ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh38.feature.info ENSG00000000003 TS

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc

今天做愤怒的小鸟时,播放的时候非常非常小,怎么也查不到原因,就去问群里的大佬.原来, 播放音乐的方法: AudioSource.PlayClipAtPoint(audioclip, transform.position ,1.0f); 第一个参数为声音文件,第二个为播放的位置(2d游戏的话无所谓),第三个为声音大小0-1 默认1 Unity里还自带一个AudioListener,相当于音频监听器, 每个摄像机上都默认带一个,但游戏中只允许携带一个, 所以会出现听不到声音的情况!!!

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish. gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo组装后,得到contig,必须使用三代(尤其是没有consensus,比如minimap2+miniasm),二代进行纠错.NextPolish是一个非常不错的选择,同时支持三代,二代,hifi进行纠错. 1 安装 本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后 tar -v

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,

linux中的文件复制命令——CP linux中文件剪切的命令——MV 1.问题背景 今天在某个目的动作过程中想把一个文件夹下的文件复制到另外的一个文件夹下 cp -fr   ./dir1/   /dir2/ 发现终端一直在提示运行中,就是一直在复制,好一会儿都没有停.我要复制的文件都不是很大,全部加起来也就80M的样子,但是有很多零散的小文件,很多. 此时我已经按下enter很久了....但是提示符一直闪啊闪...就是不停 2,问题探索 看看究竟发生了什么 cp -vfr   ./linux-

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

http://www.fungenomics.com/article/30 [专题]基因组学技术专题(二)-- 为什么说FPKM/RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具.它支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理.一般的使用方法是: wget + 空格 + 参数 + 要下载文件的url路径,例如: 1wget http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz Wget常用参数 -b:后台下载,W

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2.官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml HISAT2安装 下载HISAT2-2.0.1,并解压: unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑. # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此

生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 ​ 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道怎么才能学好.翻开厚厚的一本教材,却不知道哪些是重点.Linux的核心知识有哪些,就像英语的核心词汇一样.这篇文章,给你答案. 只要几个小时,掌握生信所需的90%以上的Linux知识,让你一举攻克Linux难关.--生信老司机 man - 获得帮助 man ls # 许多Linux自带命令可以通过m

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA.miRNA等 4. snRNA.miRNA等结果的统计 1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA,它们转录后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能,并不需要翻译成蛋白质. 2. 软件 tRNA注释 一般用tRNAscan-SE,老牌软件

目录 需求 实现 需求 已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序. 原顺序: 想要的排序结果: 实现 使用bioawk,没有的话conda直接安装. bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa | \ sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa https://www.biostars.org/p/494201/

最近使用SQL*Plus命令生成html文件,遇到一些有意思的知识点,顺便记录一下,方便以后需要的时候而这些知识点又忘记而捉急.好记性不如烂笔头吗! 为什么要用SQL*Plus生成html文件?   有些人肯定会问,我使用SQL*Plus为什么要生成html文件呢? SQL*Plus本身就是一个命令工具,生成html文件有必要吗? 下面是个人的一些看法,如有不对,敬请指正: 有很大一部分ORACLE DBA都习惯使用SQL*Plus管理.维护数据库,而且命令玩得相当熟.相当溜, SQL*Plus

Tika常见格式文件抽取内容并做预处理 作者 白宁超 2016年3月30日18:57:08 摘要:本文主要针对自然语言处理(NLP)过程中,重要基础部分抽取文本内容的预处理.首先我们要意识到预处理的重要性.在大数据的背景下,越来越多的非结构化半结构化文本.如何从海量文本中抽取我们需要的有价值的知识显得尤为重要.另外文本格式常常不一,诸如:pdf,word,excl,xml,ppt,txt等常见文件类型你或许经过一番周折还是有办法处理的.倘若遇到database,html,邮件,RTF,图像,语音

在 ASP.NET Core 中添加静态文件 虽然ASP.NET主要大都做着后端的事情,但前端的一些静态文件也是很重要的.在ASP.NET Core中要启用静态文件,需要Microsoft.AspNetCore.StaticFiles组件.可以通过Nuget添加,或者在project.json配置文件中添加: 然后在Startup类中的Configre方法里调用UseStaticFiles扩展方法来实现: public void Configure(IApplicationBuilder app

一.引言 说明几个I/O函数:open.read.write.lseek和close,这些函数都是不带缓冲(不带缓冲,只调用内核的一个系统调用),这些函数不输入ISO C,是POSIX的一部分: 多进程共享资源(包括文件)时,会有很多额外的烦恼,需要对共享资源.原子操作等概念深入理解,需要理解涉及的内核有关数据结构,这些数据结构对理解文件.共享有重要作用: 最后介绍dup.fcntl.sync.fsync和ioctl函数. 二.文件描述符 open或creat文件时,内核--文件描述符fd-->

1.grep "status_bar_height" * -nR /* 搜索文件中有很多不存在的文件出现 */ 2.grep -nsr "status_bar_height" ./ /* 搜索文件中没有不存在的文件出现 */