简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expressi

limma:Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html 安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("l

所谓包, 就是把一组PL/SQL 的代码元素组织在一个命名空间下. 另外, 包的用法就类似java中的类.( 有封装, 有重载, 没有继承和多肽) create or replace procedure process_employee( employee_id_in IN employees.employee_id%type) is l_full_name ); begin select last_name || ' , ' || first_name into l_full_name fro

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- SOM自组织映射神经网络模型 的R语言实现 笔者前言: 最近发现这个被发明于1982年的方法在如今得到了极为广泛的应用,在提倡深度学习的时候,基于聚类的神经网络方法被众多人青睐.但是呢, 网上貌似木有人贴出关于SOM模型的R语言实现,我就抛砖引玉一下.一.SOM模型定义与优劣 自组织映射 ( Self Organization Map, SOM

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具 正确鉴定特定条件之间的差异表达基因(DEG)是理解表型变异的关键.高通量转录组测序(RNA-Seq)已成为这些研究的主要选择. 因此,用于RNA-Seq数据的差异表达分析的方法和软件的数量也迅速增加. 但是,对于最合适的管道还是没有达成共识用于从RNA-Seq数据鉴定差异表达基因的方

Atitit s2018.2 s2 doc list on home ntpc.docx \Atiitt uke制度体系  法律 法规 规章 条例 国王诏书.docx \Atiitt 手写文字识别  讯飞科大 语音云.docx \Atitit 代码托管与虚拟主机.docx \Atitit 企业文化  每日心灵 鸡汤 值班 发布.docx \Atitit 几大研发体系对比 Stage-Gate体系  PACE与IPD体系 敏捷开发体系 CMMI体系.docx \Atitit 存储管理  数据库文件

IT运维,指的是对已经搭建好的网络,软件,硬件进行维护.运维领域也是有细分的,有硬件运维和软件运维 硬件运维主要包括对基础设施的运维,比如机房的设备,主机的硬盘,内存这些物理设备的维护 软件运维主要包括系统运维和应用运维,系统运维主要包括对OS,数据库,中间件的监控和维护,这些系统介于设备和应用之间,应用运维主要是对线上业务系统的运维 我们现在讨论的主要是软件运维的自动化,包括系统运维和应用运维的自动化 自动化运维平台的特性 运维自动化最重要的就是标准化一切 os的选择统一化,同一个项目使用同样

运维自动化最重要的就是标准化一切 自动化运维则支持以下功能: 1.OS的选择统一化,同一个项目使用同样的OS系统部署其所需要的各类软件.2.软件安装标准化,例如JAVA虚拟机,php,nginx,mysql等各类应用需要的软件版本,安装目录,数据存放目录,日志存放目录等.3.应用包目录统一标准化,及应用命名标准化4.启动脚本统一目录和名字,需要变化的部分通过参数传递5.配置文件标准化,需要变化的部分通过参数传递6.日志输出,日志目录,日志名字标准化7.应用生成的数据要实现统一的目录存放8.主机/

生产力跟不上生产的速度时,就会出现很多问题,如何针对问题进行处理,制定什么样的计划,如何解决就是需要思考的难点? T运维的分类 IT运维,指的是对已经搭建好的网络,软件,硬件进行维护.运维领域也是细分的,有硬件运维和软件运维 硬件运维主要包括对基础设施的运维,比如机房的设备,主机的硬盘,内存这些物理设备的维护 软件运维主要包括系统运维和应用运维,系统运维主要包括对OS,数据库,中间件的监控和维护,这些系统介于设备和应用之间,应用运维主要是对线上业务系统的运维 这里讨论的主要是软件运维的自动化,包

CMDB和运维自动化 一.运维 运维,指的是对已经搭建好的网络,软件,硬件进行维护.运维领域也是细分的,有硬件运维和软件运维 硬件运维主要包括对基础设施的运维,比如机房的设备,主机的硬盘,内存这些物理设备的维护 软件运维主要包括系统运维和应用运维,系统运维主要包括对OS,数据库,中间件的监控和维护,这些系统介于设备和应用之间,应用运维主要是对线上业务系统的运维 讨论的主要是软件运维的自动化,包括系统运维和应用运维的自动化 二.软件运维 传统运维 日常工作繁琐 日常运维工作是比较繁琐的,研发同学会

CODING 在近期的 KubeCon 2019 大会上发布了 CODING 2.0,同时发布了最新功能--制品库.CODING 不断完善 DevOps 工具链,旨在持续提升研发组织软件交付的速度与质量. 什么是制品库 软件制品是指由源码编译打包生成的二进制文件,不同的开发语言对应着不同格式的二进制文件,这些二进制通常可以直接运行在服务器上. 制品库用来统一管理不同格式的软件制品. 除了基本的存储功能,还提供了版本控制.访问控制.安全扫描.依赖分析等重要功能,是一种企业处理软件开发过程中产生的所

CMDB和自动化运维 IT运维的分类 IT运维,指的是对已经搭建好的网络,软件,硬件进行维护.运维领域也是细分的,有硬件运维和软件运维 硬件运维主要包括对基础设施的运维,比如机房的设备,主机的硬盘,内存这些物理设备的维护 软件运维主要包括系统运维和应用运维,系统运维主要包括对OS,数据库,中间件的监控和维护,这些系统介于设备和应用之间,应用运维主要是对线上业务系统的运维 这里讨论的主要是软件运维的自动化,包括系统运维和应用运维的自动化 传统运维痛点 日常工作繁琐 日常运维工作是比较繁琐的,研发同

来自:开源中国 https://www.oschina.net/news/108108/java-ee-rename-as-jakarta-ee Eclipse基金会最近对 Java EE 标准的每个规范进行了重命名,阐明了每个规范在Jakarta EE平台未来的角色. 新的名称Jakarta EE是Java EE的第二次重命名.2006年5月,"J2EE"一词被弃用,并选择了Java EE这个名称.在YouTube还只是一家独立的公司的时候,数字2就就从名字中消失了,而且当时冥王星仍

什么是制品? 制品是指由源码编译打包生成的二进制文件,不同的开发语言对应着不同格式的二进制文件:这些二进制文件通常用于运行在服务器上或者作为编译依赖,"制品的管理"是配置管理的重要组成部分. ​ 通常,这些组件是各种文件的存档,包括:类文件中的Java字节码.C对象文件.文本文件.二进制文件.组件的多种格式,例如:Java JAR,WAR,EAR格式:普通ZIP或.tar.gz文件:其他软件包格式,例如NuGet软件包,Ruby gems,NPM软件包:可执行文件格式,例如.exe 或

转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示 在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中

3个武器: devtools:各种开发小工具的合集,让开发变得简单,非常实用 roxygens:通过注释的方式,生成文档,远离LaTex的烦恼 testthat:单元测试,让R包稳定.健壮.减少升级的痛苦 5个步骤 1.编写功能代码 2.调试程序 3.单元测试 4.撰写文档 5.程序打包 sudo apt-get install libssl-dev

简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 Posted: 五月 07, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型.因此会发现,用两者处理同一组数据,最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的,但是

简单使用DESeq做差异分析 Posted: 五月 06, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq这个R包主要针对count data,其数据来源可以是RNA-Seq或者其他高通量测序数据.类似地,对于CHIP-Seq数据或者质谱肽段数据也是使用的. 由于DESeq是一个R包,因此使用它需要一点点R基础语法. 首先需要读入一个数据框,列代表每个sample,行代表每个gene database_all <- read.tab

activation~与javaMail有关的jar包,使用javaMail时应与mail.jar (mail.jar和activation.jar)一起加入到lib中去,具体负责mail的数据源和类型等. ApacheActiveMQ~Apache出品,最流行的,能力强劲的开源消息总线.ActiveMQ是一个完全支持JMS1.1和J2EE 1.4规范的 JMS Provider实现. ajaxtags~ajax提供的标签库,使用户能像使用jsp普通标签一样使用ajax. Apache Ant~