http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c

[怪毛匠子]独家整理 不可以转载 MEME工具 http://meme-suite.org DNA motif 搜索算法总结 http://www.bbioo.com/lifesciences/40-115984-1.html online tools http://chipseek.cgu.edu.tw/main_menu.py RSAT http://rsat.sb-roscoff.fr https://bioconductor.org/help/course-materials/2010/

五子棋的判断输赢规则代码 -- 完整优化版 一.前言 之前浏览过很多网上的方法,但总找不到比较完整,也get不到其他大神的思路,就直接画图分析,分析了之后就有了如下的代码,当然还想到更加优化的一种,只不过,还在完善中,后续再发上来分享.  二.分析 1.分析图水平方向,以传入的 X 坐标作为分割线,Y 坐标为偏移点左右遍历.       2.分析图垂直方向,以传入的 Y 坐标作为分割线,X 坐标为偏移点上下遍历. 3.分析图左上右下方向,以传入的 坐标点上的与对角线平行的线作为分割线,按箭头方向

性能优化这块,分为UI性能优化.内存优化.数据库优化.网络优化.耗电优化等等.可以从1.如何发现问题,2.怎么解决问题,3.解决效果对比,这几个方面去描述.举个简单例子——UI优化,可以从 UI出现什么问题(卡顿不流畅),怎么查找问题(手机开发者权限>GPU过度绘制 发现层级问题,TraceView CPU使用情况分析),怎么解决问题(降低层级.自定义View绘图出现问题等),解决问题后性能再次对比. 一.UI优化 a.合理选择RelativeLayout.LinearLayout.FrameL

前言 最近对一个比较老的公司项目做了一次优化,处理的主要是webpack打包文件体积过大的问题. 这里就写一下对于webpack打包优化的一些经验. 主要分为以下几个方面: 去掉开发环境下的配置 ExtractTextPlugin:提取样式到css文件 webpack-bundle-analyzer:webpack打包文件体积和依赖关系的可视化 CommonsChunkPlugin:提取通用模块文件 提取manifest:让提取的公共js的hash值不要改变 压缩js,css,图片 react-

chip-seq 流程图 书籍资料 工具 UCSU 安装 使用 原理 手册 Swiss在线分析工具 短序列比对工具 BWA 流程 格式处理 序列比对 peak-calling motif 可视化 输出文档 上下游分析 chip-seq 流程图 [怪毛匠子] [独家整理-怪毛匠子] 书籍资料 生物信息学 许忠能 生物信息学——计算的视角 李岭 译 工具 UCSU http://genome.ucsc.edu 安装 获得源文件 http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/

莫名其妙,从去年年底开始,Python这个东西在中国,突然一下子就火起来了,直至现在,他的热度更是超越了java,成为软件工程师最为关注的话题.Python之所以能火起来,很大一方面是因为大数据.人工智能和机器学习越来越受人关注的原因,那么,伴随着Python的火热,他的薪资是否也相应的高了起来了呢?于是,针对这个话题,在今年暑假,我做了一个关于Python.java和大数据和安卓的工作岗位的调查. Java火了几十年,工作也是所有编程语言中最容易找的,这里面有很大一部分原因是由于安卓还得由Ja

通常项目比较大的APP都面临着如下性能问题,APP启动慢.界面跳转慢.事件相应慢.滑动和动画卡顿.展现内容慢等,有的公司处理的很好,有的还有很大的优化空间,对于性能优化,怎么去做,我总结了一下性能优化如何入手,Android性能优化这个系列目前已经完成11篇,涉及到常用内存优化工具的使用,比如Memory Monitor.MAT.Allaction Tracing.TraceView 等,也涉及到如何提高应用的启动速度以及页面的渲染速度,还有流畅度的检测.学会这些,基本上可以处理一般的性能问题了

背景 Read the fucking source code! --By 鲁迅 A picture is worth a thousand words. --By 高尔基 说明: Kernel版本:4.14 ARM64处理器,Contex-A53,双核 使用工具:Source Insight 3.5, Visio 1. 概述 吹起并发机制研究的进攻号角了! 作为第一篇文章,应该提纲挈领的介绍下并发. 什么是并发,并发就是:你有两个儿子,同时抢一个玩具玩,你一巴掌打在你大儿子手上,小儿子拿到了玩

前言:         本人纯小白一个,有很多地方理解的没有各位大牛那么透彻,如有错误,请各位大牛指出斧正!小弟感激不尽.         本篇文章为您分析一下原生JS写淘宝放大镜效果 基本功能: 运用比例来控制移动放大镜从而选择需要放大的区域. 可以根据用户配置来调整放大镜尺寸. 需求分析: 准备两张图片一张小图,一张大图(比例请参考京东或者淘宝页面上的放大镜:本文采用的是350px和800px的) HTML结构: <div class="small"> <!--小

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

第一步,从分析Summary的事务执行情况入手. Summary主要是判定事务的响应时间与执行情况是否合理.如果发现问题,则需要作进一步分析.通常情况下,如果事务执行情况失败或者响应时间过长等,都需要做深入分析. 下面是查看分析概要时的一些原则: 1用户是否全部运行,最大运行并发用户数是否与场景设计的最大运行并发数一致.如果没有,则需要打开与虚拟用户相关的分析图,进一步分析虚拟用户不能正常运行的详细原因. 2事务的平均响应时间.90%事务最大响应时间用户是否可以接受.如果事务响应时间过长,则要打

CSS入门 CSS是什么 摘自维基百科 层叠样式表(英语:Cascading Style Sheets,简写CSS),又称串样式列表.级联样式表.串接样式表.层叠样式表.階層式樣式表,一种用来为结构化文档(如HTML文档或XML应用)添加样式(字体.间距和颜色等)的计算机语言,由W3C定义和维护.目前最新版本是CSS2.1,为W3C的推荐标准.CSS3现在已被大部分现代浏览器支持,而下一版的CSS4仍在开发中 为什么要说div和css 因为大家都用html中的div块级标签结合css来渲染页面,

DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是基模么?基模是对DNA结合位点的一种描述.它有几种描述方式,一种是共同序列(consensus sequences)一种是位点倾向距阵(Position Specific Frequency Matrices(PSFM))而对于PSFM,有两种表示方式,一种叫PCM,一种叫PFM,前者是Positi

DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al., BMC Bioinformatics 2007, 8(suppl 7):S21 dio:10.1186/1471-2105-8-s7-s21 DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在

Problem A common substring of a collection of strings is a substring of every member of the collection. We say that a common substring is a longest common substring if there does not exist a longer common substring. For example, "CG" is a common

1. 说到面向对象, 一个绕不开的话题,就是面向过程. 面向过程适合简单.不需要协作的事务. 面向过程 = 分解问题 + 逻辑为先 = 先细节,再整体. 对比面向过程, 面向对象是模块化的, 当我们思考比较复杂的问题,比如“如何造车?”,就会发现列出1234这样的步骤,是不可能的.那是因为,造车太复杂,需要很多协作才能完成.此时面向对象思想就应运而生了.面向对象 = 多态 + 继承 = 先抽象,后具体. 借参考资料描述对比: 面向过程(Procedure Oriented)和面向对象(Objec

每日一句英语学习,每天进步一点点: 前言 为了让大家更容易「看得见」 TCP,我搭建不少测试环境,并且数据包抓很多次,花费了不少时间,才抓到比较容易分析的数据包. 接下来丢包.乱序.超时重传.快速重传.选择性确认.流量控制等等 TCP 的特性,都能「一览无云」. 没错,我把 TCP 的"衣服扒光"了,就为了给大家看的清楚,嘻嘻. 提纲 正文 显形“不可见”的网络包 网络世界中的数据包交互我们肉眼是看不见的,它们就好像隐形了一样,我们对着课本学习计算机网络的时候就会觉得非常的抽象,加大了

目录 前言 1.理解开源 1.1.什么是开源? 1.2.开源的定义 1.2.1.开源软件优点 1.2.2.经典开源软件案例 1.3.关于开源协议 1.3.1.如何选择开源协议 2.如何查找开源项目 2.1.一个仓库项目的基本解析 2.2.关于开源项目高级搜索 2.3.根据仓库标题.描述搜索 2.4.按照地区和语言进行搜索 2.5.根据仓库属性条件搜索 2.6.根据个人或某组织进行搜索 2.7.根据仓库的LICENSE搜索 2.8.热门 3.开源项目解析 3.1.查找相关开源项目 3.1.1.开源