KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i

mysql数据库面试总结 2017年09月04日 00:11:40 阅读数:151 结合网上大神还有自己面试经历,收集的总结Mysql面试题,方便自己准备面试: mysql一个永远都复习不完,尽量总结,差不多就可以去面试(个人观点) 1.数据库事务的四个特性及含义 数据库事务transanction正确执行的四个基本要素.ACID,原子性(Atomicity).一致性(Correspondence).隔离性(Isolation).持久性(Durability). 原子性:整个事务中的所有操作,要

1.Sql 约束 http://www.cnblogs.com/henw/archive/2012/08/15/2639510.html 2.修改列类型 MySQL:ALTER TABLE tableName modify column(老字段) columnName(新字段) 类型:约束 Oracle:ALTER TABLE tableName modify(columnName 类型): 1 2 3.联合索引最左前缀原则 例如在表(name,age,birth)中建立联合索引name_age

一.     选择题 1.SQL语言是( C )语言. A．层次数据库 B．网络数据库 C．关系数据库 D．非数据库     redis 是 3.如果在where子句中有两个条件要同时满足,应该用哪个逻辑符来连接(C ) A．OR B．NOT C．AND D．NONE 4.外连接的条件可以放在以下的那一个子句中(  B) A．  FROM B.   WEHRE C.   SELECT D.   HAVING  group by分组后必须用  聚合函数只能在having中用 5.在从两个表中查询数

数据库总结--MySQL常见面试题 2015年03月24日 17:56:06 阅读数:7787 1.根据部门号从高到低,工资从低到高列出员工的信息 select * from employee order by dept_id desc,salary 2.union和union all的区别用union连接表后,重复的记录会被删除掉用union all连接表后,记录会被完整保留 3.分页语句(用sql语句直接分页,效率高)    pageSize = 20;    pageNo = 5; sel

总结的一些MySQL数据库面试题 2016年06月16日 11:41:18 阅读数:4950 一.sql语句应该考虑哪些安全性? (1)防止sql注入,对特殊字符进行转义,过滤或者使用预编译的sql语句绑定变量. (2)最小权限原则,特别是不要用root账户,为不同的类型的动作或者组建使用不同的账户. (3)当sql运行出错时,不要把数据库返回的错误信息全部显示给用户,以防止泄漏服务器和数据库相关信息. 二.简单描述MySQL中,索引,主键,唯一索引,联合索引的区别,对数据库的性能有什么影响.

Oracle数据库面试题总结 2017年04月27日 22:41:44 阅读数:9271 1.SQL语句分类 DQL(数据查询语言)select DML(数据操作语言)insert.delete.update DDL(数据定义语言)create.drop.alter DCL(数据控制语言)grant:把权限授予用户.revoke:把权限从用户收回 TPL(TCL,事务控制语言):commit.rollback 2.Oracle是怎样分页的 Oracle用rownum进行分页 分页语句的步骤: a

进入数据库后,只能看到information_schema/test这两个库,其他的数据库都看不到,这是权限出了问题. 关闭Mysql /usr/local/mysql/support-files/mysql.server stop #或者 service mysqld stop 用安全模式启动Mysql,如果是自己通过tar包手动安装的Mysql,mysqld_safe命令在“${mysql}/bin”下 mysqld_safe --skip-grant-tables 执行这条命令后,当前ss

一.登录数据库 [root@localhost ~]# mysql -u root mysql > show databases; +--------------------+| Database |+--------------------+| information_schema || test |+--------------------+ 只显示这个两个数据库,看不到mysql数据库 二.解决方法:此问题实际上是用户没有权限: 1. 关闭mysql: service mysql stop

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so the KEGG.db package is no longer allowed to be curr

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

我用到的数据库为,mysql数据库5.7版本的 1.首先自己准备好数据库表 其实我在插入1000万条数据的时候遇到了一些问题,现在先来解决他们,一开始我插入100万条数据时候报错,控制台的信息如下: com.mysql.jdbc.PacketTooBigException: Packet for query is too large (4232009 > 4194304). You can change this value on the server by setting the max_al

最近项目中有一个这样的需求,要求定时备份数据库.看了一些网上的资料,了解到主要思路是是使用java中的Runtime类的exec()方法,可以直接调用windows的cmd命令,参数就是Mysql的备份命令. 一.Runtime类 首先说说这个神奇的Runtime类,主要封装了Java程序的运行环境,每一个Java程序都有一个与之对应的Runtime实例,应用程序通过该对象与运行时环境相连,应用程序不能创建自己的Runtime实例,但可以通过getRuntime()方法获得与之关联的Runtim