一.Jellyfish简介 JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件.该软件运用 Hash 表来存储数据,同时能多线程运行,速度快,内存消耗小.该软件只能运行在64位的Linux系统下.其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上. 二.Jellyfish安装 123

1.场景 通常,使用eclipse的mat图形化工具打开dump的时候都会内存溢出. 对于比较小的dump,eclipse可以打开,但一旦dump文件太大,eclipse就有点束手无策. 这时候怎么办呢?可以使用linux下的mat,既Memory Analyzer Tools 2.dump生成 dump可以是内存溢出时让其自动生成,或者手工直接导.配置jvm参数-XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError -XX:HeapDumpPath=/home/biapp/m.hpro

前段时间线上服务经常发生卡顿,经过排查发现是大对象引起的Fullgc问题,特此记录排查逻辑. 目录 目的 一.获得服务进程 二.生成dump文件 三.下载mat工具 四.使用mat工具导入第二步生成的dump文件 五.导入后得到如下界面 六.定位大对象(方法一) 七.定位大对象(方法二) 目的 定位产生大对象的代码 一.获得服务进程 jps -l 27885\32474 对应的即为运行的Jar ps:也可使用netstat -lnput|grep 启动端口号 等方式查找 二.生成dump文件 j

一.背景 今天下午,正酣畅淋漓的搬砖,突然运维同事在群里通知,核心服务某个节点内存异常,服务假死.神经一下子紧张起来,赶紧跑到运维那边观察现象. 观察的结果是服务内存溢出,该服务是核心服务,分配了5G内存.运维在转存快照后,立刻重启服务后正常.在接下来的一段时间里,另一台服务节点也发生了同样的情况. 二.分析过程 这个服务是另外一个同事负责开发的,本着学习的态度,在拿到运维转存的dump文件后,就准备尝试着分析下问题,由于之前没有类似的经历,于是先在网上查了下一般怎么分析类似的问题. 首先尝试使

前言 在windows 下 系统核心态程序蓝屏,会产生dump文件. 用户级程序在设置后,程序崩溃也会产生dump文件.以方便开发者用windbg进行分析. so,linux 系统也有一套这样的东东----->Linux Core Dump Linux Core Dump 引用 文章 <Linux Core Dump>  http://www.cnblogs.com/hazir/p/linxu_core_dump.html 的话: 当程序运行的过程中异常终止或崩溃,操作系统会将程序当时的

原文地址:http://gao-xianglong.iteye.com/blog/2173140?utm_source=tuicool&utm_medium=referral 前言 生产环境中,尤其是吃大内存的JVM,一旦出现内存泄露等问题是非常容易引发OutofMemory的,如果没有一个好的工具提供给开发人员定位问题和分析问题,那么这将会是一场噩梦.目前JDK其实自带有一些内存泄露分析工具专门用于帮助开发人员定位内存泄露等问题,但是这些工具往往并不是能够满足一些现状,这里笔者所指的现状更多是

Sqlserver2005日志文件太大,使其减小的方法: 运行下面的三行 dbName为数据库名: backup log dbNamewith NO_LOG backup log dbNamewith TRUNCATE_ONLY DBCC SHRINKDATABASE(dbName) 日志文件减小到1MB 或者見:http://hovertree.com/menu/sqlserver/ sql server清空日志文件2011-04-06 23:05 1: 删除LOG1:分离数据库 企业管理器-

程序崩溃(crash)的时候, 为了以后能够调试分析问题, 可以使用WinDBG要把当时程序内存空间数据都保存下来,生成的文件称为dump 文件. 步骤: 1) 打开WinDBG并将之Attach 到crash的程序进程 2) 输入产生dump 文件的命令 WinDBG产生dump 文件的命令是 .dump ,可以选择不同的参数来生成不同类型的dump文件. 选项(1): /m 命令行示例:.dump /m C:\dumps\myapp.dmp 注解: 缺省选项,生成标准的minidump, 转

程序崩溃的两种主要现象: a. 程序在运行中的时候,突然弹出错误窗口,然后点错误窗口的确定时,程序直接关闭 例如: “应用程序错误” “C++错误之类的窗口” “程序无响应” “假死”等 此种崩溃特点:程序已异常,在你未点出错窗口的确定或其他按,所有错误信息都还保留在PC的内存中,可以直接抓取Dump文件.当然,如果你知道 怎么样操作可以让程序崩溃,也可以用守株待兔的抓取方法抓Dump文件. b.程序在运行中的时候,窗口和进程突然消失,没有任何错误窗体 典型的现象:程序自动关闭 或者玩游戏时,游

自定义VS程序异常处理及调试Dump文件(一) 1. Dump文件 1. Dump文件介绍 Dump文件(Dump File),也叫转储文件,以.DMP为文件后缀.dump文件是进程在内存中的镜像文件,通过转换然后存储成以.DMP后缀的文件.dump文件根据存储时的选项不同,会生成不同大小的文件,其中记录信息也自然有所不同. 2. Dump文件分类 程序分两种,内核模式程序和用户模式程序,也即Ring0程序和Ring3程序.Dump文件是伴随着程序而生成的,所以Dump文件也同样分两种. Ker

转自:http://blog.csdn.net/lifuxiangcaohui/article/details/37992725 最近因项目存在内存泄漏,故进行大规模的JVM性能调优 , 现把经验做一记录. 一.JVM内存模型及垃圾收集算法 1.根据Java虚拟机规范,JVM将内存划分为: New(年轻代) Tenured(年老代) 永久代(Perm) 其中New和Tenured属于堆内存,堆内存会从JVM启动参数(-Xmx:3G)指定的内存中分配,Perm不属于堆内存,有虚拟机直接分配,但可以

前言: 对于需要长时间运行的.net程序,有时需要我们查看内存的使用有没有内存泄露问题. 我们可以从dump文件中找到答案. Dump的看点 用dump文件来分析内存,到底我们需要关心哪些点呢? 内存的使用情况 HeapSize/object的数量 也就是托管堆使用大小以及托管堆内有多少数量的对象 1.1  查看有没有存在有占用大量内存的对象 <比如有某类下面的一个集合>  1.2  0 1 2各代的size<查看各代的内存是否有异常> 2.调查是否有内存泄露(重点) 2.1  查

目录 OOM异常--intsmaze 正确姿势dump文件分析--intsmaze 正确的姿势--intsmaze dump丢失打印--intsmaze 哪些内存溢出会产生dump文件--intsmaze 应用程序出现OOM异常,你是否仍然通过看日志的方式去排查问题(该方式定位解决问题是大概率的巧合而已)?正确的排查方案是进行dump文件分析,你知道为什么吗? OOM异常--intsmaze 首先说一下,本人在开发中遇到的OOM异常基本也是通过看log日志去定位的(很多OOM异常是因为出现死循环

一.dump基本概念 在故障定位(尤其是out of memory)和性能分析的时候,经常会用到一些文件来帮助我们排除代码问题.这些文件记录了JVM运行期间的内存占用.线程执行等情况,这就是我们常说的dump文件.常用的有heap dump和thread dump(也叫javacore,或java dump).我们可以这么理解:heap dump记录内存信息的,thread dump是记录CPU信息的. heap dump: heap dump文件是一个二进制文件,它保存了某一时刻JVM堆中对象

jhat简介 jhat用来分析java堆的命令,可以将堆中的对象以html的形式显示出来,包括对象的数量,大小等等,并支持对象查询语言 这个工具并不是想用于应用系统中而是用于"离线"分析. 把本机的java内存映像导出到heap.dmp中,其中PID为java进程的ID号. jmap -dump:live,format=b,file=heap.dmp PID 导出后的映像文件可以用jhat来进行分析,-J是向java虚拟机传一个参数,如-mx768m是指定虚拟机可用最大的内存为768M

写个demo来玩一玩linux平台下使用lldb加载sos来调试netcore应用. 当然,在真实的产线环境中需要分析的数据和难度远远高于demo所示,所以demo的作用也仅仅只能起到介绍工具的作用. 通常正常情况下,分析个几天才能得出一个结论的的结果都还是比较令人开心的!,很多时候分析来分析去也搞不出个所以然,也是很正常的(当然,也是自己学艺不精(^_^)) 在linux平台下的sos调试远没有在windows下面用windbg来得舒服,该有的命令很多都没有. 微软爸爸还要加油努力啊!如果能做

原文:http://czmmiao.iteye.com/blog/1144999 DUMP文件概述 为了增强故障分析能力,IBM的服务器增加了对设备故障当前环境的保存功能,就是保存一份设备故障时的内存.CPU寄存器.IO等设备的数据和状态信息,如果系统并没有停住,只是某个程序死掉,会产生CORE DUMP,在当前目录下产生一个CORE文件.而如果操作系统死掉,则产生System DUMP或者System Crash,通常会引起系统停机.DUMP的记录如下图所示. 作为一般客户通常只需要收集DUM

dump文件是进程的内存镜像.可以把程序的执行状态,即当时程序内存空间数据通过调试器保存到dump文件中. 1.利用WinDbg里的adplus来获取dump文件 Adplus.vbs 是一个Visual Basic Script 文件,Adplus 主要用来生成内存转储文件 (dump file),内存转储文件适用于不能实时调试的情况下.在WinDbg安装目录里可以找到adplus.vbs,使用adplus.vbs生成dump文件, adplus -hang -o d:\dump -p 123

原文: http://baidutech.blog.51cto.com/4114344/904419 Core,又称之为Core Dump文件,是Unix/Linux操作系统的一种机制,对于线上服务而言,Core令人闻之色变,因为出Core的过程意味着服务暂时不能正常响应,需要恢复,并且随着吐Core进程的内存空间越大,此过程可能持续很长一段时间(例如当进程占用60G+以上内存时,完整Core文件需要15分钟才能完全写到磁盘上),这期间产生的流量损失,不可估量. 凡事皆有两面性,OS在出Core

Dump 文件分析很大程度上就是分析蓝屏产生的原因.这种系统级的错误算是Windows提示错误中比较严重的一种(更严重的还有启动黑屏等硬件或软件兼容性错误等等).说它是比较严重,是因为毕竟Windows还提供了dump文件给用户分析,至少能比较容易的找到错误的原因.一般蓝屏要么是内核程序中的异常或违规,要么是数据结构的损坏,也有boot或shutdown的时候内核出错.有时候蓝屏是一闪而过,紧接着是系统重启:有时候是蓝屏等待.总之蓝屏的时候都提示了一些停止代码和错误信息,不过这些提示是不全面的,

原文:MSSQL收缩事务日志&日志文件过大无法收缩 一.MS SQL SERVER 2005 --1.清空日志 exec('DUMP TRANSACTION 数据库名 WITH NO_LOG') --2.截断事务日志: exec('BACKUP LOG 数据库名 WITH NO_LOG') --3.收缩数据库文件(如果不压缩,数据库的文件不会减小 exec('DBCC SHRINKDATABASE(数据库名) ') --4.设置自动收缩 exec('EXEC sp_dboption 数据库名,a