关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲 RNA-Seq adapter barcode cutadapt 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已

1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter.测序开始时前几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时被去除:由于测序仪读长限制,第二个adapter通常无法测得.

高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头.过滤低质量reads.去除低质量的3'和5'端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款"老牌子"的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用: 1. fastq_quality_converter [-h] [-a] [-n

Although adapter and other technical sequences can potentially occur in any location within reads, by far the most common cause of adapter contamination is sequencing of a DNA fragment which is shorter than the read length. In this scenario, the begi

我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人.后来排除建库失败的可能,我去查看了trim_galo

Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据.通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理.公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程.参数都是根据公司的说明文件来设定的. 软件说明 版本信息 Trim Galore version: 0.4.1 Cutadapt version: 1.11 FastQC version:0.11.3 依赖环境

SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载. 参阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/ 二.SRA格式转换成FASTQ格式 ./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/d

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz

SMRT portal安装教程: http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf ISO-seq数据地址: /share/backups/pacbio/20160222_68 的 A01 和 B01. <1kb的得到1.28G数据,>1kb的得到了2.8G的数据. SMRT portal 地址: http://59.79.232.10:8080/smrtp

Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录本的一种测序技术. 对于iso-seq 的分析而言,必须掌握以下几个基本概念: 1)ROI 了解过三代测序数据分析的人,对于CCS 环形一致性序列的概念肯定不会陌生,在iso-seq中,提出了比CCS 更加灵活的一个概念:ROI ROI , 全称 reads of insert,可以理解为插入片段,

1.什么是duplicate,为什么要去除. 什么是duplicate:这是在建库的过程后,对已连有接头的DNA片段进行扩增,然后去接flowcell.之所以在建库后扩增,这是由于接flowcell的效率很低,建库后的分子很少. 为什么要去除:因为PCR duplicate后就会导致一个序列被重复测了多次.如果这个序列在后面的分析中有突变位点,则不去pcr dup就会增加它的深度,然后被定位真的突变位点. 2.主要有运用两种工具:samtools和picard samtools A:利用flag

我清晰的记得,刚买的macbook pro回到家,开机后第一件事情,就是上了淘宝网,花了500元钱,找了一个上门维修电脑的师傅,上门给我装了一个windows系统......表砍我...当时买mac的初衷,只是想要个固态硬盘的笔记本,用来运行一些复杂的扑克软件.而看了当时所有的SSD笔记本后,最终决定,还是买个好(xiong)看(da)的.已经有好几个朋友问我mba怎么样了,所以今天尽量客观地说一下macbook pro的优缺点. 一.优点 1.重量我的Macbook AIr(13英寸)1.35

这个接头都是以公头为准,所有接头还是以公头去记. RS-232端(DB9公头/针型)引脚定义 2: RXD 3:TXD 5:GND 1/4/6:内部相链接 7/8   :内部相链接 1．RS-232端(DB9母头/孔型)引脚定义 2:T 3:R 5:GND 1/4/6: 相连 7/8   :相连      

前言 哦,不搞SQL了么,当然会继续,周末会继续更新,估计写完还得几十篇,但是我会坚持把SQL更新完毕,绝不会烂尾,后续很长一段时间没更新的话,不要想我,那说明我是学习新的技能去了,那就是学习英语,本来没有打算再探究目前.NET中跨平台的东西,毕竟才出来没多久,还是有很多坑,希望有人踩过再来学习会好很多,可惜项目中都是用的最新的东西,我不得不去探索,于是有关EntityFramework Core的坑就这么出来了,来,我们一起看看. EntityFramework Core 1.1迁移 我们首先

注:这并不是一篇技术文章,而是记录了我这几个月经历的入职,裸辞,找工作的心路历程,简单介绍一个博主的情况,我是16年毕业生,校招进了一家北京的公司,java开发,和很多年轻人一样,干了一段时间,我发现这项工作和我的职业规划不符,于是,裸辞,从北京杀到上海,经历了一段找工作的艰辛,并顺利进入一家自己心仪的公司,这篇文章是深夜失眠时所写,倾诉的欲望难能可贵,风格可能偏文艺,行文略长,希望能给一些朋友一点启示,一点分享,一点鼓励,无它,轻喷. 在临下火车的时候,我瞥了一眼站台上的时钟,四点一刻,凌晨,

某天在机场听见两老板在聊天,说到他们目前销售的报表老跟不上的问题,说要请一个人,专门合并和分析一些发过来的excel表格,我真想冲上去说,老板,你需要的是一个信息处理的系统,你需要咨询么.回来一直耿耿于怀,一方面觉得自己确实没有那个做销售的本事,另外一方面,站在老板的角度,他确实需要一个信息处理系统么? 可能每个干技术的都会说,废话!天天做这些重复劳动不烦啊,搞一台机器,搞一个数据库,再弄几个页面就解决问题了.但是站在老板的角度,弄这么一个系统需要多少钱呢?往少里说,没个几万块搞不定吧,而且这个

今天打算写写关于 IM 去中心化涉及的架构模型变化和设计思路,去中心化的概念就是说用户的访问不是集中在一个数据中心,这里的去中心是针对数据中心而言的. 站在这个角度而言,实际上并非所有的业务都能做去中心化设计,对于一致性要求越高的业务去中心化越难做.比如电商领域的库存就是一个对一致性要求很高的业务,不能超卖也不能少卖,这在单中心容易实现,但多中心纯从技术层面感觉无解,可能需要从业务和技术层面一起去做个折衷. 反过来看 IM 的业务场景是非常适合做去中心化设计的,因为其业务场景都是弱一致性需求.打

在前面一篇博客中介绍了“命令模式”(Command Pattern),今天博客的主题是“适配器模式”(Adapter Pattern).适配器模式用处还是比较多的,如果你对“适配器模式”理解呢,那么自然而然的就会知道其使用场景.今天这篇博客我们就举一个生活中的使用适配器模式的示例,然后将该示例使用代码进行表示出来,那么我们所实现的代码使用的设计模式就是我们今天所说的“适配器模式”. “适配器”其实说白了就是一个转接头,比如Mac Book Pro 要接外接显示器,如果你没有HDMI传输线的话,那

概述 也是好久没更新 源码解读,看着房价蹭蹭暴涨,心里也是五味杂陈,对未来充满恐惧和迷茫 ...(敢问一句你们上岸了吗) 言归正传,今天要介绍的是 underscore 中两个重要的方法,函数节流和函数去抖.这篇文章不会涉及具体的代码实现(关于代码实现请期待下文),会从零开始介绍函数节流和函数去抖的概念,辨析应用场景.为什么我对这两个方法情有独钟要花大篇幅去介绍?因为就是它们带我入了「underscore 源码解读」的坑(详见 一次发现underscore源码bug的经历以及对学术界『拿来主义』

某一时候,我们不想在form的所有必填的域均完成之后,再去使用mouse去点击铵钮来提交数据.而是直接按回车去focus提交的铵钮来提交. 可以写jQuery script程序: