手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

pathway 的ID 是5个数字的组合,在pathway 数据库中,有几类通路图非常特殊: 1) 第一类, 以 011 开头的通路 共有 01100, 01120, 01130  三张通路图,从外观上看,就和我们常见的通路不一样 这三张其实是总的通路图,里面的每一条线代表的是1个KO

Description 某省调查城镇交通状况,得到现有城镇道路统计表,表中列出了每条道路直接连通的城镇.省政府“畅通工程”的目标是使全省任何两个城镇间都可以实现交通(但不一定有直接的道路相连,只要互相间接通过道路可达即可).问最少还需要建设多少条道路?   Input 测试输入包含若干测试用例.每个测试用例的第1行给出两个正整数,分别是城镇数目N ( < 1000 )和道路数目M:随后的M行对应M条道路,每行给出一对正整数,分别是该条道路直接连通的两个城镇的编号.为简单起见,城镇从1到N编号.

原创 除了DFS和BFS求图中最短路径的方法,算法Floyd-Warshall也可以求图中任意两点的最短路径. 从图中任取两点A.B,A到B的最短路径无非只有两种情况: 1:A直接到B这条路径即是最短路径(前提是存在此路径): 2:A先通过其他点,再由其他点到B. 我们并不知道A是否需要通过其他点间接到达B,所以只能比较,用A到B的直接路径和A先通过其他点 再间接到达B的路径长度进行比较,然后更新为较小值. 上图中若要求顶点4到顶点3的最短路径,可以比较顶点4直接到3的路径和顶点4先到1,再到3

题意 给出一个有向图,其中每条边的边长都为1.求这个图中长度恰为 $k$ 的路劲的总数.($1 \leq n \leq 100, 1 \leq k\leq 10^9$) 分析 首先,$k=1$ 时答案就等于边数. 当 $k=2$,$G_2[i][j] = \sum_{w=1}^nG_1[i][w] \times G_1[w][j]$,相当于选取一个中间节点 $w$,只要存在合适的 $w$ ,$u,v$ 之间就存在通路. 以此类推,$G_k = G^k$ 表示恰好走 $k$ 步的情况,只需统计其中

去年因为太low没有做出来校赛的最后一题,遂今年校赛做了这个题,下面我做详细描述. 原题链接 本题大意:给定一个无向图G,每个边的权值为1,图中L表示起点,C表示终点,#表示未通路,给定时间k,让你判断是否能在给定时间k内走到C,并回答路径最短的路径有多少条? 本题思路:裸的搜索问题,由于图过大,所以直接dfs搜会超时,需要先bfs求解答案如果k步内能走到则再进行下一步的求解... 参考代码: #include <cstdio> #include <iostream> #inclu

参考:https://blog.csdn.net/m0_37362454/article/details/81511427 matplotlib官方文档:https://matplotlib.org/stable/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.figure.html 1.figure语法及操作 plt.figure()是新建一个画布.如果有多个图依次可视化的时候,需要使用,否则所有的图都显示在同一个画布中了. 使用plt.figure()的目的是创建一个figure

学习这个东西挺奇怪的,时间一长就容易忘记,或者记不清楚.今天看到一些UML图的关系,发现有些出入了,索性就写下来,以后再忘记的时候过来看看. 在UML的类图中,常见的有以下几种关系: 继承(Generalization),  实现(Realization), 关联(Association),  依赖(Dependency) 1.继承(Generalization)[继承关系]:表示一般与特殊的关系, 它指定了子类如何特化父类的所有特征和行为. 例如:老虎是动物的一种, 即有老虎的特性也有动物的共

使用axes函数在matlab绘图中实现图中图的绘制 有时为了对细节进行详细说明,需要在一个较大坐标轴上绘制一个小图来对局部进行放大以阐述结果. 这可以通过调用axes函数实现. 下面通过绘制 y=1/(t-3) 的曲线举例说明该函数的使用方法. 程序如下: clc;clear;close all;                                                                                                    

CvSeq* contour = NULL; double minarea = 100.0; double tmparea = 0.0; CFileDialog dlg(true); if (dlg.DoModal()==IDOK) { CvMemStorage* storage = cvCreateMemStorage(); IplImage* img_src= cvLoadImage(dlg.GetPathName(),CV_LOAD_IMAGE_ANYCOLOR); IplImage* i

有向无环图 一个无环的有向图称做有向无环图(directed acycline praph).简称DAG 图.DAG 图是一类较有向树更一般的特殊有向图, dijistra算法 摘自 http://www.cnblogs.com/biyeymyhjob/archive/2012/07/31/2615833.html 1.定义概览 Dijkstra(迪杰斯特拉)算法是典型的单源最短路径算法,用于计算一个节点到其他所有节点的最短路径.主要特点是以起始点为中心向外层层扩展,直到扩展到终点为止.Dijk

之前部署了Zabbix-3.0.3监控系统,在安装数据库时已经将zabbix库设置了utf-8字符. 首先确定zabbix开启了中文支持功能:登录到zabbix服务器的数据目录下(前面部署的zabbix数据目录是/data/www/zabbix),打开 locales.inc.php文件[root@Zabbix-server include]# pwd/data/www/zabbix/include[root@Zabbix-server include]# vim locales.inc.php

1.Dijkstra 1)      适用条件&范围: a)   单源最短路径(从源点s到其它所有顶点v); b)   有向图&无向图(无向图可以看作(u,v),(v,u)同属于边集E的有向图) c)   所有边权非负(任取(i,j)∈E都有Wij≥0); 2)      算法描述: 在带权图中最常遇到的问题就是,寻找两点间的最短路径问题. 解决最短路径问题最著名的算法是Djikstra算法.这个算法的实现基于图的邻接矩阵表示法,它不仅能够找到任意两点的最短路径,还可以找到某个指定点到其他

我这周部署了zabbix监控服务器,但是配置过程中发现当有中文时,图中的中文会变成方块 如下图所示: 这个问题是由于zabbix的web端没有中文字库,我们最需要把中文字库加上即可 解决办法如下 1.从windows下控制面板->字体->选择一种中文字库例如"楷体" 2.把它拷贝到zabbix的web端的fonts目录下例如:/var/www/html/zabbix/fonts,并且把TTF后缀改为ttf 3.修改zabbix的web端/include/defines.in

我这周部署了zabbix监控服务器,但是配置过程中发现当有中文时,图中的中文会变成方块 如下图所示: 这个问题是由于zabbix的web端没有中文字库,我们最需要把中文字库加上即可 解决办法如下 1.从windows下控制面板->字体->选择一种中文字库例如"楷体" 2.把它拷贝到zabbix的web端的fonts目录下例如:/var/www/html/zabbix/fonts,并且把TTF后缀改为ttf 3.修改zabbix的web端/include/defines.in

题目:设计风景线 题意:给定一个无向图,图可能是非连通的,如果图中存在环,就输出YES,否则就输出图中最长链的长度. 分析:首先我们得考虑这是一个无向图,而且有可能是非连通的,那么就不能直接像求树那样来求最长链.对于本题,首先得 判断环,在这里我们就用并查集判环,因为并查集本身就是树型结构,如果要连接的两点的祖先都相同,那么就已经有环了, 这样直接输出YES,如果没有环,就应该输出最长链长度,那么我们每次可以对每一个没有访问过的节点进行两次bfs,就可以 求出,然后每次更新最大值即可. #inc

http://blog.csdn.net/shaoxiaohu1/article/details/40272875 使用OpenCV查找二值图中最大连通区域 标签: OpenCVfindCoutours 2014-10-19 22:31 2802人阅读 评论(0) 收藏 举报  分类: 图像与OpenCV(15)  版权声明:本文为shaoxiaohu原创文章,欢迎转载,请注明出处,谢谢. 上一篇博文中介绍了matlab查找最大连通区域的方法,OpenCV函数中也有类似的函数与之对应,findC

类图是用来描述程序中的类以及它们之间的关系的,使用类图可以帮助我们简化对系统的理解.在UML类图中比较常见的关系有六种,它们分别是:依赖.关联.聚合.组合.泛化.实现,这六种关系中类之间的紧密程度是依次增强的:依赖 < 关联 < 聚合 < 组合 < 泛化 = 实现. 下面分别介绍一下在UML类图中类和这六种关系的表示方式. □  类      [注:类图是用VS2013画的] 类是对具有相似结构和行为的一类对象的描述,类的命名要尽量应用领域中的术语,应该明确.无歧义,以利于相互之间