在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG

但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons

#===============================      版本1  ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能.是EBI开发的一个集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余数据库.Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释.以下介绍3中interp

转自 https://www.plob.org/article/4603.html 具体请去上面的网页查看. my $DNA="ATGCCCGGT";my $pep=&TranslateDNASeq($DNA); sub TranslateDNASeq{    use Bio::Seq;    (my $dna)=@_;    my $seqobj=Bio::Seq->new(-seq =>$dna, -alphabet =>'dna');    return

编码 from __future__ import division def get_aa_percentage(protein, aa_list=['A','I','L','M','F','W','Y','V']): protein = protein.upper() protein_length = len(protein) total = 0 for aa in aa_list: aa = aa.upper() aa_count = protein.count(aa) total += a

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus

一.数据类型 1.数据类型分类 Java 的数据类型分为两大类: 基本数据类型:整数.浮点数.字符型.布尔型 引用数据类型(对象类型):类.数组,字符串.接口等. 2.基本数据类型 四类八种基本数据类型: 数据类型 关键字 内存占用 取值范围 字节型 byte 1个字节 -128~127 短整形 short 2个字节 -32768~32767 整形 int(默认) 4个字节 -2的31次方~2的31次方-1 长整型 long 8个字节 -2的63次方~2的63次方-1 单精度浮点型 float

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种

序列是一种数据库对象,用来自动产生一组唯一的序号:序列是一种共享式的对象,多个用户可以共同使用序列中的序号. 序列的创建语法 CREATE SEQUENCE sequencename [INCREMENT BY n]             定义序列增长步长,省略为1 [START WITH m]               序列起始值,省略为1 [{MAXVALUE n | NOMAXVALUE}] 序列最大值, [{MINVALUE n | NOMINVALUE}] 序列最小值 [{CYCL

前言:      现在java的出产地sun公司并没有定义一个java注释规范,注释规范目前是每个公司自己有自己的一套规范,主要是为了团队之间的协作. 1.基本规则      1.注释应该使代码更加清晰易懂      2.注释要简洁明了,只要提供能够明确理解程序必要的信息就可以了.如果注释太复杂会影响程序整洁度和阅读感.      3.注释不仅描述程序作了什么,还要描述为什么这样做以及约束.      4.对于一般的getter和setter方法不用注释.      5.类.接口.构造函数.方法

一. 学习语法之前的提醒 1) C语言属于一门高级语言,其实,所有高级语言的基本语法组成部分都是一样的,只是表现形式不太一样 2) 就好像亚洲人和非洲人,大家都有人类的结构:2只 手.2只脚.1个头,只是他们外表不太一样,比如肤色.脸型 3) 因此,你掌握好了一门高级语言,再去学习其他高级语言,那是相当快的 4) 而且,很多其他高级语言,比如后面要学习的Objective-C,都是基于C语言.从C语言衍生出来的,好好学习C语言吧,绝对不吃亏 二. 关键字 1. 什么是关键字 1> 关键字就是C语

序列: 是oacle提供的用于产生一系列唯一数字的数据库对象. l  自动提供唯一的数值 l  共享对象 l  主要用于提供主键值 l  将序列值装入内存可以提高访问效率 创建序列: 1.  要有创建序列的权限 create sequence 或 create any sequence 2.  创建序列的语法 CREATE SEQUENCE sequence  //创建序列名称        [INCREMENT BY n]  //递增的序列值是n 如果n是正数就递增,如果是负数就递减 默认是1

Java培训.Android培训.iOS培训..Net培训.期待与您交流! (一下内容是对黑马苹果入学视频的个人知识点总结) (一)C语言简单介绍 (1)C语言程序是由函数组成的任何C语言程序都是由一个或多个程序段组成,每一个程序段都有自己的功能,叫做函数.所以说C语言都是由函数构成的. (2)一个程序可以有无数个函数,没一个都有自己的名称,根据这些名称可以调用对应的函数来执行相应的功能.而main函数就是C程序的程序的入口. #include <stdio.h> // 这是一个main函数,

1. 什么是注释 1) 注释是在所有计算机语言中都非常重要的一个概念,从字面上看,就是注解.解释的意思 2) 注释可以用来解释某一段程序或者某一行代码是什么意思,方便程序员之间的交流.假如我写完一行代码后,加上相应的注释,那么别人看到这个注释就知道我的这行代码是做什么用的 3) 注释可以是任何文字,也就是说可以写中文 4) 在开发工具中注释一般是豆沙绿色 2. 单行注释 1) 单行注释以两个正斜杠开头,也就是以//开头,只能注释一行,从//开始到这行的结尾都是注释的内容 2) 任何地方都可以写注

上一讲中已经创建了第一个C语言程序,知道了C程序是由函数构成的,这讲继续学习C语言的一些基本语法.C语言属于一门高级语言,其实,所有的高级语言的基本语法组成部分都是一样的,只是表现形式不太一样.就好像亚洲人和非洲人,大家都有人类的结构:2只手.2只脚.1个头,只是他们外表不太一样,比如肤色.脸型.因此,你掌握好了一门高级语言,再去学习其他高级语言,那是相当快的.而且,很多其他高级语言,比如后面要学习的Objective-C,都是基于C语言.从C语言衍生出来的,好好学习C语言吧,绝对不吃亏. 一.

学习语法之前的提醒 C语言属于一门高级语言,其实,所有高级语言的基本语法组成部分都是一样的,只是表现形式不太一样 就好像亚洲人和非洲人,大家都有人类的结构:2只 手.2只脚.1个头,只是他们外表不太一样,比如肤色.脸型 因此,你掌握好了一门高级语言,再去学习其他高级语言,那是相当快的 而且,很多其他高级语言,比如后面要学习的Objective-C,都是基于C语言.从C语言衍生出来的,好好学习C语言吧,绝对不吃亏   关键字 什么是关键字 关键字就是C语言提供的有特殊含义的符号,也叫做"保留字&q

转载:http://blog.csdn.net/java958199586/article/details/7360152 序列: 是oacle提供的用于产生一系列唯一数字的数据库对象. l  自动提供唯一的数值 l  共享对象 l  主要用于提供主键值 l  将序列值装入内存可以提高访问效率 创建序列: 1.  要有创建序列的权限 create sequence 或 create any sequence 2.  创建序列的语法 CREATE SEQUENCE sequence  //创建序列