本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer.本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的). 数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R文件中. 以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面
本例构建一个管道来进行降维和预测的工作:先降维,接着通过支持向量分类器进行预测.本例将演示与在网格搜索过程进行单变量特征选择相比,怎样使用GrideSearchCV和管道来优化单一的CV跑无监督的PCA降维与NMF降维不同类别评估器. (原文:This example constructs a pipeline that does dimensionality reduction followed by prediction with a support vector classifier. I