target_gene_id <- unique(read.delim("miRNA-gene interactions.txt")$EntrezID) # BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler") # BiocInstaller::biocLite("org.Hs.eg.db") display_number = c(, , ) ## GO enrichment with clusterProf

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组

版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/details/94549627 GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Molecular Function).生物过程(Biological Proc

本文介绍了android中如何使用achartengine绘制饼图和柱状图,请分别尝试饼图和柱状图,曲线图. 先看效果图: 先看看获取数据: Workbook workbook = Workbook.getWorkbook(file);workbook.getNumberOfSheets();//获得第一张工作表Sheet sheet = workbook.getSheet(0); int Rows = sheet.getRows(); //行数int Cols = sheet.getColum

在Windows下使用客户端,直接可以打开.plt文件的gnuplot格式的文件,open->xx.plt 在Linux下使用shell 运行gnuplot脚本, 结果一闪而过.解决办法是在 程序末尾+一句: pause -1 #让程序永久暂停 操蛋的GNUPLOT命令简写,本来命令就很多,现在都用简写,谁tm知道是什么意思,而且还不好查.文档里面也是一大坨.简写是方便了,但是 让新手玩家欲哭无泪.所以本屌觉得这是个傻逼的 缩写方案. 转自:http://qbk378.lofter.com/ 谈

之前我们讲到wpf组件基类以及组件开发,现在我们围绕之前的内容去开发一个组件. 效果图请加群查看,在群共享里面. 做出这个呢  是比较繁琐的. 首先要使用我们的基类 继承基类的模板自动生成如下几个文件:HrvColumnSeries这四个文件   HrvColumnSeries.cs是去设置组件的名称和组件在列表上显示的图片,我们所做的组件不是在vs上使用,而是在我们自己开发的设计器上,所以需要这些. 代码如下: public class HrvColumnSeries : ComponentB

废话不多说,使用extjs+amcharts创建3d柱状图和数据表实例,如下: 1.首先定义一个数据模型 Ext.define("cacheHijack", { extend : 'Ext.data.Model', fields : [ { name : 'id', type : 'double' }, { name : 'site', type : 'string' }, { name : 'domain', type : 'string' }, { name : 'date', t

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过

一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过程或者表示多个数据之间的差异. 1.引入javascrippt 使用flotr2这个JavaScript库来创建图表.使用flotr2之前,不需要引入其他的JavaScript库(比如jquery),但是flotr2必须依赖HTML5的canvas元素的支持.canvas支持的主流浏览器有:chro

Java创建图表其实还是很方便的,但是要引入相关的jar包.如下 jfreechart.jar jcommon,jar gnujaxp.jar 其中最主要的是jfreechart.jar. 下面就让我们先看看创建的图标的运行结果吧. 是不是感觉很生动形象,一目了然呢? 下面让我们一一拉进行分析吧首先是柱状图 我已经在代码中做好了注释,可以直接拿过来使用. package mytest; import java.awt.FlowLayout; import java.awt.Font; impor

一.函数原型 matplotlib.pyplot.bar(left, height, alpha=1, width=0.8, color=, edgecolor=, label=, lw=3) 1. left:x轴的位置序列,一般采用range函数产生一个序列,但是有时候可以是字符串 2. height:y轴的数值序列,也就是柱形图的高度,一般就是我们需要展示的数据: 3. alpha:透明度,值越小越透明 4. width:为柱形图的宽度,一般这是为0.8即可: 5. color或faceco

GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具    用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析.此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具,该分类系统使用GO注释进行最新维护.PANTHER分类系统在Mi H等人,PMID:23868073中有详细说明.支持基因ID的列表可以从PANTHER网站获得. 使用GO富集分析工具 1.粘贴或键入要分析的基因的名称,每行一个或用逗号

我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性.GO总共有三个ontology(本体),分别描述基因的分子功能(molecular function).细胞组分(cellular compon

Halcon算子解释大全 Halcon/Visionpro视频教程和资料,请访问 重码网,网址: http://www.211code.com Chapter 1 :Classification 1.1 Gaussian-Mixture-Models 1.add_sample_class_gmm 功能:把一个训练样本添加到一个高斯混合模型的训练数据上. 2.classify_class_gmm 功能:通过一个高斯混合模型来计算一个特征向量的类. 3. clear_all_class_gmm 功能

题目:最大的矩形柱状图 难度:hard 题目内容: Given n non-negative integers representing the histogram's bar height where the width of each bar is 1, find the area of largest rectangle in the histogram. 翻译: 给定n个非负整数表示直方图的杆高度,其中每个条的宽度为1,找出直方图中最大矩形的面积. Above is a histogra

简介 ECharts,缩写来自Enterprise Charts,商业级数据图表,基于[HTML5]Canvas (ZRender),纯Javascript图表库,是百度的一个开源的数据可视化工具,业界给予了很多赞誉,这里不多说,需要了解详情的同学参见官网.我简略看了下,最贴切的地方在于本地化支持,比如对于中国地图的支持. 名词解释     基本名词 名词 描述 chart 是指一个完整的图表,如折线图,饼图等“基本”图表类型或由基本图表组合而成的“混搭”图表,可能包括坐标轴.图例等 axis

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K

用Python 绘制 柱状图,使用的是bar()函数. 一个简单的例子: # 创建一个点数为 8 x 6 的窗口, 并设置分辨率为 80像素/每英寸 plt.figure(figsize=(10, 10), dpi=80) # 再创建一个规格为 1 x 1 的子图 # plt.subplot(1, 1, 1) # 柱子总数 N = 10 # 包含每个柱子对应值的序列 values = (56796,42996,24872,13849,8609,5331,1971,554,169,26) # 包含

昨天晚上本来打算花一点时间把之前学的柱状图改一下,用CSV文件来替换自定义数据.这一替换可不得了,一晚上就搭进去了,还好今早找到了问题的所在,原因在于我的数据引用出了问题. 现在就来讲解一下如何画一个柱状图吧: 柱状图的画法和折线图其实很类似,只要掌握了比例尺的用法和坐标轴的画法,我们只要在此基础上添加“rect”元素添加矩形就可以了,但这其中也有一些要点,我会在其中标出,希望对你有用. 对于d3不同版本带来的代码不适用的解决办法:1).下载对应的v3或者v4版本加到代码引用里可以解决. 2).