目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档.今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中,终于找到Juicebox的官方文档了:http://aidenlab.org/assem

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我跑了下,结果不佳.提了issue,张老师特意开发了个为简单基因组设计的流程:https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/blob/master/bin/ALLHiC_pip.sh,主要增加了对contig的纠错.至于效果,我还在跑. 3D-DNA 优秀的纠错功能.我认

最近因项目需要,做一个数据采集的单片机平台.需要移植 FatFs .现在把最后成果贴上来. 1.摘要 在 STM32 单片机上,成功移植 FatFs 0.12b,使用的 Nand Flash 芯片为 K9F2G08 . 特点: 系统配合 FatFs 实现了坏块管理,硬件ECC,软件 ECC 纠错 2.代码分析 2.1.擦写均衡分析 在create_chain 函数中实现,每次分配都由当前scl 指向的 free cluster 开始,逐块检查,是否有可用 cluster 存在.如果没有则取下一块

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

官网上,纠错有以下三种,如日期格式不对,或超期,则必须纠错过后,才能继续操作, 但有时,可能允许出错,需要把纠错功能去掉,则可以设置errDealMode = 3,这种模式是官网说没有的, 但能够去掉自动纠错的限制,但引发的问题未知,慎用(My97Datepicker 4.8版本).

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以

BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理. Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了很多局部模型,而且在总体设计上也是很有眼光的. 原文:proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read consensus 摘要 动机:目前边合成边测序的二代技术占主导,虽然准,但太

Flash型号: NandFlash型号:TC58NVG2S3ETA00 pagesize: 2KB oobsize  : 64B blocksize : 128K 关于ECC可以参考:http://www.cnblogs.com/pengdonglin137/p/3438001.html,其中介绍了256B纠错1位的ECC生成算法,而这里的512B跟它的方法类似. 这里有一个EXCEL表格,它是对下面将要分析的算法的动态演示,只需要更改其中的16*16的表格中的数字,相应的ECC会自动计算出来

ECC的全称是Error Checking and Correction,是一种用于Nand的差错检测和修正算法.如果操作时序和电路稳定性不存在问题的话,NAND Flash出错的时候一般不会造成整个Block或是Page不能读取或是全部出错,而是整个Page(例如512Bytes)中只有一个或几个bit出错.ECC能纠正1个比特错误和检测2个比特错误,而且计算速度很快,但对1比特以上的错误无法纠正,对2比特以上的错误不保证能检测.校验码生成算法:ECC校验每次对256字节的数据进行操作,包含列

Hanming,RS,BCH —— NAND Flash中常用的纠错方式 因为闪存中会有出错的可能,如果没有使用ECC模块,读出的数据和写入的数据会有不匹配的可能,也许一个文件中只有一两个bit不匹配,这也是不能容忍的.相对来说SLC中出错概率比较低,所以使用一个纠错能力不强的Hanming码就可以了,在MLC中Hanming码就显得力不从心了,需要纠错能力更强的RS或者BCH纠错方式了. Hanming码原理算法都不算复杂,网上应该都能找到hdl代码. RS(Reed-Solomon)应用也非

1.源代码下载地址 <OpenCV3 计算机视觉--Python语言实现 第二版>由我们翻译,英文书名<Learning OpenCV3 Computer Vision with Python second edition>源代码的下地址为: https://github.com/techfort/pycv 或 http://examples.oreilly.com/9781785283840/ 2.纠错 (1)第11页最下面的第二行代码中的“libavcodecdev”应修改为“

纠错输出编码法(Error-Correcting Output Codes,ECOC)不仅能够将多类分类问题转化为多个两类问题,而且利用纠错输出码本身具有纠错能力的特性,可以提高监督学习算法的预测精度. 将多类问题两类化的重要途径是对输出的类别进行编码,即每个类别对应一个长度为n的二进制位串(称为码字),共形成m个码字,这些码字的同一位描述了一个二值函数.学习结束后获得n个二分器,在分类阶段,每个二分器对输入样本产生的输出形成输出向量,然后由决策规则判定输入样本的类别. 纠错输出编码法:将机器学

.mytitle { background: #2B6695; color: white; font-family: "微软雅黑", "宋体", "黑体", Arial; font-size: 18px; font-weight: bold; height: 25px; line-height: 25px; margin: 15px 0 !important; padding: 5px 0 5px 20px; width: 97% } 自用Red

搜索引擎里有一个很重要的话题,就是文本纠错,主要有两种做法,一是从词典纠错,一是分析用户搜索日志,今天我们探讨使用基于词典的方式纠错,核心思想就是基于编辑距离,使用BK树.下面我们来逐一探讨: 编辑距离 1965年,俄国科学家Vladimir Levenshtein给字符串相似度做出了一个明确的定义叫做Levenshtein距离,我们通常叫它"编辑距离". 字符串A到B的编辑距离是指,只用插入.删除和替换三种操作,最少需要多少步可以把A变成B.例如,从FAME到GATE需要两步(两次替

BK树或者称为Burkhard-Keller树,是一种基于树的数据结构,被设计于快速查找近似字符串匹配,比方说拼写纠错,或模糊查找,当搜索”aeek”时能返回”seek”和”peek”. 本文首先剖析了基本原理,并在后面给出了Java源码实现. BK树在1973年由Burkhard和Keller第一次提出,论文在这<Some approaches to best match file searching>.这是网上唯一的ACM存档,需要订阅.更细节的内容,可以阅读这篇论文<Fast Ap

笔者寄语:机器学习中交叉验证的方式是主要的模型评价方法,交叉验证中用到了哪些指标呢? 交叉验证将数据分为训练数据集.测试数据集,然后通过训练数据集进行训练,通过测试数据集进行测试,验证集进行验证. 模型预测效果评价,通常用相对绝对误差.平均绝对误差.根均方差.相对平方根误差等指标来衡量. 只有在非监督模型中才会选择一些所谓"高大上"的指标如信息熵.复杂度和基尼值等等. 其实这类指标只是看起来老套但是并不"简单",<数据挖掘之道>中认为在监控.评估监督模型

一.关于两种英语教学法的争议 在英语教学方面,主要有纠错式教学法(目前主要对应国内听说读写四位一体的教学法)和鼓励式教学法(目前对应国内听说为主的教学法),这两种教学方法其实是各有千秋,各有利弊的. 1. 纠错式教学法(四位一体的教学) 代表人物:乐加乐.剑桥国际.优学汇.北外青少的英系教学 优点:听说读写四位一体的教学,更重视读写,听力也比较强,重视语法的准确度,对考试得分有帮助.并且有相应的证书证明你的水平,对未来学术交流非常有利. 缺点:四位一体教学,因此口语的训练时间必然少,容易造成口语

一 汉明码的编解码说明 (一)编码 Hamming(12,8) N=12,表示编码后的比特长度 K=8,待编码数据的比特长度 R=N-K=4,校验位的比特长度 D=3 汉明距离:相邻行之间不同比特数据的最小值 (D-1)/2=1 纠错能力 表格1: ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 单位矩阵(I)                

word下载 ECC的全称是Error Checking and Correction,是一种用于Nand的差错检测和修正算法.如果操作时序和电路稳定性不存在问题的话,NAND Flash出错的时候一般不会造成整个Block或是Page不能读取或是全部出错,而是整个Page(例如512Bytes)中只有一个或几个bit出错.ECC能纠正1个比特错误和检测2个比特错误,而且计算速度很快,但对1比特以上的错误无法纠正,对2比特以上的错误不保证能检测. 校验码生成算法:ECC校验每次对256字节的数据

纠错帖:Zuul & Spring Cloud Gateway & Linkerd性能对比  Spring Cloud  Spring Cloud Spring Cloud Gateway Zuul 性能  2018/02/08  1281 动机 已经不止一次看到“Spring Cloud Gateway性能比Zuul更差”的言论了,不少人人云亦云,来问我,既然如此,那Spring官方还开发Spring Cloud Gateway干嘛?难道仅仅是为了支持Zuul 1.x不支持的长连接.We