最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

1.当前目录下的文件数 ls -l |grep "^-"|wc -l 2.当前目录的目录树 ls -l |grep "^d"|wc -l 3.当前目录文件数包含子目录内容 ls -lR|grep "^-"|wc -l 4.指定目录与指定文件名 ls -lR /home/ |grep js|wc -l 或 ls -l "/home/"|grep "js"|wc -l 其他 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹

using System; using System.Collections.Generic; using System.Text; using System.Collections; using System.Text.RegularExpressions; using System.Security.Cryptography; /**/ //////////////////////////////////////////////////// ///功能:字符文本操作类 /// /// ///

vim常用: :set nu显示行数 :set mouse=a 鼠标滑动屏幕,:set ic :set noic 忽略不忽略大小写 /word_to_search\c \c表示忽略大小写 c小写忽略,C大写不忽略 比较两个文件不同: vim -d file1 file2: 然后使用“[c”跳转到前一个不同点,使用“]c”跳转到后一个不同点,可以使用Ctrl+w之后,左右上下进行替换. 如果已经打开了文件file1的情况下,可以在file1中输入:vert diffsplit file2,如果没有

linux grep命令 (global search regular expression(RE) and print out the line )是一种强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹配的行打印出来.grep这个应用程序最早由肯·汤普逊写成.grep原先是ed下的一个应用程序,名称来自于g/re/p(globally search a regular expression and print,以正规表示法进行全域查找以及打印). grep是非常强大的命令,配合管道一起使

ls -l |grep "^-"|wc -l   或      find ./company -type f | wc -l 查看某文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的. ls -lR|grep "^d"|wc -l 查看某文件夹下文件夹的个数,包括子文件夹里的. ls -lR|grep "^d"|wc -l 说明: ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件,不同于一般的文件,可能是目录.链接.设备文件等) grep "^

(1)查看某目录下文件的个数: ls -l |grep "^-"|wc -l 或 find ./company -type f | wc -l (2)查看某目录下文件的个数,包括子目录里的: ls -lR|grep "^-"|wc -l (3)查看某文件夹下目录的个数,包括子目录里的: ls -lR|grep "^d"|wc -l (4)说明: ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件,不同于一般的文件,可能是目录.链接.设备文件等

统计某文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 统计某文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 统计文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 如统计/home/han目录(包含子目录)下的所有js文件则: ls -lR /home/han|grep js|wc -l 或 ls -l "/home/han"|grep "js&qu

查看统计当前目录下文件的个数,包括子目录里的. ls -lR| grep "^-" | wc -l Linux下查看某个目录下的文件.或文件夹个数用到3个命令:ls列目录.用grep过虑.再用wc统计.举例说明:1.查看统计当前目录下文件的个数 ls -l | grep "^-" | wc -l 2.查看统计当前目录下文件的个数,包括子目录里的. ls -lR| grep "^-" | wc -l 3.查看某目录下文件夹(目录)的个数,包括子目录

今天更新我的一个FKQQ的程序.我的一个PHP文件接收到HQ的QQ号码的字符串.因为获取的内容有大量的垃圾内容所以我用str_replace做了一个处理代码如下: $xx1 = preg_replace("/tencent(.+?)fuin\=/","",$xx1); 这是对HQ到得QQ号码处理里面含有的垃圾代码,过滤后只剩QQ号码了,然后需要把QQ号码传递给另一个文件.代码是下面这样的. $url = explode("xxxxx.php",$

linux下查看文件及目录个数1.查看当前文件和目录总数(不包括子目录):ls -l | wc -l 2.查看当前目录下文件个数(不包括子目录):ls -l |grep "^-"|wc -l ===查看当前目录下文件个数(包括子目录)ls -lR |grep "^d" | wc -l 4.查看当前目录目录个数(包括子目录)ls -lR |grep "^d" | wc -l =====================================

查看某文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 或 find ./company -type f | wc -l 查看某文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的. ls -lR|grep "^-"|wc -l 查看某文件夹下文件夹的个数,包括子文件夹里的. ls -lR|grep "^d"|wc -l 说明: ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件,不同于一般的文件,可能是目录.链接.设备文件等) grep &

12306.cn网站挂了,被全国人民骂了.我这两天也在思考这个事,我想以这个事来粗略地和大家讨论一下网站性能的问题.因为仓促,而且完全基于本人有 限的经验和了解,所以,如果有什么问题还请大家一起讨论和指正.(这又是一篇长文,只讨论性能问题,不讨论那些UI,用户体验,或是是否把支付和购票下单 环节分开的功能性的东西) 业务 任何技术都离不开业务需求,所以,要说明性能问题,首先还是想先说说业务问题. 其一,有人可能把这个东西和QQ或是网游相比.但我觉得这两者是不一样的,网游和QQ在线或是登录时访问的

查看某目录下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 或 find ./company -type f | wc -l 查看某目录下文件的个数,包括子目录里的. ls -lR|grep "^-"|wc -l 查看某文件夹下目录的个数,包括子目录里的. ls -lR|grep "^d"|wc -l 说明: ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件,不同于一般的文件,可能是目录.链接.设备文件等) grep "

ls的用法 ls -l |grep "^-"|wc -l或find ./company -type f | wc -l  查看某文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的. ls -lR|grep "^-"|wc -l   查看某文件夹下文件夹的个数,包括子文件夹里的. ls -lR|grep "^d"|wc -l 说明:ls -l  长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件,不同于一般的文件,可能是目录.链接.设备文件等) grep "^

1) 统计当前文件夹下文件的个数 复制代码代码如下: ls -l |grep "^-"|wc -l 2) 统计当前文件夹下目录的个数 复制代码代码如下: ls -l |grep "^d"|wc -l 3) 统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的  复制代码代码如下: ls -lR|grep "^-"|wc -l 4) 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 复制代码代码如下: ls -lR|grep "^d"|wc -

1. 常规性能调优 一:最优资源配置 Spark性能调优的第一步,就是为任务分配更多的资源,在一定范围内,增加资源的分配与性能的提升是成正比的,实现了最优的资源配置后,在此基础上再考虑进行后面论述的性能调优策略.  --driver-memory 配置Driver内存(影响不大) 内存大小影响不大 资源的分配在使用脚本提交Spark任务时进行指定,标准的Spark任务提交脚本所示: /usr/opt/modules/spark/bin/spark-submit \ --class com.atg

一.在ubuntu下如何搜索文件 1.特点:快速,但是是模糊查找,例如 找 #whereis mysql 它会把mysql,mysql.ini,mysql.*所在的目录都找出来.我一般的查找都用这条命令. whereis [filename] 2.特点:准确,但速度慢,消耗资源大 find / -name [filename] 例如我想找到php.ini的准确位置,就需要用 find / -name php.ini 3.强力推荐的方法,最快,最好的方法[注意:第一次使用该命令,可能需要更新数据库

Hadoop组成 HDFS(Hadoop Distributed File System)架构概述 NameNode目录--主刀医生(nn):  DataNode(dn)数据: Secondary NameCode(2nn)助手: YARN框架  常驻 + 临时 ResourceManager(RM) 组长: NodeManager 组员: Client客户:Job Submission来任务了  ---->> ApplicationMaster,任务结束它就卸任了: ApplicationM