转载:庐州月光 http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6907733.html 三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的. 对于hdf

技术背景 在处理分子动力学模拟的数据时,不可避免的会遇到众多的大轨迹文件.因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据,也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题.现有的比较常见的方式,大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式.这两种方式各有优劣,明文存储可读性较好,二进制文件压缩率较好,不会占用太大的空间.又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索,因此二进制文件是一个更好的存储格式选项.如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域,在其他数据领域经常用的格式有npz等.而经过

最近用caffe做了一下regression问题,先用data layer中的data,float_data试了一下,data用来存放图片,float_data存放regression的values,label存放标签,发现不行,因为float_data和label这俩是指向同一块内存,两者不能共存,除非改caffe源码.我又仔细看了一下caffe的源码,发现我这个地方说的不对,具体来讲,caffe读取image和label是这样一个流程: 1.编写程序将image和label转换成Datum格

技术背景 VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件,可以非常直观方便的展示分子的运动过程.而VMD本身对展现的格式有一定的要求,如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话,就需要自己手动去实现一个可视化的插件.这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件--hdf5是量子化学领域非常常用的一个数据格式,对于规模较大的数据集有很好的性能支持. 安装hdf5插件 这里本地使用的是Ubuntu20.04的系统,如果是其他系统,有可能需要针对性的修改下.首先我们将这个hdf5插件的源码下

用户通常使用od命令查看特殊格式的文件内容.通过指定该命令的不同选项可以以十进制.八进制.十六进制和ASCII码来显示文件. 语法: od ［选项］ 文件- 命令中各选项的含义: - A 指定地址基数,包括: d 十进制 o 八进制(系统默认值) x 十六进制 n 不打印位移值 - t 指定数据的显示格式,主要的参数有: c ASCII字符或反斜杠序列 d 有符号十进制数 f 浮点数 o 八进制(系统默认值为02) u 无符号十进制数 x 十六进制数 除了选项c以外的其他选项后面都可以跟一个十进

如何统计指定文件夹下含有.xml格式的文件数目?如题 ------解决思路----------------------Directory.GetFiles(@"路径", "*.xml").Length------解决思路----------------------包含子目录的话:Directory.GetFiles(@"路径", "*.xml",SearchOption.AllDirectories).Length

一网友问在MySQL中如何只用SQL语句导出带日期格式的文件.觉得有点意思,于是尝试了一下.导出文件使用SELECT INTO OUTFILE 但是OUTFILE后面的值不能使用变量,所以只能使用动态SQL语句来实现.其中表user为测试表.具体语句如下所示 mysql> SET @SqlScript= CONCAT("SELECT * INTO OUTFILE '/tmp/sql_out_", DATE_FORMAT(NOW(), '%Y%m%d%H%i%s'), "

摘自:http://blog.csdn.net/forandever/article/details/5711319 一个获取指定目录下一定格式的文件名称和文件修改时间并保存为文件的python脚本 @for&ever 2010-07-03 功能: 获取指定目录下面符合一定规则的文件名称和文件修改时间,并保存到指定的文件中 脚本如下: #!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*- '''Created on 2010-7-2 @author: fore

背景: 搜索引擎在build全量时,会产生数G的xml的中间文件,我需要去查询这些中间文件中,是否有某个特殊的字符.xml文件有很多,每个都有几百M,存储在hdfs上,而且是以gz结尾的文本格式的文件. 查找时,我是写了一个实现Tool接口,继承自Configured类的MapReduce,这样就可以传入自定义的参数给我的MapReduce程序了.需要在文件里Grep的内容,就是以参数的形式传入的. 写完代码调试时,问题来了,会报这个异常: 14/10/17 12:06:33 INFO mapr

在上一篇我们成功安装了视频播放器,并且成功安装里解码器[Linux_Fedora_应用系列]_2_如何安装视频播放器和视频文件解码 安装完的Smplayer的GUI的界面程序,可以播放FLV.AVI.Rmvb.MP4以及rm格式的文件,但是还不能播放WMV格式的视频文件, 同时我们在上一次安装的时候,我们同时利用下面的命令安装了mplayer的rpm包,但是没有安装GUI界面. yum install mplayer smplayer 1.安装mplayer的图形界面 我们在终端查看一下发现,已

Insus.NET的系列Web Api学习文章,这篇算是计划中最后一篇了,删除JSON格式的文件记录.前一篇<Web Api其中的PUT功能演示>http://www.cnblogs.com/insus/p/4346982.html中学习了怎样更新数据.程序开发涉及到数据的,为了让用户方便管理,一般提供了查询,添加,更新以及删除功能.本篇中是针对文件中的数据进行删除. 下面Insus.NET就对此进行详尽演示.Web Api的一个type: "DELETE".在API控制中

需求:将utf-8格式的文件转换成gbk格式的文件 实现代码如下: def ReadFile(filePath,encoding="utf-8"): with codecs.open(filePath,"r",encoding) as f: return f.read() def WriteFile(filePath,u,encoding="gbk"): with codecs.open(filePath,"w",encodi

利用caffe生成 lmdb 格式的文件,并对网络进行FineTuning 数据的组织格式为: 首先,所需要的脚本指令路径为: /home/wangxiao/Downloads/caffe-master/examples/imagenet/ 其中,生成lmdb的文件为: create_imagenet.sh 接下来的主要任务就是修改自己的data的存放路径了. #!/usr/bin/env sh # Create the imagenet lmdb inputs # N.B. set the p

在Realview MDK的集成开发环境中,默认情况下可以生成*.axf格式的调试文件和*.hex格式的可执行文件.虽然这两个格式的文件非常有利于ULINK2仿真器的下载和调试,但是ADS的用户更习惯于使用*.bin格式的文件,甚至有些嵌入式软件开发者已经拥有了*.bin格式文件的调试或烧写工具.为了充分地利用现有的工具,同时发挥Realview MDK集成开发环境的优势,将*.axf格式文件或*.hex格式文件转换成*.bin格式的文件是十分自然的想法.本文将详细的探讨这种转换方法. 在Rea

问题描述:     系统安装了WPS时,Analyzer导出excel时候,会提示"您尝试打开的文件**.xls的格式与文件扩展名指定的格式不一致",这是Excel的安全问题,     因为用的是借助 microsoft.Office.Interop.Excel 来做,这种方法生成的Excel根本不是Excel,只不过扩展名是xls而已,所以打开的时候会提示,暂时解决办法如下,取消Exce的安全检测.   解决方案: 1.开始 -> 运行 -> 输入regedit ->

我们的司信项目又有了新的需求,就是要做会议室.然而需求却很纠结,要继续按照原来发语音消息那样的形式来实现这个会议的功能,还要实现语音播放的计时,暂停,语音的拼接,还要绘制频谱图等等. 如果是wav,mp3不论你怎么拼接,绘制频谱图,我也没有问题,网上都有现成的例子.然而这一次居然让用speex的音频做这一切. 于是看了司信之前的发语音消息部分speex的代码,天啊,人家录的时候这是实时录音实时编码的好不好,人家放的时候也是实时解码实时播放的好不好.你这让我怎么通过 一个speex文件就得到全部的

<?php/*把内容写到 csv 格式的文件中 基本思路是:1.用 $fp = fopen("filename", 'mode')打开一个csv文件,可以是打开时才建立的2.用putcsv($fp, $array); 读取 csv 格式的文件内容基本思路是:1.用$fp = fopen("file.csv", "mode") 打开一个csv文件;2.用fgetcsv($fp[,....])读取里面的内容,返回是数组形式,[,..]可选参数

报错信息: 打开文件时提示"您尝试打开的文件xxx.xls的格式与文件扩展名指定的格式不一致.打开文件前请验证文件没有损坏且来源可信.是否立即打开该文件?",卸载Office 2007后重装也不行.这是什么原因呢?其实是因为警告消息是Excel 2010/2007中添加了一个用户通知函数.警告消息有助于防止由于文件的实际内容和文件扩展名可能不兼容而可能发生的意外的问题. 修改注册表解决:1.打开注册表编辑器方法:开始 -> 运行 -> 输入regedit -> 确定2

之前我只知道用驱动精灵来给新机器装网卡驱动,或者用下载好的exe格式文件给非新机器装网卡驱动. 今天下载了一个非exe格式的文件,就不知道怎么装了,百度了一下才知道,可以通过:”设备管理器“->右键点击要安装驱动的硬件->“更新驱动程序软件”->“浏览计算机以查找驱动程序软件”:的方式来用非exe格式的文件安装网卡驱动

在Realview MDK的集成开发环境中.默认情况下能够生成*.axf格式的调试文件和*.hex格式的可运行文件. 尽管这两个格式的文件很有利于ULINK2仿真器的下载和调试,可是ADS的用户更习惯于使用*.bin格式的文件.甚至有些嵌入式软件开发人员已经拥有了*.bin格式文件的调试或烧写工具.为了充分地利用现有的工具.同一时候发挥Realview MDK集成开发环境的优势,将*.axf格式文件或*.hex格式文件转换成*.bin格式的文件是十分自然的想法.本文将具体的探讨这样的转换方法.

mapmap读取不同格式的文件这个问题一直就有,之前的读取方式是在map里获取文件的名称,依照名称不同分不同的方式读取,比如以下的方式 //取文件名 InputSplit inputSplit = context.getInputSplit(); String fileName = ((FileSplit) inputSplit).getPath().toString(); if(fileName.contains("track")) { } else if(fileName.cont