GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense

欢迎关注微信公众号"bio生物信息" GeneATLAS的数据全部来自 UK Biobank 的452,264个英国白人样本. 总共囊括的表型有778个,位点有三千万个. 优点 网站所有关联分析的summary数据都是可以下载的. 而且提供了所有表型的原始基因型数据的曼哈顿图.imputation的曼哈段图.Q-Q Plot 可以说是相当贴心了. 缺点 不能下载原始基因型数据. 样本是欧洲群体,可能某些结果在其他群体有差异. 这个网站可以下载什么 1. 下载表型数据 比如搜索肥胖表型,

目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总. 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​.看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全​. 下面具体讲一下.​ 在R上安装 install.packages("remotes") remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd") 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 library(gwasrapidd) my_studie

相关文章: A Unified Framework for Association Analysis with Multiple Related Phenotypes 太重要了,不得不单独拿出来分析一下.本review高度总结了GWAS这10年的成绩.以及现在的局限性.每个搞统计遗传的都必须要好好看看. 第一篇GWAS是什么时候?谁提出的?The first successful GWAS published in 2002 studied myocardial infarction. Ozak

schema: 指的是说当偶create database caiceclb时,caiceclb就是一个schema catalog: 指的是所有的database目录,就像上图显示的那样,将MySQL原来的(mysql,infomation_schema)及后来新建的的database的集合. catalog,数据库名,schema,表名,服务器的本地名称.数据库名.dbo.表名 schema: 指的是说当用户create database ****时,****就是一个schema catal

按照SQL标准的解释,在SQL环境下Catalog和Schema都属于抽象概念,可以把它们理解为一个容器或者数据库对象命名空间中的一个层次,主要用来解决命名冲突问题.从概念上说,一个数据库系统包含多个Catalog,每个Catalog又包含多个Schema,而每个Schema又包含多个数据库对象(表.视图.字段等),反过来讲一个数据库对象必然属于一个Schema,而该Schema又必然属于一个Catalog,这样我们就可以得到该数据库对象的完全限定名称从而解决命名冲突的问题了:例如数据库对象表的

按照SQL标准的解释,在SQL环境下Catalog和Schema都属于抽象概念,可以把它们理解为一个容器或者数据库对象命名空间中的一个层次,主要用来解决命名冲突问题.从概念上说,一个数据库系统包含多个Catalog,每个Catalog又包含多个Schema,而每个Schema又包含多个数据库对象(表.视图.字段等),反过来讲一个数据库对象必然属于一个Schema,而该Schema又必然属于一个Catalog,这样我们就可以得到该数据库对象的完全限定名称从而解决命名冲突的问题了:例如数据库对象表的

Atitit. 数据库-----catalog与schema的设计区别以及在实际中使用 获取数据库所有库表 java jdbc php  c#.Net 1. -catalog与schema的设计区别1 2. 获取数据库元信息的几种方法2 2.1. 直接读取元表 mysql的 information_schema,mssql的SysDatabases3 2.2. 使用诸如jdbc等通用接口3 2.3. 使用数据库单独提供的驱动接口,比如mysql的 mysql_list_dbs3 3. 获取数据库

Predicting effects of noncoding variants with deep learning–based sequence model PDF Interpreting noncoding variants- 非常好的学习资料 这篇文章的第一个亮点就是直接从序列开始分析,第二就是使用深度学习获得了很好的预测效果. This is, to our knowledge, the first approach for prioritization of functional

Kudu White Paper http://www.cloudera.com/documentation/betas/kudu/0-5-0/topics/kudu_resources.html http://getkudu.io/overview.html   Kudu is a new storage system designed and implemented from the ground up to fill this gap between high-throughput seq

kudu 1.7 官方:https://kudu.apache.org/ 一 简介 kudu有很多概念,有分布式文件系统(HDFS),有一致性算法(Zookeeper),有Table(Hive Table),有Tablet(Hive Table Partition),有列式存储(Parquet),有顺序和随机读取(HBase),所以看起来kudu是一个轻量级的 HDFS + Zookeeper + Hive + Parquet + HBase,除此之外,kudu还有自己的特点,快速写入+读取,使

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

好多同学询问孟德尔随机化的问题,我再来尝试着梳理一遍,希望对大家有所帮助,首先看下图1分钟,盯着看将下图印在脑海中: 上图是工具变量(不知道工具变量请翻之前的文章)的模式图,明确一个点:我们做孟德尔的时候感兴趣的是x和y的关系,也就是小b,但是我们直接去跑x对y的回归肯定是不对的,因为有很多的U,因此我们借助工具变量G(关于工具变量我们之前的文章有详细的解释,请自行查阅),去估计我们感兴趣的小b. 现在有天然良好的工具变量G,也就是我们的基因变量,此时有上面的图,再次重申:我们感兴趣的,最终希望

题目大意:给出m个疾病基因片段(m<=10),每个片段不超过10个字符.求长度为n的不包含任何一个疾病基因片段的DNA序列共有多少种?(n<=2000000000) 分析:本题需要对m个疾病基因片段构建一个AC自动机,自动机中的每个节点表示一个状态.其中AC自动机中的叶子节点表示的是病毒,所以是非法状态.同时,如果某个节点到根的字符串的后缀是一个病毒,那么该节点也是非法状态.剔除掉所有的非法状态,那么剩下的节点都表示合法状态了.然后用节点的nxt指针表示状态之间转化关系.若nxt[i]==0,

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

理解MEF容器中部件的生命周期及其含义是非常重要的.鉴于MEF重点在开放端应用程序,这将变得尤其重要的,一旦app ships和第三方扩展开始运行,作为应用程序的开发者将很好地控制这一系列的部件.生命周期可以被解释为这样一个部件期望的共享物,无论是一个新的部件被创建还是一个部件被关闭或释放都由控制策略来翻译. Shared, Non Shared and ownership 通过使用PartCreationPolicyAttribute特性设置CreationPolicy(类级别)来定义一个部件

打开项目,会看见下面这些包(其实还有很多插件之类的包,我都删除了) 5)可以从Eclipse启动GeoServer了. 如果你已经安装了GeoServer,现在也可以打开它的登陆页面进行操作. 三 结构 在深入代码之前,先来熟悉一下代码的结构.所有“web”打头的包暂时可以不关心,注意力集中在“platform”,“main”,“ows”,“wfs”,“wcs”,“wms”这6个包上.我简单介绍下它们的关系,下图 展现了包之间的依赖关系,下面的包依赖上面的包,最顶端是“platform”. “p

1. What is KOBAS 3.0? KOBAS (KEGG Orthology Based Annotation System) is a web server for gene/protein functional annotation (Annotation module) and functional set enrichment (Enrichment module). Given a set of genes or protein, it can determine wheth

在Windwos2000的管理工具里有一个“组件服务”工具,可以实现对COM+组件的应用的安装.启动.删除和对组件的安装.删除.这在安装一个有 COM+组件的应用系统时时非常有用的,我们可以通过程序控制一个组件添加删除,可以通过程序实现这个过程的自动化,而不必人工停止应用再安装组件!现在我们来讨论怎样用VB程序实现这个工具的这些功能.一.COMAdmin接口简介COMAdmin接口是实现这些功能的关键对象,它有有三个基本接口,分别是 IcomAdminCatalog,IcatalogCollec

这是一篇关于皮肤癌分类的文章,核心就是分类器,由斯坦福大学团队发表,居然发到了nature上,让我惊讶又佩服,虽然在方法上没什么大的创新,但是论文本身的工作却意义重大,并且这篇17年见刊的文章,引用量已经达到1300多,让人佩服,值得学习. [出发点]现有的皮肤癌分类系统由于数据量不够,同时只针对标准化的图像如皮肤镜图像和组织图像,通用性不够,还难以媲美医生的水平,也就是说不能投入实际使用 [论文核心]利用inceptionv3训练12万张图片,对皮肤癌的诊断达到可媲美皮肤科医生的水平 [论文贡