GWAS如何分析pizeo和疼痛关系

2024-09-02

GWAS分析基本流程及分析思路

数据预处理(DNA genotyping.Quality control.Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析逻辑回归(表型数据为二元) 线性回归(表型数据为连续性变量) 表型数据正态分析(如果不是正态分布,需转换处理为正态分布) 表型数据均值.中值.最大值.最小值影响因子对表型的影响分析 3.画曼哈顿图(GWAS)和QQ plot图 (一).准备plink文件 (1).准备PED文件 PED文件有六列

GWAS条件分析（conditional analysis）

一.为什么要做GWAS的条件分析(conditional analysis) 我们做GWAS的时候,经常扫出一堆显著的信号,假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点(P=1.351e-36),rs124尾随其后(6.673e-22),也是与该表型显著相关,那么这个时候,我们就有问题了:这个rs124位点是真的与该表型显著相关,还是因为rs124与rs121高度连锁不平衡(linkage disequilibrium).换句话说,rs124之所以出类拔萃,是因为它本身厉害,还是有rs12

GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一,其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息:比如周围有没有高度连锁的位点,高度连锁的位点是否也显著. 下面是locuszoom的示例图: 下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制 1.进入Locuszoom的主页 http://locuszoom.org/ 2.进入Locuszoom的主页后,点击single plot 3.按如下图操作第一步:上传关联分析结果的文件,plink格式的话是assoc.logistic

linux内存源码分析 - 内存压缩(同步关系)

本文为原创,转载请注明:http://www.cnblogs.com/tolimit/ 概述最近在看内存回收,内存回收在进行同步的一些情况非常复杂,然后就想,不会内存压缩的页面迁移过程中的同步关系也那么复杂吧,带着好奇心就把页面迁移的源码都大致看了一遍,还好,不复杂,也容易理解,这里我们就说说在页面迁移过程中是如何进行同步的.不过首先可能没看过的朋友需要先看看linux内存源码分析 - 内存压缩(一),因为会涉及里面的一些知识. 其实一句话可以概括页面迁移时是如何进行同步的,就是:我要开始对这

MyBatis源码分析（各组件关系+底层原理

MyBatis源码分析MyBatis流程图下面将结合代码具体分析. MyBatis具体代码分析 SqlSessionFactoryBuilder根据XML文件流,或者Configuration类实例build出一个SqlSessionFactory. SqlSessionFactory.openSession()相当于从连接池中获取了一个connection,创建Executor实例,创建事务实例. DefaultSqlSessionFactory.class private SqlSessi

GWAS后续分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

一.什么是多基因风险评分传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性,再用Bonferroni校正,通过给定的阈值,筛选出显著的SNP位点. 这样会存在两个问题,第一.Bonferroni校正非常严格,很多对表型也有贡献的位点会因为达不到阈值而被过滤掉.第二.单个位点对表型的解释度是很低的,尤其是对于高血压这种多基因控制的表型,用一个个单独的位点解释高血压患病风险,就显得很单薄. 因此,开发一个能让我们直观的感受,患某种疾病的风险多高的工具,显然是非常有必要的. 为了更好理解多基

阶段3 1.Mybatis_03.自定义Mybatis框架_5.自定义Mybatis的编码-创建两个默认实现类并分析类之间的关系

把XMLConfigBuilder的包名补全这样我们就可以调用里面的loadConfiguration方法了创建工厂实现类实现SqlSessionFactory的接口实现接口里面的方法把cfg作为参数传递给SqlSessionFactory的实现类在实现类里面,提供一个Configration的对象,通过构造方法传递进来. Configuration里面包含了链接数据库的信息,以及执行的SQL语句创建SqlSession实现类工厂实现类里面把cfg传递到SqlSession的实现

sudo apt install net-tools [sudo] zyw 的密码：正在读取软件包列表... 完成正在分析软件包的依赖关系树,正在读取状态信息... 完成,没有可用的软件包 net-tools，但是它被其它的软件包引用了。这可能意味着这个缺失的软件包可能已被废弃,或者只能在其他发布源中找到

截图: 先执行: sudo apt-get update 再执行: sudo apt install net-tools 即可安装成功!!

GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

分析函数调用关系图(call graph)的几种方法

绘制函数调用关系图对理解大型程序大有帮助.我想大家都有过一边读源码(并在头脑中维护一个调用栈),一边在纸上画函数调用关系,然后整理成图的经历.如果运气好一点,借助调试器的单步跟踪功能和call stack窗口,能节约一些脑力.不过如果要分析的是脚本语言的代码,那多半只好老老实实用第一种方法了.如果在读代码之前,手边就有一份调用图,岂不妙哉?下面举出我知道的几种免费的分析C/C++函数调用关系的工具. 函数调用关系图(call graph)是图(graph),而且是有向图,多半还是无环图(无圈图)

数据挖掘(data mining)，机器学习(machine learning)，和人工智能(AI)的区别是什么？数据科学(data science)和商业分析(business analytics)之间有什么关系？

本来我以为不需要解释这个问题的,到底数据挖掘(data mining),机器学习(machine learning),和人工智能(AI)有什么区别,但是前几天因为有个学弟问我,我想了想发现我竟然也回答不出来,我在知乎和博客上查了查这个问题,发现还没有人写过比较详细和有说服力的对比和解释.那我根据以前读的书和论文,还有和与导师之间的交流,尝试着说一说这几者的区别吧,毕竟一个好的定义在未来的学习和交流中能够发挥很大的作用.同时补上数据科学和商业分析之间的关系.能力有限,如有疏漏,请包涵和指正. 导论

源码分析：动态分析 Linux 内核函数调用关系

源码分析:动态分析 Linux 内核函数调用关系时间 2015-04-22 23:56:07 泰晓科技原文 http://www.tinylab.org/source-code-analysis-dynamic-analysis-of-linux-kernel-function-calls/ 主题 Linux源码分析 By Falcon ofTinyLab.org 2015/04/18 缘由源码分析是程序员离不开的话题. 无论是研究开源项目,还是平时做各类移植.开发,都避免不了对源码的

使用UML工具分析类图与类的关系-bouml（java和C++）

在分析类之间的关系时可以借助工具来实现. bouml是一个UML分析工具,最新的版本是收费的,但是之前的版本是免费的. 这里使用的是4.23版. Bouml安装: 安装软件就按照流程走就行了.但是第一次运行的时候需要进行一些设置: 在箭头中的文本框中输入2-127之间的任意数字即可,其他的可以不用输入. 新建工程 project -> new 新建一个工程,然后保存. 保存成功后,选择Language -> c++和java(多选) 现在是想通过源代码获得继承关系,也就是反转功能. 写一个

Ubuntu安装SSH服务器故障分析及解决办法（错误1：E:软件包 openssh-server 还没有可供安装的候选者，错误2：E: 无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件包间的依赖关系）

• 微博: 小样儿老师2015 Windows下做Linux开发需要SSH强大功能的支持.安装SSH的过程会出现了很多问题,看完这篇文章可以让你少走些弯路,PS:折腾一下午的成果. Ubuntu的apt-get工具的牛逼之处简直无人能及,Apt-get应用就是通过一个记录有所有可用软件包的配置文件,在服务器上查找你想要的可用软件包,然后下载并安装, 在终端输入命令行: $ sudo apt-get install openssh-server 出现错误: 完成正在分析软件包的依赖关系树正在

Mint Linux 安装 DotnetCore 遭遇无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件包间的依赖关系

evlon@evlon-ThinkPad-T530 ~ $ apt install dotnet-dev-1.0.0-preview2-003121 正在读取软件包列表... 完成正在分析软件包的依赖关系树正在读取状态信息... 完成有一些软件包无法被安装.如果您用的是 unstable 发行版,这也许是因为系统无法达到您要求的状态造成的.该版本中可能会有一些您需要的软件包尚未被创建或是它们已被从新到(Incoming)目录移出. 下列信息可能会对解决问题有所帮助: 下列软件包有未满足

3.EasyUI学习总结(三)——easyloader源码分析

easyloader模块是用来加载jquery easyui的js和css文件的,即easyloader可以在调用的时候自动加载当前页面所需的文件,不用再自己引用, 而且它可以分析模块的依赖关系,先加载依赖项.模块加载好了会调用parse模块来解析页面.把class是easyui-开头的标签都转化成easyui的控件. 先看Demo1例子,再分析源代码. 有跟后台交互的属性比较多的控件,建议用js 没有跟后台交互的,建议用class <!DOCTYPE html> <html> &

2.EasyUI学习总结(二)——easyloader分析与使用(转载)

本文转载自:http://www.cnblogs.com/haogj/archive/2013/04/22/3036685.html 使用脚本库总要加载一大堆的样式表和脚本文件,在easyui 中,除了可以使用通常的方式加载之外,还提供了使用 easyloader 加载的方式.这个组件主要是为了按需加载组件而诞生.什么情况下使用它呢? 你觉得一次性导入 easyui 的核心 min js 和 css 太大(用easyload可以减少之前那些文件的引入) 你只用到 easyui 的其中几个组件你

SPSS中两种重复测量资料分析过程的比较

在SPSS中,有两个过程可以对重复测量资料进行分析:一种是一般线性模型的重复度量:一种是混合线性模型,对于同样的数据资料,使用两种过程分析出的内容不大一样,注意是内容而不是结果,只要操作正确,结果应该是一致的,而输出内容的差异则反映了两种方法的侧重点不同,那么两种方法有何异同以及使用时该如何选择呢?可以从下几个方面进行探讨一.基本思路不同重复度量:重复度量的分析思路还是是基于传统的方差分析思想,即变异分解,只不过在分解时加入了对象间变异和对象间与时间交互作用的变异两部分,模型还是一般线性模型

短视频APP+不同类型社交应用发展分析+化妆品电商

短视频APP——昙花一现还是发展趋势? 在这个互联网与科技并行且飞速发展的时代,各种app不断涌入市场,其中短视频app便是一个典型,美拍,就成功入围2014年十大最火app.而短视频app也势必要成为发展趋势而绝非昙花一现,接下来就让我们一起分析一下它之所以能够引领时代潮流的种种原因. (一)时代背景 1.当前网络上的传播媒体十分多样,诸如微信,微博,QQ等都能够随时随地让人们分享自己的幸福,展示自己的风采,这样一来,便为短视频app提供了更广阔的交流发布空间. 2.短视频app的种类多种多样

常用机器视觉工具----图像分析工具（blob分析）

http://blog.sina.com.cn/s/blog_67cc4eb70100ivnt.html Blob分析:Blob分析目的在于对图像中的2-D形状进行检测和分析,得到诸如目标位置.形状.方向和目标间的拓扑关系(即包含关系)等信息.根据这些信息可对目标进行识别.在某些应用中我们不仅需要利用2D的形状特征,还要利用Blob分析之间的特征关系. Blob分析的主要内容包括:(1)图像分割:将图像中的目标和背景分离.(2)去噪:消除或减弱噪声对目标的干扰:(3)场景描述:对目标之间的拓扑关

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