利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析 一.原理 根据基因表达数据,得出距离矩阵 ↓ 最初,每个点都是一个集合 每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离 新集合与别的集合距离的计算方法 ①两个集合之间的最短距离 ②两个集合所有点之间求距离求平均   → 把这个新集合加入距离矩阵中,原来的两个小集合就被替换掉 如此循环,直到剩下一个集合,那就建立了一棵树 在树的某一处横断,就可以得到6类 230个酵母基因表达数据 http://bioinformaticsal

层次聚类关键方法#coding:UTF-8#Hierarchical clustering 层次聚类from E_distance import Euclidean_distance from yezi import yezi class bicluster: def __init__(self, vec, left=None,right=None,distance=0.0,id=None): self.left = left self.right = right #每次聚类都是一对数据,lef

-------------------------------- 不管是GMM,还是k-means,都面临一个问题,就是k的个数如何选取?比如在bag-of-words模型中,用k-means训练码书,那么应该选取多少个码字呢?为了不在这个参数的选取上花费太多时间,可以考虑层次聚类. 假设有N个待聚类的样本,对于层次聚类来说,基本步骤就是: 1.(初始化)把每个样本归为一类,计算每两个类之间的距离,也就是样本与样本之间的相似度: 2.寻找各个类之间最近的两个类,把他们归为一类(这样类的总数就少了

系列不小心又拖了好久,其实正儿八经的 blog 也好久没有写了,因为比较忙嘛,不过觉得 Hierarchical Clustering 这个话题我能说的东西应该不多,所以还是先写了吧(我准备这次一个公式都不贴  ).Hierarchical Clustering 正如它字面上的意思那样,是层次化的聚类,得出来的结构是一棵树,如右图所示.在前面我们介绍过不少聚类方法,但是都是“平坦”型的聚类,然而他们还有一个更大的共同点,或者说是弱点,就是难以确定类别数.实际上,(在某次不太正式的电话面试里)我曾

#!/usr/bin/python # coding:utf-8 from PIL import Image, ImageDraw from HierarchicalClustering import hcluster from HierarchicalClustering import getheight from HierarchicalClustering import getdepth import numpy as np import os def drawdendrogram(clu

假设有N个待聚类的样本,对于层次聚类来说,步骤:        1.(初始化)把每个样本归为一类,计算每两个类之间的距离,也就是样本与样本之间的相似度:        2.寻找各个类之间最近的两个类,把他们归为一类(这样类的总数就少了一个):        3.重新计算新生成的这个类与各个旧类之间的相似度:        4.重复2和3直到所有样本点都归为一类,结束      整个聚类过程其实是建立了一棵树,在建立的过程中,可以通过在第二步上设置一个阈值,当最近的两个类的距离大于这个阈值,则认为

这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并

个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类.(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了. 降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分. PCA到底是降维.聚类还是可视化的方法,t-SNE呢? 其实稍微思考一下,PCA.t-SNE还有下面的diffusion

作者:Omar Alonso 会议:CIKM 2009 摘要: 截至目前(2009),通过提取文档中内嵌的时间信息来展现和聚类,这方面的工作并不多. 在这篇文章中,我们将提出一个“小插件”增添到现有的传统信息检索系统应用中,这个小附件能够探索多种时间信息. 使用时间实体提取技术,我们将展现时间表达如何被显示的生成以及如何被用于构建多粒度的时间线上.我们将讨论搜索结果的列表如何根据时间来聚类,并作为锚文本嵌入到时间线上,并且基于时间的文本聚类如何被利用来探索包含时间片段的搜索结果.同时,我们将描绘

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/53185758 不同聚类效果比较 sklearn不同聚类示例比较 A comparison of the clustering algorithms in scikit-learn 不同聚类综述 Method name Parameters Scalability Usecase Geometry (metric used) K-Means number of clusters Very large

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/49427989 海量数据挖掘Mining Massive Datasets(MMDs) -Jure Leskovec courses学习笔记 推荐系统Recommendation System之隐语义模型latent semantic analysis {博客内容:Clustering.  The problem is to take large numbers of points and group

1. 聚类简介 0x1:聚类是什么? 聚类是一种运用广泛的探索性数据分析技术,人们对数据产生的第一直觉往往是通过对数据进行有意义的分组.很自然,首先要弄清楚聚类是什么? 直观上讲,聚类是将对象进行分组的一项任务,使相似的对象归为一类,不相似的对象归为不同类 但是,要达到这个目的存在几个很困难的问题 . 上述提及的两个目标在很多情况下是互相冲突的.从数学上讲,虽然聚类共享具有等价关系甚至传递关系,但是相似性(或距离)不具有传递关系.具体而言,假定有一对象序列,X1,....,Xm,所有相邻元素(X

搞了将近一年的单细胞,聚类也是自认为得心应手了,自信满满. 但是多半是跑软件,对聚类的深层次的思想不甚了了. Google了一下clustering,看了一篇文章,突然了解到了clustering的算法之美. 不想再跑软件了,我想了解算法的思想. The 5 Clustering Algorithms Data Scientists Need to Know Hierarchical Clustering Cluster Analysis in Data Mining Choosing the

关于Latent Dirichlet Allocation及Hierarchical LDA模型的必读文章和相关代码 转: http://andyliuxs.iteye.com/blog/1051743 LDA和HLDA: (1)D. M. Blei, et al., "Latent Dirichlet allocation," Journal of Machine Learning Research, vol. 3, pp. 993-1022, 2003. (2)T. L. Grif

參考:http://scikit-learn.org/stable/modules/clustering.html 在实际项目中,我们真的非常少用到那些简单的模型,比方LR.kNN.NB等.尽管经典,但在project中确实不有用. 今天我们不关注详细的模型,而关注无监督的聚类方法. 之所以关注无监督聚类方法.是由于.在实际项目中,我们除了使用PCA等方法降维外.有时候我们也会考虑使用聚类的方法降维特征. Overview of clustering methods: A comparison

转载请标明出处:http://www.cnblogs.com/tiaozistudy/p/twostep_cluster_algorithm.html 两步聚类算法是在SPSS Modeler中使用的一种聚类算法,是BIRCH层次聚类算法的改进版本.可以应用于混合属性数据集的聚类,同时加入了自动确定最佳簇数量的机制,使得方法更加实用.本文在学习文献[1]和“IBM SPSS Modeler 15 Algorithms Guide”的基础上,融入了自己的理解,更详尽地叙述两步聚类算法的流程和细节.

[保持在百度网盘中的, 可以在观看,嘿嘿 内容有点多,要想下载, 回复后就可以查看下载地址,资源收集不易,请好好珍惜] 下载地址:http://www.fu83.cc/ 感觉文章好,可以小手一抖 -------------------------说正文------------------------ 第一阶段:python基础准备: Web前端开发之HTML+CSS基础入门: 课程章节 1.课程介绍 2.html的语法 3.html的基本结构 4.html的文档设置标记上(格式标记) 5.htm

转自:http://www.gogoqq.com/ASPX/8390905/JournalContent/1303140588.aspx 研究了近半年的算法,记录下来给自己一个交代,也应该是考G前地最后一篇日志了. Weighted Gene Co-Expression Network Analysis中文名有翻译成加权关联网络分析的,感觉不是很恰当,英文来得比较直接.本来是佟昊从老汪那拿的一个课题,因为看起来比较有意思就把文章找来慢慢啃,到现在算是捣鼓出点名堂了.方法是UCLA的一个教授提出来

该文献纳入了EGG(Early Growth Genetics Consortium)和UK biobank两大数据库,分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体.这两个数据用到的样本量分别如下: Early Growth Genetics Consortium(网址:http://egg-consortium.org/) » 30 studies (European ancestry) N=75,891 » 6 studies (Non-European ancestry), N=10,104 UK Bio

一些基本概念: intracellular biochemical signaling pathways:胞内生化信号通路 extracellular mechanical cues: 胞外机械信号 The key mechanical machinery consists of myosin motors that enable contractile force generation and assist in cytoskeletal crosslinking, adhesion comp

转载:http://www.bio-info-trainee.com/1327.html 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据,拷贝数变异数据,突变数据,总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多,但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多,我挑了其中几个,解读了一下别人是如何利用这个数据的,当然,主要是用那个mRNA的表达数据咯! 第一篇:http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111146 这篇文