大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但这是不够的. 我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式,因为你可能会经常用到,有时还会亲自去处理它们. 本文主题:Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解 @FCHCGKFBCXY:1:1101:1110:2162#AACAGCACCTAGCA_GTAGTGCG/1 ATGTATACTATTGTATGTGAAATGGATCACCAGTCCAGGTTCAACGCCCGAGACAGGGTGCTCA

1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip unzip Trimmomatic-0.38.zip wget http://www.usa

illumina SBS测序详解 2018年01月02日 09:33:56 sixu_9days 阅读数:9789 标签: 生物信息学二代测序 更多 个人分类: 测序原理   最近回头重新看了illlumina paired end sequence的测序原理视频,发现了以前没有注意的一些问题,而这些问题也是大家平时容易搞错的,因此花了几天时间将illumina 的paired end sequence 从构建文库到上机测序的整个过程以及原理较为详细的写了出来. 基础知识:illumina测序的

illumina技术: 工具:flowcell(流动池):8通道,每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上),这引物和文库中的接头互补    Flowcell:8个line,,line:上下两个表面,,面:3个扫描通道swath,,swath:16个方块tile 文库制作:超声打断DNA,用酶补平,用Klenow酶加碱基,用连接酶 在双端 加特定接头,形成DNA混合物 称为DNA文库. 特点1,中间为待测序列: 特点2,两端接头序列人工加上去,已知,大有文章可做

大爽Python入门公开课教案 点击查看教程总目录 序列 序列(sequence): 顾名思义,有序的排列. 有序排列的一串数据. 一种容器,容器内成员有序排列. python的字符串str,元组tuple,列表str都是序列. 所以字符串str,元组tuple,列表str有些操作是相通的, 都支持序列操作. 序列内的成员个数,一般也称为序列的长度. 可以使用len(sequence)函数获取, 其中sequence为序列变量. 使用示例: >>> len("abcde&quo

Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra

源码细节: ● 训练函数 bool CvRTrees::train( const CvMat* _train_data, int _tflag,                        const CvMat* _responses, const CvMat* _var_idx,                        const CvMat* _sample_idx, const CvMat* _var_type,                        const CvMa

MVC3.0+knockout.js+Ajax 实现简单的增删改查 自从到北京入职以来就再也没有接触MVC,很多都已经淡忘了,最近一直在看knockout.js 和webAPI,本来打算采用MVC+knockout.js+webAPI来实现这个小DEMO的,无奈公司用的开发环境是VS2010只安装了MVC3.0.那就先练习一下MVC和knockout吧.博客园里有很多这样的文章,但是觉得还是要自己亲自动手写一下. 本文不讲解knockout.js和webAPI ,不了解的同学可以百度一下.下一篇

首先看一下题目 B. Permutation Game time limit per test 1 second memory limit per test 256 megabytes input standard input output standard output n children are standing in a circle and playing a game. Children's numbers in clockwise order form a permutation 

写在前面 这篇文章算是对最近写的一系列Vue.js源码的文章(https://github.com/answershuto/learnVue)的总结吧,在阅读源码的过程中也确实受益匪浅,希望自己的这些产出也会对同样想要学习Vue.js源码的小伙伴有所帮助.之前这篇文章同样在我司(大搜车)的技术博客中发表过,欢迎大家关注我司的技术博客,给个传送门https://blog.souche.com/. 因为对Vue.js很感兴趣,而且平时工作的技术栈也是Vue.js,这几个月花了些时间研究学习了一下Vu

写在前面 因为对Vue.js很感兴趣,而且平时工作的技术栈也是Vue.js,这几个月花了些时间研究学习了一下Vue.js源码,并做了总结与输出.文章的原地址:https://github.com/answershuto/learnVue.在学习过程中,为Vue加上了中文的注释https://github.com/answershuto/learnVue/tree/master/vue-src,希望可以对其他想学习Vue源码的小伙伴有所帮助.可能会有理解存在偏差的地方,欢迎提issue指出,共同学

一.前言 如果不了解virtual dom,要理解diff的过程是比较困难的. 虚拟dom对应的是真实dom, 使用document.CreateElement 和 document.CreateTextNode创建的就是真实节点. vue2.0才开始使用了virtual dom,有向react靠拢的意思. 同步地址(首发):https://www.mwcxs.top/page/560.html 二.虚拟dom 首先,我们先看一下真实的dom,打印出一个空元素的第一层属性,可以看到标准让元素实现

断断续续写了四天,感觉背包问题是最适合了解遗传算法的问题模型 using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; using System.Threading.Tasks; namespace Bag { /// <summary> /// 背包类 /// </summary> public class Bag { public int Size { get; }

tensorflow笔记:多层LSTM代码分析 标签(空格分隔): tensorflow笔记 tensorflow笔记系列: (一) tensorflow笔记:流程,概念和简单代码注释 (二) tensorflow笔记:多层CNN代码分析 (三) tensorflow笔记:多层LSTM代码分析 (四) tensorflow笔记:常用函数说明 (五) tensorflow笔记:模型的保存与训练过程可视化 (六)tensorflow笔记:使用tf来实现word2vec 之前讲过了tensorflow

trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个的选项:其选项有很多,下面一一介绍: 1)oligos: 从字面意义看是寡聚核苷酸, 这里是指barcode 和 PCR 引物的序列,这个选项对应的是一个文件,文件内容如下: forward CATGCTGCCTCCCGTAGGAGT #reverse TCAGAGTTTGATCCTGGCTCAG

cutadapt 是一款质量过滤的软件, 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列:也可以用来去除低质量序列 源代码: https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档:http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/ 安装:           git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/           cd cutadapt           p

数组函数forEach().map().filter().find().every().some().reduce()等 数组函数(这里的回调函数中的index和arr都可以省略,回调函数后有参数是设置调整this指向的,这里暂时不使用) forEach() -----循环map()— —更新数组filter().includes().find().findIndex()— —筛选(删除)数组some().every()— —判断数组reduce()— —叠加数组 arr.forEach() 遍

Python 科学工具笔记 numpy a = numpy.array([1,2,3,4]);// 创建一个numpy的数组对象 此时a.shape显示的值为(4,); 由此得出结论在一维的数组中, 数组的是列优先的 numpy.random.uniform(low, high): 产生在low和high之间的随机数 numpy.vdot(arrA, arrB): 计算arrA与arrB的数量积 numpy.max(), .min(), .sum(), .average() numpy.rand

Python 科学工具笔记 numpy a = numpy.array([1,2,3,4]);// 创建一个numpy的数组对象 此时a.shape显示的值为(4,); 由此得出结论在一维的数组中, 数组的是列优先的 numpy.random.uniform(low, high): 产生在low和high之间的随机数 numpy.vdot(arrA, arrB): 计算arrA与arrB的数量积 numpy.max(), .min(), .sum(), .average() numpy.rand

一.forEach回调函数参数,item(数组元素).index(序列).arr(数组本身)循环数组,无返回值,不改变原数组不支持return操作输出,return只用于控制循环是否跳出当前循环 二.includes判断数组是否包含某个元素,不用return,不用回调函数,返回布尔值 三.filter使用return操作输出,会循环数组每一项,并在回调函数中操作返回满足条件的元素组成的数组,不改变原数组 四.map输出的是return什么就输出什么新数组原数组被“映射”成对应新数组,返回新数组,

主要是用于分析数据的Pandas库 先学习两个数据类型DataFrame和series 进一步学习利用Pandas进行摘要的方法, 提取数据的特征 1 pandas库 1.1 pandas库 pandas库是处理和分析数据最好的库 提供高性能易用数据类型和分析工具 引用 import pandas as pd Pandas基于NumPy实现, 常与NumPy和Matplotlib一同使用 示范小例 得到的Series数据, 左边的是索引, 右边的数据 Pandas有两个数据类型: Series(