本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图. 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了... 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这种基因型文件很常见: library("LDheatmap

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

1.前言 本文主要对MK64FN1M0xxx12_flash.ld文件进行分析,以此来加深对链接文件的理解 2.文件详解 /* ** ################################################################### ** Processors: MK64FN1M0CAJ12 ** MK64FN1M0VDC12 ** MK64FN1M0VLL12 ** MK64FN1M0VLQ12 ** MK64FN1M0VMD12 ** ** Compile

有很多概念需要明确区分: 人有23对染色体,其中22对常染色体autosome,另外一对为性染色体sex chromosome,XX为女,XY为男. 染色体区带命名:在标示一特定的带时需要包括4项:①染色体号:②臂的符号:③区号:④在该区内的带号. 1p22表示为1号染色体短臂2区2带. 等位基因其实是一个集合,在同一个locus出现得基因型互为等位基因.Aa不能叫等位基因,正确的逻辑是:A和a是一组等位基因.由等位基因可以定义纯合和杂合. 二倍体与多倍体细胞的某些染色体上,在同一基因座上有相同

本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS

http://wenku.baidu.com/link?url=Fr_C7J5F4KusZTpZJUfuVfh4Bpyb9BAY7IQhWAOYirQJW0Oz-X3fI5r41aPHiQR8ENn9k6P1V9v1we6U2fe4IJIEci7Twg1Pma6n5ZC03k7 在某一群体中,不同座位上某两个等位基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象,称连锁不平衡 (linkage disequilibrium) .由于 HLA 不同基因座位的某些等位基因经常连锁在一起遗传,而连锁的基因

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

静态库的制作步骤: (1)gcc -c mylib.c -o mylib.o (2)ar rc libmylib.a mylib.o 动态库的制作步骤: gcc -shared mylib.c -o libmylib.so 如何判断某个可执行二进制文件含有什么动态解析函数库?用ldd就可以知道. 例如:想要知道/usr/bin/passwd这个程序含有的动态函数库有哪些,可以这样做: #ldd /usr/bin/passwd 将动态函数库加载到高速缓存当中: (1)在/etc/ld.so.con

流程梳理 今天开始会写几篇关于AFN源码解读的一些Blog,首先要梳理一下AFN的整体结构(主要是讨论2.x版本的Session访问模块): 我们先看看我们最常用的一段代码: AFHTTPSessionManager *manager = [AFHTTPSessionManager manager]; [manager GET:@"https://www.baidu.com" parameters:nil success:^(NSURLSessionDataTask * _Nonnul

在成熟领先的企业级数据库系统中,并行查询可以说是一大利器,在某些场景下他可以显著的提升查询的相应时间,提升用户体验.如SQL Server, Oracle等, Mysql目前还未实现,而PostgreSQL在2015实现了并行扫描,相信他们也在朝着更健壮的企业级数据库迈进.RDBMS中并行执行的实现方式大抵相同,本文将通过SQL Server为大家详细解析SQL Server并行执行的原理及一些实践. 准备知识 硬件环境-在深入并行原理前,我们需要一些准备知识,用以后面理解并行.首先是当下的硬件

dom4j是一个Java的XML API,类似于jdom,用来读写XML文件的.dom4j是一个非常非常优秀的Java XML API,具有性能优异.功能强大和极端易用使用的特点,同时它也是一个开放源代码的软件,可以在SourceForge上找到它. 对主流的Java XML API进行的性能.功能和易用性的评测,dom4j无论在那个方面都是非常出色的.如今你可以看到越来越多的Java软件都在使用dom4j来读写XML,例如hibernate,包括sun公司自己的JAXM也用了Dom4j. 使用

之前安装的都是英文的,现在替换成中文的,并且新增ip位置解析  参考地址 : http://haolulu.blog.51cto.com/3164472/630894 1.安装webalizer所需的软件包(需要用到相关的jpeg,png,zlib库) yum -y install gd-devel.i* 2. 安装GeoIP 2.1 下载 wget http://geolite.maxmind.com/download/geoip/api/c/GeoIP.tar.gz 2.2 解压 tar -

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1. 解析的基本的概念 解析:从事先规定好的格式中提取数据 解析前提:提前约定好格式,数据提供方按照格式提供数据.数据获取方则按照格式获取数据 iOS开发常见的解析:XML解析.JOSN解析 2. XML数据结构 1> 概述 XML:Extensible markup language(可扩展标记语言),主流数据格式之一,可以用来存储和传输数据. 2> XML数据格式的功能 数据交换 内容管理 用作配置文件 3> XML数据格式的语法 声明 节点使用一对标签表示:起始和结束标签. 根节点

Linux系统中“动态库”和“静态库”那点事儿 /etc/ld.so.conf  动态库的后缀为*.so  静态库的后缀为 libxxx.a   ldconfig   目录名 转载自:http://blog.chinaunix.net/uid-23069658-id-3142046.html 今天我们主要来说说Linux系统下基于动态库(.so)和静态(.a)的程序那些猫腻.在这之前,我们需要了解一下源代码到可执行程序之间到底发生了什么神奇而美妙的事情. 在Linux操作系统中,普遍使用ELF格

一: iOS中xml解析的几种方式简介 1.官方原生 NSXMLParser :SAX方式解析,使用起来比较简单 2.第三方框架 libxml2 :纯C 同时支持DOM与SAX GDataXML: DOM方式解析,谷歌开发,基于libxml2的.是OC中的框架. 3.如果是小文件 建议使用 GDataXML;如果是大文件建议使用NSXMLParser 二: NSXMLParser与GDateXML 1.NSXMLParser的用法 QAQ 试了好几次失败了,暂时没用分析出原因,先把代码放在这里,

Motivation 图数据库中的高科技和高安全性中引用了一个关于图数据库(graph database)的应用前景的乐观估计: 预计到2017年,图数据库产业在数据库市场的份额将从2个百分点增长到25个百分点,在此过程中图数据库工具将会逐步获得企业认可,并且其消费群体会持续增长. 文中从图发现.图知识管理和图预测角度阐述图数据库生态系统面临的技术和安全性挑战. 由于有语义网初步研究的背景,对图数据库NoSQL实现中triple概念感到亲切:在一本名为Graph database的Neo4j技术