手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=5424 哈密顿通路:联通的图,访问每个顶点的路径且只访问一次 n个点n条边 n个顶点有n - 1条边,最后一条边的连接情况: (1)自环(这里不需要考虑): (2)最后一条边将首和尾连接,这样每个点的度都为2: (3)最后一条边将首和除尾之外的点连接或将尾和出尾之外的点连接,这样相应的首或尾的度最小,度为1: (4)最后一条边将首和尾除外的两个点连接,这样就有两个点的度最小,度都为1 如果所给的图是联通的话,那

对于欧拉回路,先判断出度入度的差是否为偶数,然后最大流一次. 此题是判断有无欧拉通路,前提要判断图是否连通,然后欧拉通路的条件:要么出入度差没有奇数,或者只有2个点. 所以先统计差为奇数的个数,如果不为0或2,不可能.然后如果为2,表示可能使欧拉路,所以此时可以将这两个点相连,类似添加一条无向边.然后就是判断是否为欧拉回路了. #include<stdio.h> #include<string.h> #include<queue> #define maxn 50 #de

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

Description While dad was at work, a little girl Tanya decided to play with dad characters. She has written all the possible n three-letter continuous substrings of the password on pieces of paper, one for each piece of paper, and threw the password

题意:n个点m条无向边的图,找一个欧拉通路/回路,下标是p1,p2,p3-pt,然后使得ap1XORap2XOR-XORapt这个值最大. 思路: 首先要判断一下这个图是不是联通的,用并查集就好了,然后有个注意点就是可能是单个独立点: 然后再判断是不是欧拉通路,不是也不行: 最后计算,最后如果是欧拉回路还要找一个最大起点(终点). #include <bits/stdc++.h> using namespace std; const int N=1e5+10; int n; int pre[N

判断是欧拉通路后,DFS简单剪枝求解字典序最小的欧拉通路路径 //Time:16Ms Memory:228K #include<iostream> #include<cstring> #include<cstdio> #include<algorithm> using namespace std; #define MAX 1005 #define MAXS 24 //姓名 #define MAXN 26 //字母 struct Edge{ char name

题目大意:原题链接 给你一张图,初始你在房间1,初始生命值为100,进入每个房间会加上那个房间的生命(可能为负),问是否能到达房间n.(要求进入每个房间后生命值都大于0) 解题思路: 解法一:Floyd+Bellman 1.Floyd先判断图是否连通,不连通则直接失败 2.Bellman Ford然后跑最长路,判断是否有正环或者有正通路 #include<cstdio> #include<cstring> using namespace std; ],d[]; ][],link[]

前任三最近非常火了,票房蹭蹭往上升,昨天也去电影院看了,想起了我的前任,她是一名女程序员,为了让我学好java,她曾经亲自教我Java的算法,学算法是件非常重要的事,在这忍住回忆的悲伤,分享给你们. 1.Algorithm Gossip: 八皇后(她曾经也是我的皇后) 说明:西洋棋中的皇后可以直线前进,吃掉遇到的所有棋子,如果棋盘上有八个皇后,则这八个皇后如何相安无事的放置在棋盘上,1970年与1971年, E.W.Dijkstra与N.Wirth曾经用这个问题来讲解程式设计之技巧.解法关于棋盘

一.JML基础梳理及工具链 jml语言基础 JML的全称是Java Modeling language,是一种行为接口规格语言,通过JML及其支持工具,不仅可以基于规格自动构造测试用例,还可用SMT Solver等工具以静态方式来检查代码实现对规格的满足情况. 1.注释结构 行注释://@annotation 块注释:/*@ annotation @*/ 2.JML表达式 1.1原子表达式 \result表达式:表示一个非 void 类型的方法执行所获得的结果,即方法执行后的返回值. \old(

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

判断一些字符串能首尾相连连在一起 并查集求欧拉回路和通路 Sample Input 3 2 acm ibm 3 acm malform mouse 2 ok ok Sample Output The door cannot be opened. Ordering is possible. The door cannot be opened. #include<cstdio> #include<iostream> #include<algorithm> #include&

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

题意:给n个字符串(3<=n<=1000),当字符串str[i]的尾字符与str[j]的首字符一样时,可用dot连接.判断用所有字符串一次且仅一次,连接成一串.若可以,输出答案的最小字典序(dot是最小字典序的,比‘a'小). 显然就是以26个字母为结点,n个字符串为边,求解有向图的欧拉通路. 不过这里要注意,26个字母不一定都用上. 先判断有向图的欧拉通路的条件是否成立: 1.有一个结点入度等于出度+1且有一个结点出度等于入度+1且其他结点入度等于出度.(或所有结点入度等于出度) 2.有向图

题意:给一张无向图,判断是否是哈密顿图. 哈密顿路:经过每个点有且仅有一次的一条通路. 方法:每次找度数最小的点作为起点,然后dfs整个图,看能遍历到的点的数目能否达到n. #include<iostream> #include<cstdio> #include<ctime> #include<cmath> #include<cstring> #include<algorithm> #include<queue> #inc

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g: