KEGG信号通路图空心三角

手把手教你看KEGG通路图！

手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示: 1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

KEGG通路图应该怎么看（转载）

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

GO富集分析信号通路

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类. 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路.这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素.生长因子.细胞因子.神经递质以及其它小分子化合物等. 富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等. Go分析能够缩小查询基因的范围 BINGO : 查询这条通

pathway 中几张特殊的通路图

pathway 的ID 是5个数字的组合,在pathway 数据库中,有几类通路图非常特殊: 1) 第一类, 以 011 开头的通路共有 01100, 01120, 01130 三张通路图,从外观上看,就和我们常见的通路不一样这三张其实是总的通路图,里面的每一条线代表的是1个KO

解读人：谭亦凡，Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling（巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路）（MCP换）

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要

Mol Cell Proteomics. |胡丹丹| 雷公藤红素通过SIRT1-FXR 信号通路保护胆汁淤积性肝损伤

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy

Java打印空心三角

Java打印空心三角 public static void main(String[] args) { int n=5; //n表示输出空心三角形行数,这里以5行为例 for(int i=1;i<=n;i++) { for(int j=1;j<=n-i;j++) { //控制每行最前面的空格 System.out.print(" "); } for (int k = 1; k <= 2*i-1; k++) { //控制总的星号和空格 if(i==1||i==n) {

CSS3 用border写空心三角箭头 (两种写法)

之前一直在寻找这种空心三角箭头, 终于知道了原理! 自己记录一下,顺便分享给之前跟我一样想要的撸友们~ 第一种写法利用常见的 after伪元素 <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="UTF-8"> <title></title> <style type="text/css"> .arrow { width: 20px; heigh

有基因ID或者基因名，如何拿到对应的KEGG通路图？

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

openlayers4 入门开发系列之小区信号扇形图篇

前言 openlayers4 官网的 api 文档介绍地址 openlayers4 api,里面详细的介绍 openlayers4 各个类的介绍,还有就是在线例子:openlayers4 官网在线例子,这个也是学习 openlayers4 的好素材. openlayers4 入门开发系列的地图服务基于 Geoserver 发布的,关于 Geoserver 方面操作的博客,可以参考以下几篇文章: geoserver 安装部署步骤 geoserver 发布地图服务 WMS geoserver 发布地

一维信号频谱图仿真——matlab

程序1: %在MATLAB中是用连续信号在等时间间隔点的样值来近似地表示连续信号的,当采样时间间隔足够小时,这些离散的采样值就能较好地近似出连续信号,matlab中连续信号的显示实际上还是离散信号的显示,只是取样点特别 %多的时候,用线连接起来,显示出来的图形就比较圆滑,接近连续信号:如果取样点特别少,连接起来就会变成折线: clear all; %这个其实可以没有,只不过以前出过问题,现在就加上! N=; %这个是你举得信号的点数,随便你了 fs=; %这个是抽样频率,记得要高于信号中最高频率

html5 css写出一个实心三角形和空心三角行

原理:css中的border属性的特殊性. 实心三角形: html5: <div id="mydiv"></div> css: #mydiv{ height: 0px; width: 0px; z-index: 1;/*这个与后面的空心三角形有关*/ border-left: 50px solid transparent; border-right: 50px solid transparent; border-bottom: 100px solid red;}

关于KO信息

最近写大论文查到KO也是可以用于分类的一种信息. 如何使用KEGG进行通路富集http://blog.sciencenet.cn/blog-364884-779116.html kegg 数据库学习笔记 http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102wtqq.html 看懂KEGG代谢通路图 http://www.sohu.com/a/237066605_100199392 http://bubuko.com/infodetail-1993294.html

如何将声学的spectrogram（声谱图）重新反变换成时域语音信号

最近在研究一些信号分析的事情,感兴趣如何将频谱信号反变换成时域信号.fft 与ifft可以顺畅的转变,但是这个是一帧信号,当时间较长的信号再一起是,通过反变换变成一帧一帧的时域信号,如何把他们拼接起来非常感兴趣,以后会做一些尝试,这里先留个档案. 1.将声音转化为声谱图(Spectrogram) 通过短时傅里叶变换. 2.将声谱图转换为声音 1. 通过ifft将一帧一帧的FFT信号(即1维的FFT信号数组X(F)(i)[ i=0 to length( X(f) ) ])变换成一小段一小段的时域信

【SysML】模块定义图(BDD, Block Definition Diagram)

一.引言 SysML中的模块定义图,英文为 “Block Definition Diagram”,简称BDD,是系统建模过程中最为常见的图之一,BDD是一种结构图,它主要对系统的结构组成以及组成元素间的关系进行描述.SysML中的图类似于UML中的类图,在学习的过程中可以以类比的方式进行学习. 二.模块定义图介绍如下图所示,BDD中可以包含包.模型.模型库.视图.模块和约束模块.其中最为重要和常见的是模块和约束模块.包.模型.模型库.视图在后续系列文章中论述,我们仅关注BDD中常用的模块和约

【UML 建模】UML建模语言入门 -- 静态图详解类图对象图包图静态图建模实战

发现个好东西思维导图, 最近开始用MindManager整理博客 . 作者 :万境绝尘转载请注明出处 : http://blog.csdn.net/shulianghan/article/details/18964835 . 一. 静态图概述 1. 静态图引入 (1) 图的分类图的分类 : 图分为结构行为图和动态行为图,结构行为图包括用例图, 类图,对象图,组件图,配置图; 动态行为图包括状态图,活动图,时序图,协作图; (2) 静态图内容静态图概念 :类图,对象图,包图是静态图

UML建模语言入门 -- 静态图详解类图对象图包图静态图建模实战

发现个好东西思维导图, 最近开始用MindManager整理博客 . 作者 :万境绝尘转载请注明出处 : http://blog.csdn.net/shulianghan/article/details/18964835 . 一. 静态图概述 1. 静态图引入 (1) 图的分类图的分类 : 图分为结构行为图和动态行为图,结构行为图包括用例图, 类图,对象图,组件图,配置图; 动态行为图包括状态图,活动图,时序图,协作图; (2) 静态图内容静态图概念 :类图,对象图,包图是静态图

初识UML类图--类之间关系

前言最近有打算学习一下设计模式,所以就去看了园子里面左潇龙大哥的设计模式文章,看完之后只有一个感觉,我啥时候也能写出来这么牛逼的文章啊,但是我这语文老师死的早的人还是算了,但是设计模式还是要学的,这个博客还是要写的,所以还是接着写吧,遵从龙哥的教诲,学习设计模式之前先简单学习一下类图里面各种类的关系,因此就有了这篇随笔,废话不多说,下面进入正文. 类与类之间的关系类与类之间的关系从弱到强依次是:没有关系(这不是扯淡嘛).依赖.关联.聚合.组合,还有泛化(其实就是继承)和实现,这俩大哥是在是没

KEGG数据库的使用方法与介绍

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

KEGG数据库

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

KEGG信号通路图空心三角

热门专题