GWAS 膨胀系数小于1

2024-09-06

GWAS群体分层校正，该选用多少个PCA

前言关于选用多少个PCA做群体分层校正,各大期刊并没有一个统一的说法. 故做了如下综述. 1 随心所欲型,想选多少就选多少 PCA想选多少就选多少,这个真的不是开玩笑.有文献出处有真相! 比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层. Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability 比如选用前5个主成分校正群体分层. Acco

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便.下面具体介绍以下. 一.画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 1.准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2.上代码,如下所示: manhattan(gwasResults) 如果觉得不够美观,考虑添加一下参数: manhattan(gwasResults, main = "Manhat

GWAS Simulation

comvert hmp to ped1, ped2, map fileSB1.ped, SB2.ped, SB.map 1, choose 20 markers for 30 times(WD: /share/bioinfo/miaochenyong/GWAS/SB/20Markers-1To5Effect)python ../choose_multi-markers.py SB.imputed.916.filtered.hmp 20 30 marker pheno 2, combine phe

GWAS基因芯片数据预处理：质量控制（quality control）

一.数据为什么要做质量控制比起表观学研究,GWAS研究很少有引起偏差的来源,一般来说,一个人的基因型终其一生几乎不会改变的,因此很少存在同时影响表型又影响基因型的变异.但即便这样,我们在做GWAS时也要去除一些可能引起偏差的因素. 这种因素主要有:群体结构.个体间存在血缘关系.技术性操作. 二.怎么看数据是否需要进行质量控制下面分别为样本和SNP位点在数据中的直方图,当数据不在绝大多数的分布当中时,我们会倾向于认为那是测序.人工操作等其他方面造成的误差,而非该个体的真实情况,因此是需要将这些

全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）

前言很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有

查询、下载GWAS目录数据的R包(gwasrapidd)

目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总. 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包.看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全. 下面具体讲一下. 在R上安装 install.packages("remotes") remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd") 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 library(gwasrapidd) my_studie

全基因组关联分析（GWAS）:为何我的QQ图那么飘

前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图: 理想的QQ图应该是这样的: 我当时的第一反应是:1)群体分层造成的:2)表型分布有问题.因此让她检查一下数据的群体分层情况,如果没有问题就看一下表型分布. 这段时间有空了,我觉得有必要梳理一下这个飘逸的QQ图,到底是怎么回事儿以及如何确定这么飘逸的QQ图有没有问题. 1.产生飘逸的QQ图的原因产生飘逸的qq图的原因有很多,比如我们喜闻乐见的:基因多效性(polygenicity).也有可能是混淆偏倚,比如群体分层

GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理？

在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义. 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数: --output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外. 如果你用的是其他软件,手动将结果改动.可先用NA填充,再以最小值或更小值替换,如: dat[dat==0] <- NA dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.r

ecshop 秒杀并发时库存会被减到小于0的解决办法

ecshop 秒杀并发时库存会被减到小于0更新库存后,再进行库存检查,如果库存为负数,则执行事务的回滚. begin();//开始一个事物处理开始 $sql = "UPDATE ".$GLOBALS['a']->table('seconds_kill')." SET kill_stock = kill_stock - 1 WHERE sk_id='".$sk_id."' LIMIT 1" ; $GLOBALS['db']->query

【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所一. 研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

一个N*M的矩阵，找出这个矩阵中所有元素的和不小于K的面积最小的子矩阵

题目描述: 一个N*M的矩阵,找出这个矩阵中所有元素的和不小于K的面积最小的子矩阵(矩阵中元素个数为矩阵面积) 输入: 每个案例第一行三个正整数N,M<=100,表示矩阵大小,和一个整数K 接下来N行,每行M个数,表示矩阵每个元素的值输出: 输出最小面积的值.如果出现任意矩阵的和都小于K,直接输出-1. 样例输入: 4 4 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 样例输出: 1 首先这个题应该是有一个动态规划的解法,不过好像复杂度也要到O(n^3lo

python实现监控URL的一个值小于规定的值--邮件报警

监控URL的一个值小于规定的值--邮件报警 #!/usr/bin/env python #-*- coding:utf-8 -*- __author__ = 'liudong' import urllib,sys,urllib,json,smtplib from email.mime.text import MIMEText mailto_list=['liudong@researchina.cn'] mail_host="smtp.exmail.qq.com" mail_user=&

假如现在有一堆长度大于3小于9的电话号码，用座机呼叫，如果出现这样的号码【123和12345】那么12345将永远不会被拨出，因为拨到123的时候电话已经呼出了,试写一个函数输出所有不能被呼出的电话号码（java实现）

解题: 假如现在有一堆长度大于3小于9的电话号码,用座机呼叫,如果出现这样的号码[123和12345]那么12345将永远不会被拨出,因为拨到123的时候电话已经呼出了,试写一个函数输出所有不能被呼出的电话号码[指定传入参数类型如示例所示] 函数参数示例: public void function(int [] numbers){} package JingDian; public class Pnumber { public static void main(String[] args){ i

ae_将面积小于1500的Feature同附近Feature进行合并

private void 合并1500图斑ToolStripMenuItem_Click(object sender, EventArgs e) { /* *将图层中面积小于1500的图斑与之相同BSM且相邻的最大的图斑合并. */ if(axMapControl2.LayerCount<=0) { MessageBox.Show("请先添加图层再合并!"); } else { pLayer = axMapControl2.get_Layer(0);//拿到层 pFLayer =

jQuery中大于gt和小于lt

gt,lt计数都是下标从0开始,而且不论大小于,都不包括它自己本身. <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset='UTF-8'> <title></title> </head> <body> <table style="float:left;width: 200px;"> <tr> <td>0</td&g

【POJ 3415】Common Substrings 长度不小于k的公共子串的个数

长度不小于k的公共子串的个数,论文里有题解,卡了一上午,因为sum没开long long!!! 没开long long毁一生again--- 以后应该早看POJ里的Discuss啊QAQ #include<cstdio> #include<cstring> #include<iostream> #include<algorithm> using namespace std; const int N = 200003; int t1[N], t2[N], c[

hdu3437 划分树区间内小于第K大的值得和

Minimum Sum Time Limit: 16000/8000 MS (Java/Others) Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 3769 Accepted Submission(s): 872 Problem Description You are given N positive integers, denoted as x0, x1 ... xN-1. Then give you

求最大公约数和小于n的所有质数

//algorithm.h enum SWAP_TYPE{MEMORY, COMPLEX}; struct SIntArray { int *pData; int num; SIntArray():pData(NULL),num(){} ;} }; void Wswap(int &m, int &n, SWAP_TYPE name = MEMORY); int Wgcd(int m, int n); SIntArray Wprime(int m); //algorithm.cpp void

关于Web项目里的给表单验证控件添加结束时间不得小于开始时间的验证方法，日期转换和前台显示格式之间，还有JSON取日期数据格式转换成标准日期格式的问题

项目里有些不同页面间的日期显示格式是不同的, 第一个问题: 比如我用日期控件WdatePicker.js导包后只需在input标签里加上onClick="WdatePicker()"就可以用了,但是默认是没有时分秒的,如果需要显示时分秒只需要加上WdatePicker({dateFmt:'yyyy-MM-dd HH:mm:ss'})就行. **************************************************************************

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ibatis mybatis sql语句配置符号不兼容大于号小于号<!CDATA[ ]> 因为这个是xml格式的,所以不允许出现类似">"这样的字符,但是都可以使用<![CDATA[ ]]>符号进行说明,将此类符号不进行解析你的可以写成这个: mapper文件示例代码<![CDATA[ when min(starttime)<='12:00' and max(endtime)<='12:00' ]]> <

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