主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注,俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”.关于miRNA,主要有两个研究方向,其一是作为biomarker,这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可:miRNA的另一研究方向为功能机制研究,此时必须有miRNA靶基因的参与,可是如何确

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation cons

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus

5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症综合致死率预测的知识图神经网络 论文标题:KG4SL: knowledge graph neural network for synthetic lethality prediction in human cancers 论文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/Supplement_1/i418/6319703 论文期刊:Bioinformati

CBC2019-day1 25 August 2019 on 学术前沿huyujia 8月24日上午,CBC2019正式开幕.主持人首先对大会情况以及与会嘉宾做了简要介绍:紧接着,校领导.大会主席以及CCF专委工委委员致辞:与会来宾合照之后,会议正式开始.特邀报告来自中科院上海马普计算生物学研究所的研究员兼首席科学家李亦学教授带来了题为“肝癌的生物信息学以及多组学研究”的精彩报告.生命科学和医学进入了大数据驱动的颠覆性变革时代,生物医学大数据的来源与类型更是丰富多样.在这样的数据驱动下,教授向我

目录 一.来源 二.结果 测序组装 组装评价 编码基因预测 基因功能注释 非编码RNA注释 假基因预测 重复序列注释 进化分析和分歧时间估计 全基因组复制 LTR插入时间估计 正选择基因 一.来源 High-quality genome assembly, annotation and evolutionary analysis of the mungbean (Vigna radiata) genome. November 2020. DOI:10.22541/au.160587196.639

宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和.而所谓宏基因组学 (或元基因组学, meta

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq

转载自 http://www.infoq.com/cn/articles/the-fourth-industrial-revolution-an-introduction-to-ai "过去10年我们在忙于打造移动为先的世界.未来10年,我们将步入AI为先的世界."(谷歌CEO Sundar Pichai,2016年10月) 从亚马逊到Facebook,再到谷歌和微软,全球最顶尖.最有影响力的技术公司都将目光转向了人工智能(AI).AI到底是什么?为何如此重要?为何现在变得重要?虽然人

原文来源:x2yline在生信进化树上的评论,http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html Ensemble( ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 )能够对人类基因自动进行注释,包括人类,小鼠,斑马鱼,猪和大鼠等,也包括来自HAVANA的人工注释信息.Ensembl是一项生物信息学研究计划,旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统.该计划由英国Sanger研究所

1.注册一个NCBI账户 注册geo账户(老用户和新用户): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 有3个月的时间 GEO DataSets >> GEO Home >> Login to Submit  >> Recover Account (老用户) 或者 Contact Information (新用户) 2.GEOarchive has three required components:(准备文件) 1)a m

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对.本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利. 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题. gmap_build -D ./ -d reference reference.fa gmap -t 10 -D ./ -d reference -f gff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3 第一步建立索引都没问题.但比对时,没报错,出现如下: Pre-loading ref posi

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的

Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系 特点:官方介绍 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Inpu

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo