制GO富集柱形图

2024-08-24

ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢

绘制pathway富集散点图

本文转载自http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=146&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D18 library(ggplot2)pathway = read.table("F:/R练习/R测试数据/R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")pp =

【R】用 ggplot2 绘制漂亮的分级统计地图

最近我一直尝试利用R绘制地图,我从网上找到了上百种不同的实现方法,然而其中却没有适用于我的数据的方法.最终,我从以下几个博客[1]中找到了灵感.我在整合这些资源的基础上,通过不断的试验和修正得到了一个较好地解决方案.这个方案就是本篇博文的主要内容. 本篇博文中展示了如何利用 ggplot2 来绘制分级统计地图,同时还介绍了如何更改图例.颜色等参数指标,以及如何导出图像文件. 数据预处理绘制分级统计地图需要一些软件包,你最好确认你的电脑中已经安装并加载了它们.我们利用 maptools 库中的

R语言绘图：ggplot2绘制ROC

使用ggplot2包绘制ROC曲线 rocplot<- function(pred, truth, ...){ predob<- prediction(pred, truth) #打印AUc perf.auc<- performance(predob, measure = 'auc', x.measure = 'cutoff') # perf<- performance(predob, 'tpr','fpr') df<- data.frame(x = attributes(p

ggplot2绘制Excel所有图

出处:https://brucezhaor.github.io/blog/2016/06/13/excel2ggplot/#%E5%89%8D%E8%A8%80 目录前言 1.用到的包 2.数据准备 3.数据转换柱形图 1.簇状柱形图 2.堆积柱形图 3.百分比堆积柱形图 4.三维簇状柱形图 5. 三维堆积柱形图 6.三维百分比堆积柱形图 7.三维柱形图——用分面替代折线图 1.折线图 2.堆积折线图 3.百分比堆积折线图 4.带标记的折线图 5.带标记的堆积折线图 6.带标记的百分比堆积

ggplot2绘制概率密度图

以下绘图以Weibull分布(韦伯分布.威布尔分布)为例关于Weibull分布(韦伯分布.威布尔分布),请参考本人博客http://www.cnblogs.com/wwxbi/p/6141501.html library(ggplot2) # 这里的d和y都有大小顺序 d<- seq(0, 5, length.out=10000) y<-dweibull(d, shape=5, scale=1, log = FALSE) df<-data.frame(x=d,y) ggplot(df,

ggplot2绘制多图

参考链接:http://www.cnblogs.com/nxld/p/6065237.html ggplot2.multiplot是一个易于使用的功能,将多个图形在同一页面上使用R统计软件和GGPLOT2绘图方法.这个功能是从easyGgplot2包. 安装并加载easyGgplot2包,easyGgplot2 软件包可以安装如下: install.packages("devtools") library(devtools) install_github("easyGgplo

R语言绘图：时间序列分析 ggplot2绘制ACF PACF

R语言真是博大精深方法一 Acf(gold[,2], type = "correlation",lag.max = 100) Acf(gold[,2], type = "partial") 方法二 library(ggfortify) autoplot(acf(gold[,2], plot = FALSE)) 方法三 bacf <- acf(gold[, 2], plot = FALSE) bacfdf <- with(bacf, data.frame

SVG绘制随机的柱形图+php

<!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Title</title> <style> body{ text-align: center; } svg{ background: #ddd; } </style> </head> <body> <sv

R-forestplot包| HR结果绘制森林图

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货. 上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森林图的方法. 其中点估计值(置信区间)的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果,适

GGPLOT2-plotly |让你的火山图“活”过来

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P值(P值),值越大差异越显着.原因得名也许的英文因为查询查询结果图像火山吧一载入R函数包及数据集 library(ggplot2)data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row.names = 1) head(data) #查看数据类型,主要有P值,Fold change和基因ID即可. 二ggplot

R-plotly|交互式甘特图（Gantt chart）-项目管理/学习计划

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/CGz51qOjFSJ4Wx_qOMzjiw 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 甘特图(Gantt chart),又常被称为横道图或者条状图,是现代企业项目管理领域运用最为广泛的一种图示.就是通过条形来显示项目的进度.时间安排等相关情况的. 项目管理外,也可以用来管理学习计划.绘制甘特图的工具有很多,本文介绍使用R-plotly包绘制交互式的甘特图,保存html链接后,即可

ggstatsplot绘图|统计+可视化，学术科研神器

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. ggstatsplot是ggplot2包的扩展包,可以同时输出美观的图片和统计分析结果,对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用. 一准备数据 gapminder 数据集包含1952到2007年间(5年间隔)的142个国家的life expectancy, GDP per capita, 和 po

精心整理（含图版）|你要的全拿走！（R数据分析，可视化，生信实战）

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及

KEGG富集分析散点图.md

输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #Pathwy是ID,richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 # 改变点的大小 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) # 以基因的数目表示点大小 pbubble = pp + geom_point(aes(siz

R语言 ggplot2包

R语言 ggplot2包的学习分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加

R语言ggplot2 简介

ggplot2是一个绘制可视化图形的R包,汲取了R语言基础绘图系统(graphics) 和l attice包的优点,摒弃了相关的缺点,创造出来的一套独立的绘图系统: ggplot2 有以下几个特点: 1) 图形映射, 自动化的将数据映射到图形上: 2) 图层叠加, 将不同形状的图表视为图层(layer), 可以方便的进行叠加 3)提供了范围控制(scale), 坐标系转换(coord), 分面(facet)等特性: 先看一个最简单的例子,用ggplot2 绘制一副散点图: 代码示例: libr

R数据可视化手册学习简单的绘制常见的图形

1.绘制散点图 # 使用ggplot2 library(ggplot2) ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point() 2.绘制折线图 # 使用ggplot library(ggplot2) # 绘制第一条折线附有数据点 g <- ggplot(data = pressure, aes(x = temperature, y = pressure)) + geom_line(color = "blue") +

JFreeChart生成柱形图(2) (转自 JSP开发技术大全)

JFreeChart生成柱形图(2) (转自 JSP开发技术大全) 14.2 利用JFreeChart生成柱形图14.2.1 利用DefaultCategoryDataset数据集绘制柱形图通过JFreeChart插件,既可以生成普通效果的柱形图,也可以生成3D效果的柱形图.如果想生成普通效果的柱形图,需要通过工厂类ChartFactory的createBarChart()方法获得JFreeChart类的实例:如果想生成3D效果的柱形图,需要通过工厂类ChartFactory的createBa

ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？

本文首发于“生信补给站”,ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图进行绘制. 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包#install.pac

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