何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类. 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路.这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素.生长因子.细胞因子.神经递质以及其它小分子化合物等. 富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等. Go分析能够缩小查询基因的范围 BINGO :  查询这条通

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy

一.一条从细胞表面到细胞核的通路 二.Ras蛋白处于复杂信号级联的中心位置 胞外信号→酪氨酸激酶受体→Shc→Grb→Sos→Ras 三.酪氨酸的磷酸化控制着许多胞内信号蛋白的定位与活动 Src蛋白的同源结构域 SH1:催化 SH2:受体,识别特异的磷酸化多肽 还可以与一个伴侣蛋白相结合(一些酶) 这样使得这些蛋白能够依靠SH2二锚定在一些位点:特异磷酸化酪氨酸的位点 SH2这样可以与伴侣蛋白结合的结构域可以与别的蛋白组合,组合后的蛋白可以识别特异的结构(如磷酸化的酪氨酸残基),从而这些蛋白被募

KRAS基因 一个是KRAS1,位于chr6 短臂上,是一个“假基因”,它不能被转录成RNA,故没有功能的 另一个是KRAS2,位于chr12 短臂上..是“真基因”,是能够转录.并且翻译成蛋白的,是有生物学活性的.188个aa,它的分子量是21.6KD. KRAS在细胞生长的信号调控中,起着一个枢钮的作用. 上游的EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4等细胞表面受体,在接收到了外界信号之后,会通过RAS蛋白,把信号传递到下游. 而KRAS是RAS蛋白中的重要一员

EMC信号完整性落地实测1---走出玄学 无论我们从51单片机,STM32电路,运放,传感器,ADC采集还是可控硅晶闸管等等电源电路跨入到电子工程师的行业,我们通常会长时间处于低频的电子电路设计调试阶段,通常我们处理的是几百Hz或者几K Hz的信号通路.偶尔会有RS232,RS485,IIC,SPI或者CAN总线之类的通讯让我们的PCB经历几百K Hz的信号.这些其实涵盖了大部分的电子应用场景,我们在这个阶段更多的关注电路功能的实现,并没有也不太需要考虑信号完整性或者EMC的问题. 总有一天我们

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达 在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序

肿瘤免疫治疗,实际上分为两大类.一种把肿瘤的特征“告诉”免疫细胞,让它们去定位,并造成杀伤:另一种是解除肿瘤对免疫的耐受/屏蔽作用,让免疫细胞重新认识肿瘤细胞,对肿瘤产生攻击(一般来说,肿瘤细胞会巧妙伪装,逃脱免疫的监视). 第一种情况,因为要利用机体自身的免疫细胞,因此,目前多为免疫细胞治疗:后一种主要是阻断被屏蔽的免疫信号,因此,多为小分子药物和抗体药物,如大家熟知的PD-1/PD-L1一类,当然,还有其它类别,甚至联合应用效果更好. 而在第一种情况(免疫细胞治疗)中,一直是研究的热点.包括

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组

文献名:Label-Free Proteomic Analysis of Exosomes Secreted from THP-1- Derived Macrophages Treated with IFN‑α Identifies Antiviral Proteins Enriched in Exosomes 期刊名:Journalof Proteome Research 发表时间:December 14, 2018 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00514 单位:

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics 上的一篇关于人胃肠道间质瘤亚群蛋白质组图谱的文章,题目是Proteomic maps of human gastrointestinal stromal tumor subgroups,通讯作者是四川大学生物治疗国家重点实验室的戴伦治. 胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumor, GIST)是一种起源于胃肠道间叶组织的肿瘤,也是最为常见的胃肠道肉瘤(Gastrointest

本文首发于公众号“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图) R-maftools包绘制组学突变结果(MAF)的oncoplot或者叫“瀑布图”,以及一些细节的更改和注释. 本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用,为更易理解和重现,本次使用TCGA下载的LIHC数据. 一 数据部分 setwd("C:\\Users\\Maojie\

题目:Quantitative Proteomics of Th-MYCN Transgenic Mice Reveals Aurora Kinase Inhibitor Altered Metabolic Pathways and Enhanced ACADM To Suppress Neuroblastoma Progression 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:September 27, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteom

文献名:A Systems-Level Characterization of the Differentiation of Human Embryonic Stem Cells into Mesenchymal Stem Cells(人类胚胎干细胞到间充质干细胞的分化的系统性表征) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年10月) 单位: Camargo Cancer Center University of Southern Denmar

题目:Associations of the Fecal Microbial Proteome Composition and Proneness to Diet-induced Obesity 期刊:Mol Cell Proteomics IF:5.236 发表日期:2019年9月 单位:乔治亚州立大学生物医学科学研究所,加州大学圣地亚哥分校等 物种:小鼠 技术:16S rRNA,TMT 10-plex宏蛋白质组 一. 研究背景 高脂肪低纤维饮食促进肥胖的发展,尽管遗传因素在决定对这种致肥胖饮

急性髓系白血病 ( acute myeloid leukemia, AML ) 是成年人常见的血液系统恶性肿瘤之一,主要表现为髓系原始细胞克隆性恶性增殖及正常造血细胞功能抑制.在AML基因突变图谱中,fms样酪氨酸激酶3 ( fms-like receptor tyrosine kinase 3, FLT3 ) 基因突变最为常见,存在于约1/3初诊AML患者.FLT3突变形式主要包括跨膜区内部的串联重复突变 ( ITD ) 和累及活化环中的点突变( TKD ) 两种形式.虽然这些突变影响细胞功能

背景: 需要使用到USB协议,我一直尝试着去强记这个流程,现在看来,其实不用.看多了,把这个过程具象出来,就牢牢记住了. 正文: 正文转自:http://fangjian0518.blog.163.com/blog/static/5591965620116283232431/ 一 枚举过程: ◆ 用户将一个USB设备插入USB端口,主机为端口供电,设备此时处于上电状态. ◆主机检测设备. ◆集线器使用中断通道将事件报告给主机. ◆主机发送Get_Port_Status(读端口状态)请求,以获取更

1 PCB布线与布局 PCB布线与布局隔离准则:强弱电流隔离.大小电压隔离,高低频率隔离.输入输出隔离.数字模拟隔离.输en入输出隔离,分界标准为相差一个数量级.隔离方法包括:空间远离.地线隔开. 2 PCB布线与布局 晶振要尽量靠近IC,且布线要较粗 3 PCB布线与布局 晶振外壳接地 4 PCB布线与布局 时钟布线经连接器输出时,连接器上的插针要在时钟线插针周围布满接地插针 5 PCB布线与布局 让模拟和数字电路分别拥有自己的电源和地线通路,在可能的情况下,应尽量加宽这两部分电路的电源与地线