RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

等着咧!伍家篇什么时候出?这就出. 城东C位之路!- 诸葛磊 好几个粉丝已经在催了,诸葛磊决定改变下写作策略,伍家岗篇分版块用小篇幅来写,这样文章不至于太长,否则又是一篇洋洋洒洒上万字的文章,粉丝看着也累.好了,言归正传,这是北漂IT男返乡2年的三线楼市观察之宜昌伍家岗上篇,这篇主要详细剖析伍家岗城东板块的C位崛起之路. 为什么先写城东板块,诸葛磊觉得伍家岗城东板块跟东山板块有相似之处,比较接近,当然也有不同之处.上一篇才写了东山篇,这一篇来写城东篇,正好有个对比分析. 城东与东山的相似之处 1

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达 在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序

蕾妮·瓦林特(Renee Valint)的女儿谢尔碧(Shelby)在2000年出生时.看起来虚弱无力,就如同一仅仅耷拉着的布娃娃.谢尔碧学着走路和说话,但学得很慢.错过了儿童发展的重要阶段.到4岁时.她还仅仅能坐在轮椅上.到五年级时,她開始要用电子语音设备与人交流.绝望无助的蕾妮把女儿从菲尼克斯带到明尼苏达州罗切斯特的梅奥诊所(Mayo Clinic).进行最后一周的检查.并与美国最好的一些医生讨论病情. "他们都把手一摊,说:'我们不知道她出了什么问题.'"蕾妮说道,"那

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的

网络图(Network)看似复杂,其实构成非常简单,网络图是一种图解模型,形状如同网络,故称网络图,由节点(node)和连线(edge)两个因素组成的.其中 node 又分为 source node(源节点)和 target node(目标节点)两个因素组成的.这里的 node 就是我们的基因,edge 就是基因间的相互作用关系.任何网络图都不外乎这些构成成分.知道了网络图的构成之后,再做图分析就很简单了. 节点(node) 所谓的节点,就是我们要分析的基因.在一个网络图当中往往有数十个乃至上百

网址:https://learning.oreilly.com/library/view/graph-algorithms-/9781492060116/ 你肯定没有读过这本书,因为这本书的发布日期是2019年5月.本文会覆盖该书的大部分内容,读完这篇,你能够了解图算法的基本概念.关于此书,作为市面上为数不多的面向数据科学应用的图算法书籍,写的比较全面系统和易懂.当然,书在细节上的提高空间还有很多.今天内容很多,坐稳~ 目录 图算法 & 图分析 图基础知识 连通图与非连通图 未加权图与加权图 有

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是指从不同组织来源的cDNA序列.这一概念首次由Adams 等于1991年提出.近年来由此形成的技术路线被广泛应用于基因识别.绘制基因表达图谱.寻找新基因等研究领域,并且取得了显著成效.在通过mRNA差异显示.代表性差异分析等方法获得未知基因的cDNA部分序列后,研究者都迫切希望克隆到其全长cDNA序列,以便对该基因的功能进行研究.

原创博文:转载请标明出处:http://www.cnblogs.com/zxouxuewei 零.boot的含义 先问一个问题,"启动"用英语怎么说? 回答是boot.可是,boot原来的意思是靴子,"启动"与靴子有什么关系呢? 原来,这里的boot是bootstrap(鞋带)的缩写,它来自一句谚语: "pull oneself up by one's bootstraps" 字面意思是"拽着鞋带把自己拉起来",这当然是不可能

零.boot的含义 先问一个问题,”启动”用英语怎么说? 回答是boot.可是,boot原来的意思是靴子,”启动”与靴子有什么关系呢? 原来,这里的boot是bootstrap(鞋带)的缩写,它来自一句谚语: "pull oneself up by one's bootstraps" 字面意思是”拽着鞋带把自己拉起来”,这当然是不可能的事情.最早的时候,工程师们用它来比喻,计算机启动是一个很矛盾的过程:必须先运行程序,然后计算机才能启动,但是计算机不启动就无法运行程序! 早期真的是这样

欢迎装载请说明出处:http://blog.csdn.net/yfqnihao                 在了解java虚拟机的类装载器之前,有一个概念我们是必须先知道的,就是java的沙箱,什么是java的沙箱,java的沙箱总体上经历了这么一个过程,从简单的java1.0的基础沙箱到java1.1的基于签名和认证的沙箱到后来基于基础沙箱+签名认证沙箱的java1.2的细粒度访问控制.                   java的沙箱是你可以接受来自任何来源的代码,但沙箱限制了它进行可

[编者按]本文作者为 John Matson,主要介绍 mysql 性能监控应该关注的 4 大指标. 文章系国内 ITOM 管理平台 OneAPM 编译呈现.    MySQL 是什么? MySQL 是现而今最流行的开源关系型数据库服务器.由 Oracle 所有,MySQL 提供了可以免费下载的社区版及包含更多特性与支持的商业版.从 1995 年首发以来,MySQL 衍生出多款备受瞩目的分支,诸如具有相当竞争力的 MariaDB 及 Percona. 关键 MySQL 统计指标 如果你的数据库运

在官网上下载与操作系统对应的JDK(http://www.oracle.com/index.html) 比如我的安装路径是E:\jdk1.7.0_51\JDK 右击计算机---->属性---->高级系统设置---->高级---->环境变量 在系统变量中的新建一个环境变量,变量名为JAVA_HOME,变量值为E:\jdk1.7.0_51\JDK 在Path环境变量的最前面添加%JAVA_HOME%\bin; 在dos控制台下输入javac命令,如果有信息则配置成功 说明: 1.配置P

java的class只在需要的时候才内转载入内存,并由java虚拟机的执行引擎来执行,而执行引擎从总的来说主要的执行方式分为四种, 第一种,一次性解释代码,也就是当字节码转载到内存后,每次需要都会重新的解析一次, 第二种,即时解析,也就是转载到内存的字节码会被解析成本地机器码,并缓存起来以提高重用性,但是比较耗内存, 第三种,自适应优化解析,即将java将使用最贫乏的代码编译成本地机器码,而使用不贫乏的则保持字节码不变,一个自适应的优化器可以使得java虚拟机在80%-90%的时间里执行优化过的

Servlet是线程不安全的,Struts1是基于Servlet的框架 而Struts2是基于Filter的框架,解决了线程安全问题 因此Struts1和Struts2基本没有关系,只是创造者取名问题 接下来搭建并测试 下载Struts2:https://struts.apache.org/ 解压后目录如下: apps中的是示例.docs是文档.lib是类库.src是源码 导包不需要导入lib中全部的包,导入这些即可 简单写一个Action类: package hello; public cla

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

[编者按]本文作者为 John Matson,主要介绍 mysql 性能监控应该关注的4大指标. 第一部分将详细介绍前两个指标: 查询吞吐量与查询执行性能.文章系国内 ITOM 管理平台 OneAPM 编译呈现. MySQL 是什么? MySQL 是现而今最流行的开源关系型数据库服务器.由 Oracle 所有,MySQL 提供了可以免费下载的社区版及包含更多特性与支持的商业版.从1995年首发以来,MySQL 衍生出多款备受瞩目的分支,诸如具有相当竞争力的 MariaDB 及 Percona.

https://kotlinlang.org/docs/reference/  官方 https://github.com/JetBrains/kotlin/releases   Kotlin SDK https://github.com/JetBrains/kotlin Kotlin Programming Language Welcome to Kotlin! Some handy links: Kotlin Site Getting Started Guide Try Kotlin Kot

参考:高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本. Isogroup 指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群. alternative splicing:可变剪切 gene loci:基因座(wiki), 转录表达谱:又叫基因表达谱,翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱. 表达谱差异分析(differential expression profilin