jcvi绘制共线性图

2024-11-03

生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

共线性图 | Alluvial Diagrams | Parallel plot | Parallel Coordinates Plot

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

用canvas绘制折线图

<!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>用canvas绘制折线图</title> </head> <body> <canvas id="cv"></canvas> </body> </html> <s

php中用GD绘制折线图

php中用GD绘制折线图,代码如下: Class Chart{ private $image; // 定义图像 private $title; // 定义标题 private $ydata; // 定义Y轴数据 private $xdata; // 定义X轴数据 private $seriesName; // 定义每个系列数据的名称 private $color; // 定义条形图颜色 private $bgcolor; // 定义图片背景颜色 private $width; // 定义图片的宽

使用Canvas绘制背景图

原文 http://www.imququ.com/post/use-canvas-as-background-image.html 最近iCloud Web的Beta版换了UI,整体风格变得和iOS7一致了.首页图标下方漂浮着若干大小不一的泡泡,十分梦幻.大家可以访问 beta.icloud.com 体验下,如果觉得泡泡不够多,还可以加上 crazyAwesome 参数让泡泡变得更加疯狂. 上面提到的泡泡效果,有许多种实现方案.本文要讨论的是iCloud使用的Canvas绘制背景图方案.这样做

Excel应该这么玩——7、我是预言家：绘制趋势图

让我们先看一个场景:你是公司销售部的员工,你手里有公司最近几年的销售额相关的数据,经理希望你预测下个月的销售额.盯着一堆数据,你或许会想到画一张XY坐标图,然后将每个月份的销售额标定为一个坐标.但是下个月的趋势是上升还是下降,值是多少,估计你只能凭感觉在坐标图上打一个点. 读完本文,你就有了很严谨的预测未来趋势的能力,不只是凭感觉哦. 假设存在下面一系列数据,第一行是区间值(例如第几个月),第二行的随着区间变化的值(例如销售额). 选中数据,菜单:插入->图表->散点图->带平滑线和数据

使用Excel 2007绘制甘特图

本文将教大家如何使用Excel 2007制作甘特图.Excel并未提供甘特图类型,但还是可以绘制甘特图的,方法就是通过对堆积条形图类型进行自定义,使之显示任务.任务工期和层次结构. 下面的过程可帮助创建甘特图(Gantt Chart),并且结果与上图相似.对于此图表,我们使用示例工作表数据.您可以将这些数据复制到工作表中,也可以使用自己的数据,只要使用的列标题和工作表结构是相同的. 将示例工作表数据复制到一个空白工作表中,或者打开包含要绘制到甘特图中的数据的工作表:注释 B 列和 C 列中(开始

【python】pandas & matplotlib 数据处理绘制曲面图

Python matplotlib模块,是扩展的MATLAB的一个绘图工具库,它可以绘制各种图形建议安装 Anaconda后使用 ,集成了很多第三库,基本满足大家的需求,下载地址,对应选择python 2.7 或是 3.5 的就可以了: https://www.continuum.io/downloads#windows 脚本默认执行方式: 1.获取当前文件夹下的1.log文件 2.将数据格式化为矩阵 3.以矩阵的列

利用Flex组件birdeye绘制拓扑关系图

birdeye绘制拓扑关系图 1.flex简单介绍 Flex 是一个高效.免费的开源框架,可用于构建具有表现力的 Web应用程序,这些应用程序利用Adobe Flash Player和Adobe AIR, 可以实现跨浏览器.桌面和操作系统.虽然只能使用 Flex 框架构建 Flex应用程序,但Adobe Flash Builder™(之前称为 Adobe Flex Builder™)软件可以通过智能编码.交互式遍历调试以及可视设计用户界面布局等功能加快开发. 另外,FLEX的另一个组件Sprin

UUChart的使用--iOS绘制折线图

UUChart是一个用于绘制图表的第三方,尤其适合去绘制折线图. 二.下载地址: https://github.com/ZhipingYang/UUChartView 三.使用第一步.首先我们将下载下来的文件解压,里面有一个UUChar的文件夹,然后将整个文件夹都拖到项目里面.我们会发现里面有UUBar.h.UUChart.h等文件,这些就是UUChart的具体实现. 第二步.我们需要在引用的.h文件中引入 #import “UUChart.h" 然后实现代理 @interface curre

html5绘制折线图

html5绘制折线图详细代码 <html> <canvas id="a_canvas" width="1000" height="700"></canvas> <script> (function (){ window.addEventListener("load", function(){ var data = [100,-1000,0,700]; // 获取上下文 var a

HTML5 WebAudioAPI(四)--绘制频谱图2

绘制分析器数组所有数据.本文内容,承接上文 1.800宽度绘制 var url='../content/audio/海阔天空.mp3'; if (!window.AudioContext) { alert('您的浏览器不支持AudioContext'); } else { //创建上下文 var atx = new AudioContext(); var source = null; //使用Ajax获取音频文件 var request = new XMLHttpRequest(); reque

HTML5 WebAudioAPI(三)--绘制频谱图

HTML <style> #canvas { background: black; } </style> <div class="container"> <button class="btn btn-primary" id="playBtn"> <i class="glyphicon glyphicon-pause"></i> </button>

【译】在Asp.Net中操作PDF - iTextSharp - 绘制矢量图

原文 [译]在Asp.Net中操作PDF - iTextSharp - 绘制矢量图在上一篇iTextSharp文章中讲述了如何将现有的图片插入PDF中并对其进行操作.但有时,你需要在PDF中绘制不依赖于任何图片文件的矢量图形.iTextSharp既包含了绘制简单矢量图功能,也包含了绘制复杂矢量图的功能.这篇文章将会帮助你入门.本系列文章之前的文章如下: 在ASP.NET中创建PDF-iTextSharp起步在Asp.Net中操作PDF - iTextSharp - 使用字体在Asp.Net

【UML九种图系列】之如何利用三层来绘制类图、时序图？

UML并发视图:实体之间行为的交互,是动态.分为:时序图.协作图.状态图.活动图一.时序图简述: 时序图(Sequence Diagram):描述对象之间的交互行为,按照时间顺序排列. 元素: 角色(Actor):人/系统对象(Object): 生命线(Lifeline):对象存在的时间控制焦点(FocusofControl):表示时间段的符号消息(Message): 同步消息(SynchronousMessage):等待结果. 异步消息(AsynchronousMessage):不等待

Android自己定义组件系列【9】——Canvas绘制折线图

有时候我们在项目中会遇到使用折线图等图形,Android的开源项目中为我们提供了非常多插件,可是非常多时候我们须要依据详细项目自己定义这些图表,这一篇文章我们一起来看看怎样在Android中使用Canvas绘制折线图. 先看看绘制的效果: 实现原理非常easy,我就直接给出代码: package com.example.testcanvasdraw; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import java.util.Rando

JFreeChart绘制折线图实例

JFreeChart是JAVA平台上的一个开放的第三方图表绘制类库.只要下载JFreeChart的类库,导入项目即可使用.下面是一个绘制折线图的实例.各处注释都已经写的比较清晰了. package com.mvc.controller; import java.util.HashMap; import java.util.List; import java.util.Map; import javax.servlet.http.HttpServletRequest; import java.aw

【带着canvas去流浪（7）】绘制水球图

目录一. 任务说明二. 重点提示三. 示例代码四. 文字淹水效果的实现五. 关于canvas抗锯齿六. 小结示例代码托管在:http://www.github.com/dashnowords/blogs 博客园地址:<大史住在大前端>原创博文目录华为云社区地址:[你要的前端打怪升级指南] 一. 任务说明使用原生canvasAPI绘制水球图,这将是一个非常有意思的挑战任务.水球图是一种常见的加载动画,属于扩展图形,在echarts中使用时需要下载扩展库(同为扩展库的还包括文字云

【带着canvas去流浪（6）】绘制雷达图

目录一. 任务说明二. 重点提示三. 示例代码示例代码托管在:http://www.github.com/dashnowords/blogs 博客园地址:<大史住在大前端>原创博文目录华为云社区地址:[你要的前端打怪升级指南] 一. 任务说明使用原生canvasAPI绘制雷达图.(截图以及数据来自于百度Echarts官方示例库[查看示例链接]). 二. 重点提示雷达图绘制的看起来并不复杂,无非就是一些路径点的连线,其中的难点都在于一些细节. 坐标转换为了避免在绘制过程中不断根据

【带着canvas去流浪】（2）绘制折线图

目录一. 任务说明二. 重点提示三. 示例代码 3.1 一般折线图 3.2 用贝塞尔曲线绘制平滑折线图四. 大数据量场景示例代码托管在:https://github.com/dashnowords/blogs/tree/master/Demo/canvas-echarts/line-chart 博客园地址:<大史住在大前端>原创博文目录华为云社区地址:[你要的前端打怪升级指南] 一. 任务说明使用原生canvasAPI绘制折线图.(柱状图截图来自于百度Echarts官方示例库[查

Python使用Plotly绘图工具，绘制面积图

今天我们来讲一下如何使用Python使用Plotly绘图工具,绘制面积图绘制面积图与绘制散点图和折线图的画法类似,使用plotly graph_objs 中的Scatter函数,不同之处在于面积图对fill属性的设置也就是说,相当于是在折线图的基础上,对图形进行填充 import plotly as py import plotly.graph_objs as go import numpy as np pyplt = py.offline.plot # 随机生成100个交易日的收益率 s1

jcvi绘制共线性图

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