数据预处理(DNA genotyping.Quality control.Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 逻辑回归(表型数据为二元) 线性回归(表型数据为连续性变量) 表型数据正态分析(如果不是正态分布,需转换处理为正态分布) 表型数据均值.中值.最大值.最小值 影响因子对表型的影响分析 3.画曼哈顿图(GWAS)和QQ plot图 (一).准备plink文件 (1).准备PED文件 PED文件有六列

在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义. 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数: --output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外. 如果你用的是其他软件,手动将结果改动.可先用NA填充,再以最小值或更小值替换,如: dat[dat==0] <- NA dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.r

目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗传分化.利用纬度相差10°的两个位置(北京.武汉)收集的表型数据,鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP(TAS),包括一个稳定的基因位点Chr12:5914898和以前未检测到的在开花基因E1和E2附近的候选基因.利用与地方种收集地点相关的已公布数据,鉴定出与三个生物气候学变量(温度,日长和降水)

(转载请声明出处:http://www.cnblogs.com/linguanh/) 前言: 接上次分享的 ListView 动态加载类,入口:http://www.cnblogs.com/linguanh/p/4645115.html  这次分享给大家的是,刚些写好的类似社交软件打字时地下弹出的表情布局. 先看下我的默认效果图. 该效果图里面使用的图片资源,是默认的IC_lanucher,在我的类里面,你可以自定义,包括布局,几行几列,什么的,都可以自定义.底下的是小点标. 下集预告:我将在使

1.  报数游戏 问题描述: 设有N 个人围坐一圈并按顺时针方向从1 到N 编号,从第S个人开始进行1 到M报数,报 数到第 M个人时,此人出圈,再从他的下一个人重新开始1 到 M的报数,如此进行下去直 到所有的人都出圈为止.现要打印出出圈次序. 要求实现函数: void circle_sort (int n, int s, int m, int *p) 输入:n 游戏总人数  s 报数的起始编号  m 报数的数值 输出:p 指向长度为n的数组,出圈次序保存在 p指向的数组中 示例 n=7 s=

在Oracle中更新数据时,抛出了一个 :ORA-01008 not all variables bound, 我的理解是不是所有的变量/参数都有边界,不懂: 后来知道了,原来是“不是所有变量/参数都确定”, 就是有些变量没有指定,缺少变量参数, 最后发现是因为在写三层时少写了一个"new OracleParameter(":ID",userinfo.ID);" 导致的.

PopupWindow window=new PopupWindow(view, LayoutParams.FILL_PARENT, LayoutParams.FILL_PARENT); //必须让popupwindow获得焦点时才能弹出输入法 window.setFocusable(true);

使用oracle的exp命令时,提示出--hash: exp: command not found 原因:当你在终端使用exp的命名时,当前的账户,并不是oracle认可的账户. 在安装oracle时,如果按照正规流程安装,那么,会建立一个专门的linux账户,给oracle,来充当oracle管理员账户. 错误情景例子:在安装oracle时,创建了一个linux账户,名字为oracleAdmin,并且把这个账户指定为oracle的管理员账户.然后,你使用root账户进行exp,就会报这个错误.

Win7 64位 + LoadRunner 11录制时弹不出IE的解决办法 Win7 64位 + LoadRunner 11录制时弹不出IE的解决办法 1. 卸载IE9( 装了Win7 64位后,默认的IE是IE9,先把IE9卸载. 打开控制面板->程序->查看已经安装的更新,找到IE9卸载,重启. 卸载后,IE自动变为IE8. 其中存在C:\Program Files\Internet Explorer下面的是64位的IE, 存在C:\Program Files(x86)\Internet

1.问题描述: 使用TerraExplorer Pro添加ArcGIS Server 10.2发布的WFS服务图层时,弹出如下错误: 2.错误原因: 发布wfs服务前,图层数据源的空间参考未设置,不能为unknown. 3.解决方法: 重新在sde中新建数据集,并正确设置空间参考,导入图层数据,再进行wfs服务发布.

netbeans运行项目时,弹出“cannot be run from folder that contains non-ASCII characters in path”的对话框,原因是项目路径中有中文的. 解决方法是:把项目移动另外一下全英文路径中

一.概述 iOS中很多功能需要配置Info.plist才能实现,如设置后台运行.支持打开的文件类型.自定义访问隐私内容时弹出的提示等.了解Info.plist中各字段及其含义,可以访问苹果开发网站相关文档,https://developer.apple.com/library/prerelease/ios/documentation/General/Reference/InfoPlistKeyReference/Introduction/Introduction.html#//apple_ref

难度 初级 学习时间 10分钟 适合人群 零基础 开发语言 Java 开发环境 JDK v11 IntelliJ IDEA v2018.3 文章原文链接 "全栈2019"Java异常第十一章:重写方法时只能抛出父类异常子集 下一章 "全栈2019"Java异常第十二章:catch与异常匹配 学习小组 加入同步学习小组,共同交流与进步. 方式一:关注头条号Gorhaf,私信"Java学习小组". 方式二:关注公众号Gorhaf,回复"Ja

我们编写一个ActiveX控件在IE中运行,一般会弹出一个安全提示,如何避免这种情况?下面是我在参考前人的文章后,总结出“在浏览器中执行时不弹出警告的ActiveX控件”的两种编写方法,予以备忘.注意,这里不会弹出警告是说在执行时不会弹出,也就是说已经安装了这个ActiveX控件.如果要下载安装这个ActiveX控件时不会弹出安全警告,恐怕就得去买数字证书了.不过即使有数字证书,还是得用户同意后才会下载安装.以下两种方法在WINXP-SP2+VC6下通过. 方法1:修改注册表 可能你在看完下面的

最近发现使用在MVC中使用bootstrip的模态框时弹不出来,但单独建立一HTML文件时可以弹出,说明代码没有问题,经过多次测试发现,在MVC的cshtml文件中添加上以下语句就能正常 @{ Layout=null; } 虽然不知道为什么会这样,至少问题解决了. ----------- 今天终于明白了为什么有时候在单独的HTML制作的jQuery效果可以,放在MVC中就出不了效果,原因时创建视图时用默认模板视图创建页面,默认模板视图本身就存在调用jquery的代码,结果造成加了两个jquery

笔记本:Levono E440   问题描述: 在控制面板中,点击鼠标时,弹出“无法连接synaptics定点装置驱动程序”错误,如何解决? 即使在安装联想的驱动后,也没办法解决   解决步骤: 1.查看驱动文件安装位置: "开始“--”运行“--regedit(打开注册表)--依次打开  HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVERSION/Run 查看SynTPEnh对应的路径: 比如,我的为:C:\Program File

主要知识点: 在做下钻分析时的排序     需求,以颜色进行bucket,这里bucket里面的doc以其各品牌的平均价格排序,     GET /tvs/sales/_search { "size": 0, "aggs": {"group_by_color": { "terms": {"field": "color"}, "aggs": {"group_b

Loadrunner在录制脚本的时候有时候会遇到弹不出IE的问题,那怎么解决呢?别急,按照以下几个步骤操作,一般就可以解决这个问题. 1. IE浏览器取消勾选[启用第三方浏览器扩展] 启动IE,从[工具]进入[Internet选项],切到高级,去掉[启用第三方浏览器扩展(需要重启动)]的勾选,然后再次运行VuGen即可.通常安装Firfox等浏览器后,都会 勾选这个选项,导致不能正常录制.因此建议LoadRunner的相关主机上保持一个干净的测试环境.

用 Eric6 与 PyQt5 结合,非常方便的实现界面与逻辑分离,满足python的极速GUI编程,不需要在界面上花很多时间. 这是一对GUI开发完美的组合! Eric6中设计窗体时,弹出提示:‘无法启动设计大师,请确保designer.exe在搜索路径中” 我的环境是python3.6 + qt5.9.2 +  eric6 因为是不同时间安装 ,qt5.9.2 是从5.7 升级过来的,升级时 designer还在原来的路径下 ,所以在ERIC中将设计源改为 designer所在的路径即可 在

欢迎来到"bio生物信息"的世界 6天前,BMC Genomics 推了一篇文献"Population history and genetic adaptation of the Fulani nomads: inferences from genome-wide data and the lactase persistence trait". 要不是这个标题起的太大,又是Population history,又是 genetic adaptation ,我可能都不

spyder 使用pylint这个第三方库进行代码检查,其实pylint使用的代码规范默认也是pep8,不过该库还有 其它用途,在这里我专门写写在代码分析时,如何指定配置文件 一般来说,使用spyder进行代码分析后,结果信息展示如下: 但一般来说,有些规则我们其实时不想要的,比如C0301(单行长度不超过89)等等,如何跳过呢? 此处提供一个方案: 1)生成pylint.conf文件 pylint --persistent=n --generate-rcfile > pylint.conf 2