说明 Lefse软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可.但要搭建在Linux集群环境中有点烦,记录一下折腾过程. 安装 这个软件是python2写的,因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具,在此基础上来安装lefse. lefse下载地址:https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/.这个网站有丰富的学习内容和教程,包括MetaPhIAn等流程,有时间去好好看看. lefse放在了bitbucket上,克隆

task_struct结构: struct task_struct {   volatile long state;进程状态  void *stack; 堆栈  pid_t pid; 进程标识符  unsigned int rt_priority;实时优先级  unsigned int policy;调度策略  struct files_struct *files;系统打开文件  ... } 内核处理函数sys_clone:     系统调用通过do_fork实现进程的创建: return do

转自:http://www.cnblogs.com/MarkWoo/p/4420588.html 前言说明 本篇为网易云课堂Linux内核分析课程的第六周作业,本次作业我们将具体来分析fork系统调用,来分析Linux内核创建新进程的过程 关键词:fork, 系统调用,进程 *运行环境:** Ubuntu 14.04 LTS x64 gcc 4.9.2 gdb 7.8 vim 7.4 with vundle 分析 分析方法说明 PCB包含了一个进程的重要运行信息,所以我们将围绕在创建一个新进程时

通过从代码层面分析Linux内核启动来探知操作系统的启动过程 前言说明 本篇为网易云课堂Linux内核分析课程的第三周作业,我将围绕Linux 3.18的内核中的start_kernel到init进程启动过程来深入探知操作系统的启动,文中的代码来自Linux Kernel Organization的3.18.9内核源码 本篇关键词:init进程,idle进程,Linux内核启动 分析 分析说明 分析过程将把主要精力放在关键代码的分析上,代码分析的方式我是采用注释说明的方法,这样比较简洁直观,对于

潘恒 原创作品转载请注明出处<Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 task_struct结构: struct task_struct {   volatile long state;进程状态  void *stack; 堆栈  pid_t pid; 进程标识符  unsigned int rt_priority;实时优先级  unsigned int policy;调度策略  struct files

跟踪分析Linux内核的启动过程 攥写人:杨光  学号:20135233 ( *原创作品转载请注明出处*) ( 学习课程:<Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 ) 知识总结: ****Linux内核中关键目录: arch:不同cpu的支持,我们主要关注的是其中x86文件夹 init:内核启动的相关代码,期中main.c是内核启动的起点,main.c中的start_kernel是内核初始化的起点 ker

https://yq.aliyun.com/articles/465499 用 CPI 火焰图分析 Linux 性能问题   yangoliver 2018-02-11 16:05:53 浏览10762 评论0 linux 性能优化 函数 性能 c++ 阿里技术协会 C 内核 CPU 处理器 摘要: 作者:杨勇,吴一昊 ## 1. 什么是 CPI ?## 本小节讲述为什么使用 CPI 分析程序性能的意义.如果已经非常了解 CPI 对分析程序性能的意义,可以跳过本小节的阅读. ### 1.1 程序

实验六:分析Linux内核创建一个新进程的过程 作者:王朝宪  <Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 进程 1.进程即处于执行期的程序,并不局限于一个可执行的代码,是处于执行期程序以及其相关资源的总称. 2.Linux系统中,对于进程和线程并没有明显的区分,线程是一种特殊的进程. 3.Linux系统中,常用fork()进程创建子进程.调用fork()进程的成之为其子进程的父进程. 4.fork()继承

实验三:跟踪分析Linux内核的启动过程 一.调试步骤如下: 使用gdb跟踪调试内核 qemu -kernel linux-3.18.6/arch/x86/boot/bzImage -initrd rootfs.img -s -S # 关于-s和-S选项的说明: // -S freeze CPU at startup (use 'c' to start execution) cpu初始化之前把它冻结起来 // -s shorthand for -gdb tcp::1234 在1234端口上建立了

week 6 实验:分析Linux内核创建一个新进程的过程 1.使用gdb跟踪创建新进程的过程 准备工作: rm menu -rf git clone https://github.com/mengning/menu.git # 更新Menu cd menu mv test_fork.c test.c # 把test.c覆盖掉 make rootfs 执行fork,可以看到父进程子进程都输出了信息. 下面进行gdb调试: qemu -kernel linux-3.18.6/arch/x86/bo

跟踪分析Linux内核的启动过程 “20135224陈实  + <Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 ” 进入相应文件夹,用qemu虚拟机开启内核kernel参数后内容文件 (img根据视频是个镜像文件,个人理解应该是硬件模拟器之类的) 利用GDB调试内核,对于GDB常用命令可以参考以往资料:http://www.cnblogs.com/chuishi/p/4841231.html 设置断点(brea

20135311傅冬菁 分析Linux内核创建一个新进程的过程 一.学习内容 进程控制块——PCB  task_struct数据结构 PCB task_struct中包含: 进程状态.进程打开的文件.进程优先级信息 操作系统管理的三个功能: 1.进程管理 2.内存管理 3.文件系统 Linux进程的状态: 进程状态分析: long state是进程的运行状态,-1是未执行,0是执行中,大于0则是暂停: *stack 是建立一个内核堆栈: flags 是定义了每个进程的标识符: list_head

分析Linux内核创建一个新进程的过程 进程描述符PCB----task_struct数据结构 操作系统:1.进程管理 2.内存管理 3 文件系统 一.新进程如何创建和修改task_struct数据结构 1.复制当前进程(创建新进程通过复制当前进程来实现) 2.给新进程分配新的内核堆栈 3.修改复制过来的进程数据(如pid,状态链表,内核堆栈,ip,sp) 1.进程创建 1.fork系统调用在父子进程各返回一次,子进程的返回值=0,父进程的返回值=子进程的PID 2.fork.vfork.clo

Linux 线程实现机制分析 Linux 线程实现机制分析  Linux 线程模型的比较:LinuxThreads 和 NPTL http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/kernel/l-thread/ 自从多线程编程的概念出现在 Linux 中以来,Linux 多线应用的发展总是与两个问题脱不开干系:兼容性.效率.本文从线程模型入手,通过分析目前 Linux 平台上最流行的 LinuxThreads 线程库的实现及其不足,描述了 Linux 社区是

作者:江军 ID:fuchen1994 实验题目:分析Linux内核创建一个新进程的过程 阅读理解task_struct数据结构http://codelab.shiyanlou.com/xref/linux-3.18.6/include/linux/sched.h#1235: 分析fork函数对应的内核处理过程sys_clone,理解创建一个新进程如何创建和修改task_struct数据结构: 使用gdb跟踪分析一个fork系统调用内核处理函数sys_clone ,验证您对Linux系统创建一个

实验三:跟踪分析Linux内核的启动过程 学号:20135114 姓名:王朝宪 注: 原创作品转载请注明出处   <Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 一.调试步骤如下: 使用gdb跟踪调试内核 qemu -kernel linux-3.18.6/arch/x86/boot/bzImage -initrd rootfs.img -s -S # 关于-s和-S选项的说明:// -S freeze CPU

回顾 1.中断上下文的切换——保存现场&恢复现场 本节主要课程内容 Linux内核源代码简介 1.打开内核源代码页面 arch/目录:支持不同CPU的源代码:其中的X86是重点 init/目录:内核启动相关的代码基本都在该目录中(比如main.c等) start_kernel函数就相当于普通C程序的main函数 kernel/目录:Linux内核核心代码在kernel目录中 README 介绍了什么是Linux,Linux能够在哪些硬件上运行,如何安装内核源代码等 构造一个简单的linux系统m

Linux内核分析第三周学习博客--跟踪分析Linux内核的启动过程 实验过程截图: 过程分析: 在Linux内核的启动过程中,一共经历了start_kernel,rest_init,kernel_thread等几个函数的执行.其中start_kernel相当于普通C程序的main函数.Trap_init负责初始化中断向量,mm_init负责内存管理模块初始化,sche_init负责调度模块初始化. 两把宝剑: 1.中断上下文切换 2.进程上下文切换 Qemu工具学习: 格式: qemu -ke

Linux内核分析第六周学习笔记--分析Linux内核创建一个新进程的过程 zl + <Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 进程的两种虚拟机制:虚拟处理器,虚拟内存 任务队列:链表每一项都是进程描述符结构. 进程描述符描述内容:打开的文件,进程地址空间,挂起信号,进程状态 Linux通过slab分配器分配task_struct结构,达到对象复用和缓存着色. 进程标识值:内核通过唯一的PID来标识每个进

使用jdk自带的jstack来分析linux服务器上应用服务性能异常: 1.top查找出哪个进程消耗的系统资源情况 [op1@jira ~]$ top top - 19:23:43 up 22 days,  3:43,  1 user,  load average: 3.45, 2.52, 1.19 Tasks: 134 total,   1 running, 133 sleeping,   0 stopped,   0 zombie Cpu(s): 57.3%us,  1.9%sy,  0.0

Linux 线程实现机制分析 Linux 线程实现机制分析  Linux 线程模型的比较:LinuxThreads 和 NPTL http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/kernel/l-thread/ 自从多线程编程的概念出现在 Linux 中以来,Linux 多线应用的发展总是与两个问题脱不开干系:兼容性.效率.本文从线程模型入手,通过分析目前 Linux 平台上最流行的 LinuxThreads 线程库的实现及其不足,描述了 Linux 社区是