比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

最近发现了python版的MCScan,是个大宝藏.由于走了不少弯路,终于画出美图,赶紧记录下来. github地址 https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) 软件安装 1 ## 安装lastal 2 网址:http://last.cbrc.jp 3 unzip last-1060.zip 4 cd last-1060 5 make 6 7 # 把scripts, src 添加到环境变量 8 9 ## jcvi

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

先出2个考题: 1. 上面打印的是几,captureNum2 出去作用域后是否被销毁?为什么? 同样类型的题目: 问:打印的数字为多少? 有人会回答:mutArray是captureObject方法的局部变量,mutArray指针 保存到栈上,那么当执行完captureObject方法后,出去了作用域mutArray变量就会被系统自动释放. 所以当执行captureBlk([[NSObject alloc] init]); 的时候,mutArray为nil,每次打印的为0. 当然上面说的是错的.

这个是一个比较初级一点的文章,新人可以看看.当然实现这个需求的时候自己也有一点收获,记下来吧. 前两天产品要求在工程的所有数字键盘弹出时,上面带一个小帽子,上面安装一个“完成”按钮,这个完成按钮也没有什么作用,点击一下收回键盘就可以了.但是工程这么大,很多textfield弹出的都是数字键盘,不可能去每个VC里面修改每一个的代码啊. 想到了一个比较好的办法,自定义一个textfield,继承系统的UITextField.这样我自定义的textfield就有了系统UITextField的所有技能,

IndentationError: expected an indented block 翻译为IndentationError:预期的缩进块 解决方法:有冒号的下一行要缩进,该缩进就缩进

http://skeletoncoder.blogspot.com/2006/10/jdbc-tutorials-commit-or-rollback.html JDBC Tutorials: Commit or Rollback transaction in finally block In most of JDBC books, the transaction management idiom that is followed is, after executing the update s

C的回调函数: callBack.h 1).声明一个doSomeThingCount函数,参数为一个(无返回值,1个int参数的)函数. void DSTCount(void(*CallBack)(int data_i32)); callBack.c 1).在doSomeThingCount函数,对运行次数自增,并调用参数--函数. void DSTCount(void(*CallBack)(int data_i32)) { static int numb = 0; numb++; (*Call

学了OC的block,再写C的回调函数有点别扭,对比下区别,回忆记录下. C的回调函数: callBack.h 1).定义一个回调函数的参数数量.类型. typedef void (*CallBack)(int data_i32); 2).声明一个外部函数指针. extern CallBack myCallBackPTR; 3).声明一个doSomeThingCount函数 void DSTCount(void); callBack.c 1).定义一个函数指针 CallBack myCallBa

1. 操作系统中的栈和堆 我们先来看看一个由C/C++/OBJC编译的程序占用内存分布的结构: 栈区(stack):由系统自动分配,一般存放函数参数值.局部变量的值等.由编译器自动创建与释放.其操作方式类似于数据结构中的栈,即后进先出.先进后出的原则. 例如:在函数中申明一个局部变量int b;系统自动在栈中为b开辟空间. 堆区(heap):一般由程序员申请并指明大小,最终也由程序员释放.如果程序员不释放,程序结束时可能会由OS回收.对于堆区的管理是采用链表式管理的,操作系统有一个记录空闲内存地

以下内容翻译自CSS 2.1官方文档.网址:https://www.w3.org/TR/CSS2/visudet.html#strut 有时,一个元素的盒子的位置和尺寸根据一个确定的矩形计算,这个确定的矩形叫这个元素的包含块.一个元素的包含块根据以下规则确定: 1.根元素所在的包含块叫初始包含块 initial containing block.对于连续媒体设备(continuous media),初始包含块的大小等于视口viewpor的大小,基点在画布的原点(视口左上角):对于分页媒体(pag

   我们在自定义view的时候,通常要考虑view的封装复用,所以如何把view的事件回调给Controller就是个需要好好考虑的问题, 一般来说,可选的方式主要有target-action和delegate,以及这次要强烈推荐的block.      target-action和delegate方式有个很不方便的地方,就是配置代码和action代码不在同一个地方,你肯定要多写一个selector方法或者delegate方法,这就带来一个问题,一旦代码比较长或者selector方法比较多,找

在某个添加文本的页面中,leftbarbutton是删除(直接将数组中的这个string删除),rightbarbutton是完成,分别对应两个block,完成的block是一开始写的,写到了viewWillDisappear中(没写到对应的点击事件中,天坑啊),后来在加删除功能时,总是出错,原来是点击了删除按钮后,也会调用完成的block,会修改数据源,导致刷新collectionview各种奇葩问题!!! 注意一个页面中有多个block情况,一定不能随便写到viewWillDisappear

在完成项目期间,不可避免的会使用到block,因为block有着比delegate和notification可读性更高,而且看起来代码也会很简洁.于是在目前的项目中大量的使用block. 之前给大家介绍了一下在开发的过程中使用到了代理以及block,并详细的介绍了一下delegate和block的相似之处.(如有兴趣可以去看我之前的文章         链接: http://www.cnblogs.com/MasterPeng/p/5210263.html) 主要是因为在开发的时候,有时候由于疏

iOS4.0开始,Block横空出世,它其实就是c预言的补充,书面点说就是带有自动变量的匿名函数,Block简洁,代码的可读性也高,因此深受广大开发者的喜爱,这一次给大家介绍Block的基本类型和项目中的实际操作. Block的形式如下: Block的基本类型 1.无参数无返回值 void(^tempBlock)() = ^(){ NSLog(@"无参无返回值"); }; //调用 tempBlock(); 2.无参数有返回值 int(^tempBlock)() = ^(){ ; };

例子1: ; void (^blk)(void) = ^(){ printf("in block %d[%p]\n", val, &val); //in block 10[0x100300020] }; val = ; printf("out block %d[%p]\n", val, &val); //out block 2[0x7fff5fbff82c] blk(); 例子2: __block ; void (^blk)(void) = ^(){

1. ViewController间传递数据 2. Block的@property必须定义为copy

BFC——一个我们容易忽视掉的布局神器 今天给大家说说BFC这个概念,在说概念前,先给大家看个例子: 首先,定义三个div块元素   效果: 我们发现,块级元素的排列顺序是从上往下,一块接着一块,在w3c中,是这样解释block-level box的: 在一个块级排版上下文中,盒子是从包含块顶部开始,垂直的一个接一个的排列的. 相邻两个盒子之间的垂直的间距是被margin属性所决定的,在一个块级排版上下文中相邻的两个块级盒之间的垂直margin是折叠的 咱们看个例子: 代码如下: 在图中我们发现