jcvi共线性图颜色

2024-09-07

生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

共线性图 | Alluvial Diagrams | Parallel plot | Parallel Coordinates Plot

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

百度的echart环形图颜色动态设置

自己参与的有一个项目需要用到环行图,考虑到百度的echart功能很强大兼容性又挺好就使用了这个插件,但是在颜色配置的时候出现了问题按照参考文档的方法是用color:Array这样的形式,但是不知道在哪里设置,在网上查了有两种说法,一种是直接在option里面配置但是我试了之后直接报错了,还有一种是在>series->itemStyle->normal里面,但是设置之后奇怪的事情发生了,无论设置什么颜色都变成了黑色,至少改变了原来自带的颜色说明这个路径是对的,后来发现可以·用函数的方法

echart 折线图、柱状图、饼图、环形图颜色修改

之前在做报表的时候用过echart 用完也就完了,而这次在用的时候已经忘了,所以这里简单记录一下,好记性不如烂笔头!!! 1.折线图修改颜色: xAxis: { type: 'category', boundaryGap: false, data: ['年龄','20岁以下','30岁','40岁','50岁','60岁','60岁以上'] }, yAxis: { type: 'value' }, series: [ { name:'员工数', type:'line', stack: '总量',

echarts-迁徙图地点图标颜色修改

引用:https://gallery.echartsjs.com/editor.html?c=xLSy9AUmlA var uploadedDataURL = "/asset/get/s/data-1566476001452-vcHUP4aCj.json"; var chinaGeoCoordMap = { '黑龙江': [127.9688, 45.368], '内蒙古': [110.3467, 41.4899], "吉林": [125.8154, 44.2584]

MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新

经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了.如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性. 标注有物种信息,scaffold信息,并用颜色加以区分物种的不同属性. 最后一章的代码和思路更新见公众号. 接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容.

[No000098]SVN学习笔记5-分支，合并，属性，补丁，锁，分支图

行结束符和空白选项在项目的生命周期中,有时可能会将行结束符由 CRLF 改为 LF,或者修改一段代码的缩进.不幸的是这样将会使大量的代码行被标记为已修改,尽管代码本身并没有被修改.这里列出的选项将会在比较差异和应用补丁时帮助你应对这些修改.你将会在合并和追溯对话框中看到这些设置,它们同样也出现在TortoiseMerge 的设置中. 忽略行结束符排除仅行结束符的差异. 比较空白将所有缩进和行内空白差异视为增加/删除的行. 忽略空白修改排除那些完全是针对空白数量或类型的修改,例如,修改缩

一个有趣的模拟光照的shader(类似法线贴图)

最近使用unity,碰到到一个很有趣的例子.场景无光线,却模拟出了光照,效果挺好.其思路与法线贴图原理异曲同工. 原作者提供的效果印象深刻. 模型除了使用原来的diffuse贴图外,还用到了一张模拟记录了"光照"信息的贴图(见机器人头上的贴图).这一点与法线贴图是一致的. 这个方法比较简单,也比较死.思路很巧. 分析一下贴图,有效范围基本是一个圆形.以前在学习法线贴图时,就遇到过法线投射在贴图的情景(http://www.cnblogs.com/flytrace/p/3387748.h

VS2010 使用TeeChart画图控件 - 之二 - 绘制图形（折线图，柱状图）

1.前期准备详细可见VS2010 使用TeeChart画图控件 - 之中的一个控件和类的导入 1. 1 加入TeeChart控件,给控件加入变量m_TeeChart 加入TeeChart控件,右击控件,选择加入变量,vs会自己主动给我们引入CTchart1这个类,可是仅仅有这个类,我们是远远不够的,须要加入teechart其它相关的类,加入方法在之前已经讲过,不再反复. 1.2. 引入必要的头文件事实上之前的方法比較麻烦,更简单就是通过类向导,导入类型库的类如图进入类向导,选择加入类bu

利用JFreeChart绘制股票K线图完整解决方案

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ad042e50100q7d9.html 利用JFreeChart绘制股票K线图完整解决方案 (2011-04-30 13:27:17) 标签: 绘制股票 k线 it 分类: 软件_Software 因为工作的需要,接触了一些股票图形绘制类的工作,其中最主要的还是股票K线图的绘制了,如果利用编程语言最底层的图形绘制方法去绘制这类图形,如果对编程语言不是特别熟悉的话,一般是有很大的困难的,通过在网上搜索发现,以自己最熟悉的两门语言为

cacti 流量图合并

cacti 安装:https://www.cnblogs.com/weijie0717/p/4072711.html 一.需求介绍由于交换机的多端口跑同一种流量,需要汇总统计.因此需要见多个端口的流量图叠加汇总到一个流量图中展示.此实验以公网上联端口为例:T1/1/23 和 Te1/1/24. 二.环境 cacti版本:0.8.8f 系统:centos 7 三.安装 1.下载aggregate插件 # wget http://docs.cacti.net/_media/plugin:aggre

OpenGL——OpenCV与SOIL读取图片进行纹理贴图

使用OpenCV读取图片代码如下 img = imread(m_fileName); if (img.empty()) { fprintf(stderr, "Can not load image %s\n", m_fileName); ; } //设置长宽 int width = img.cols; int height = img.rows; int channel = img.channels(); printf(" depth %d\n", channel);

geiUItabBarItem设置图片颜色和title颜色

设置图片颜色 tabBarVCtrl.tabBar.selectedImageTintColor = [UIColor greenColor];//设置tabBarItem选中时的字图颜色,iOS 8.0中没有该属性(若设置,会出现警告) 设置title颜色 [[UITabBarItem appearance] setTitleTextAttributes:[NSDictionary dictionaryWithObjectsAndKeys:[UIColor whiteColor],NSFore

自己做的js甘特图插件

【Python环境】matplotlib - 2D 与 3D 图的绘制

2015-10-30数据科学自媒体类MATLAB API 最简单的入门是从类 MATLAB API 开始,它被设计成兼容 MATLAB 绘图函数. 让我们加载它: from pylab import * 使用 qt 作为图形后端: %matplotlib qt 示例类MATLAB API 绘图的简单例子: from numpy import * x = linspace(0, 5, 10) y = x ** 2figure() plot(x, y, 'r') xlabel('x') ylab

web实时长图实践--摘抄

背景简介全民K歌专辑发布新玩法,传统宣传专辑战绩的流程,从获取数据,到制作海报,到传播,周期长运营成本高,如何快速分享战绩进行荣誉感的传播成为一个亟待解决的问题. 产品:能不能在专辑大事件触发时,自动生成一个大事件长图,供粉丝分享传播? 开发:理论上没问题,尝试下吧… 浏览器端实现方案开发:大事件长图和专辑详情页大事件tab的视觉效果基本一致,如果能复用可以减少开发时间. 开发:怎么复用呢? 于是便有了下面在浏览器端尝试dom转图片的两种方案: html2canvas html2canvas

Unity Shaders and Effects Cookbook (3-4) 使用高光贴图

在学习完上一节之后.已经了解了在Unity 中怎样实现一个高光 Shader ,可是会有一个问题.就是效果看起来不切实际,如以下的问题我用一张图片贴到了Cube上面.然后用了一个高光材质,得到了下图的效果. 事实上这个效果还算能够,可是认真看就会发现.这个结果是不符合自然现象的. 这个箱子是木头的,然后有铁皮作为封条. 首先不符合常理的是为什么这个木头箱子会反光! 可能木头箱子打蜡了.然后就反光.可是为什么打蜡的木头和铁皮看起来是一样的.光滑度是一样的吗? 转自http://blog.

【Aladdin Unity3D Shader编程】之四贴图纹理

关于纹理贴图介绍纹理坐标也叫UV坐标,UV坐标都是0~1,并不是我们所理解的像素坐标,相当于是一个百分比. 编写shader映射纹理将纹理的颜色取代漫反射的颜色 Shader "AladdinShader/11 Single Texture Shader" { Properties { // _Diffuse("Diffuse Color", Color)=(1,1,1,1) //漫反射的颜色 _MainTex("Main Tex", 2D)

VS2010 使用TeeChart绘图控件 - 之二 - 绘制图形（折线图，柱状图）

1.前期准备具体可见VS2010 使用TeeChart绘图控件 - 之一控件和类的导入 1. 1 添加TeeChart控件,给控件添加变量m_TeeChart 添加TeeChart控件,右击控件,选择添加变量,vs会自动给我们引入CTchart1这个类,但是只有这个类,我们是远远不够的,需要添加teechart其他相关的类,添加方法在之前已经讲过,不再重复. 1.2. 引入必要的头文件其实之前的方法比较麻烦,更简单就是通过类向导,导入类型库的类如图进入类向导,选择添加类按钮的下拉菜单,选

unity 模型材质贴图关系；着色器属性

模型包含材质(Material),包括 [核心]着色器(Shader) 贴图和其他参数,贴图也算是一种参数其他,如网格渲染器(Mesh Renderer).动画.坐标一个材质可以看做为一个Shader的包装,一个预制体着色器(Shader)属性: Albedo:贴图/颜色 Metallic:物体表面对光线反射的能量,通常金属设置>50%,大部分在90%,非金属<20% Smoonthness:该值越大,物体越光滑 normal map:法线贴图 Emission:自发光 If you

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