注意:本文的内容主要来自于GATK官网的讲解,所以vcf也是GATK产生的,用其他caller,比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致. 参考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268/what-is-a-vcf-and-how-should-i-interpret-it VCF:由HEADER和RECORDS组成. RECORDS的FORMAT内容详解: QUAL:指的是caller正确的识别该变异位

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

关于Vuex可以这样简单理解 作者:狐狸家的鱼 本文链接:关于Vuex GitHub:sueRimn 概念理解 和大多数文章都一样,从概念解释到引出问题再举例解决问题. 官网中,Vuex是状态管理模式,将所有组件的状态集中式存储管理,并在相应的规则中发生变化. 在我的理解中,组件的状态就是数据,Vuex就是一个集中存储管理所有组件的数据的仓库,当组件需要数据时,从仓库中获取对应数据. 如果Vuex是一个仓库,那将整个项目比作超市,每个组件比作超市里不同的货架,货架上要摆放的货物就是状态(数据),

传送门(牛客网我做过的每到题目答案以及解析) sql定义: 结构化查询语言(Structured Query Language)简称SQL,是一种特殊目的的编程语言,是一种数据库查询和程序设计语言,用于存取数据以及查询.更新和管理关系数据库系统. 概述 作为一个非DBA,我们日常中用到sql最多得到是查询,比说内连,外联,交并补之类的,再多一些就是插入,更新,删除很少用,一般都是逻辑查询.像存储过程,触发器很少用的,这里点到为止,不深究. 备注:本人一年经验,超级小菜鸟,一点小建议,若有错误欣然

(9)正则表达式和re模块(重点模块) 在我们学习这个模块之前,我们先明确一个关系.模块和实际工作的关系. 1)模块和实际工作时间的关系 1.time模块和时间是什么关系?time模块和时间本身是没有关系的,但是在实际的开发的过程中,我们使用time模块可以使我们更加的方便的操作时间,获取到时间的值. 2.re模块和正则表达式之间的关系 有了re模块就可以在python语言中操作正则表达式了. 就算没有了re模块,我们的正则表达式依然是存在的,只是我们re模块使得我们更好的更加方便的去操作正则表

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

由于目前暂时还未学习到python关于数据处理的模块方面的知识,且刚好最近朋友发来一份坐标数据文件(txt格式),让我帮他对其进行筛选, 因此利用了最近刚学过的python文件处理操作以及以前所学的基础知识,用比较笨的方法勉强写了出来. 最终实现了打印出符合目标要求的具体坐标以及总个数 需求:筛选出文件中所含坐标的经纬度都符合某个值的坐标个数 代码: #!/usr/local/bin/python3 # -*- coding:utf-8 -*- ''' 原始txt文件名称存储为 location

在能够获取到网页内容之后,发现内容很多,那么下一步要做信息的筛选,就和之前的筛选图片那样 而在python中可以通过正则表达式去筛选自己想要的数据 1.首先分析页面内容信息,确定正则表达式.例如想获取下面这些内容的链接 可以通过筛选出符合<li><a href="xxx"的内容,获取到href中的链接,设置正则:reg = r'<li><a href="(.+?)"'去筛选数据就OK了: 2.在python中用正则表达式去筛选数据

郑昀 基于胡耀华和王超的设计文档 最后更新于2014/12/3 关键词:ElasticSearch.Lucene.solr.搜索.facet.高可用.可伸缩.mongodb.SearchHub.商品中心 本文档适用人员:研发和运维 提纲: 曾经的基于MongoDB的筛选+排序解决方案 MongoDB方案的缺陷 看中了搜索引擎的facet特性 看中了ES的简洁 看中了ES的天生分布式设计 窝窝的ES方案 ES的几次事故和教训 ES自身存在的问题   首先要感谢王超和胡耀华两位研发经理以严谨治学的研

http://blog.csdn.net/anqing715/article/details/16883863 源图片 像这些图片的字符就比较好操作,每个字符都独立,不连在一起,所以轮廓检测最好了.所以就有:1.源图片转成单通道的灰阶图片2.对灰度图像进行阈值操作得到二值图像 (对于一些手机拍的,背景色不是纯的话,可以用cvSmooth()平滑一下.) 二值化后的图片 3.轮廓检测(只获取最外层的)4.遍历所有检测到的轮廓,用cvBoundingRect()得到每一个轮廓的外接矩形 找到的轮廓

前两篇文章分表讲述了 后置处理器 - 正则表达式提取器概述及简单实例.多参数获取,相应博文敬请参阅 简单实例.多参数获取. 此文主要讲述如何引用正则表达式提取器获取的数据信息.其实,正则表达式提取器获取的数据,均可看做一个变量(单个数据,此处指所需获取的测试相关数据)或数组(多个数据),通过引用变量或者数组的数据,达到应用其数据的目的.下面针对此两种方式进行介绍. 第一种:单数据变量 但数据变量的应用比较简单,同我们日常 shell 脚本引用变量相同,引用样式:${引用名称}.例如要引用下图中的

问题:提取出序列中的值或者根据某些标准对序列做删减 解决方案:列表推导式.生成器表达式.使用内建的filter()函数 1.列表推导式方法:存在一个潜在的缺点,如果输入数据非常大可能会产生一个庞大的结果,考虑到该问题,建议选择生成器表达式 # Examples of different ways to filter data mylist = [1, 4, -5, 10, -7, 2, 3, -1] print('mylist=',mylist) # 使用列表推导式 pos = [n for n

最近,需要将wireshark监听的数据进行提取,分两步:首先,应该得出wireshark的数据包吧,在图形化界面中可以非常直观的将监听数据进行存储,但是这样需要手动操作非常麻烦,而且容易出错(随着处理数据包的数量增加,图形化可能吃不消,以前就遇见过),在linux下,采用了tshark命令,tshark就是wireshark图形界面命令行化,命令如下: sudo tshark -f "udp port 1243" -i eth0 (-w)> /tmp/capture.cap 对

一.首先,说明一下为什么要对category.php文件进行分析. 原因如下: ①个人对商城类商品筛选功能的实现比较好奇: ②对商城中关于商品的数据表设计比较感兴趣.(该功能涉及到与数据库的交互,而且与数据库中数据表的设计好坏有一定的联系): ③多条件(属性)筛选功能在现今的很多网站都需要用到,很广泛(如:一般商城网.团购网.房产网.信息分类网站等等). 希望达到的目的是: ①能够对多条件筛选功能有一个初步的认识.(起码自己做,也能够快速实现吧): ②对多条件筛选的实现中,数据库该如何去设计才会