简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expressi

今天分享一个问题,就是标题中提到的问题,今天在调用一个接口的时候,发现调用到的数据的时间格式为字符串类型,我有点蒙圈,于是,我就百度解决了这个问题,同时在这里记录一下,为了之后不再蒙圈::: 首先需要把库中的数据拿到做处理,比如 "2017-12-12" String str = "2017-12-12"; String[] strs = str.split("-"); //2017 12 12 //将字符串数组转化为整型数组 Integer[]

日期格式化{0:yyyy-MM-dd HH:mm:ss.fff}与{0:yyyy-MM-dd hh:mm:ss.fff}的区别 使用24小时制格式化日期:{0:yyyy-MM-dd HH:mm:ss.fff}使用12小时制格式化日期:{0:yyyy-MM-dd hh:mm:ss.fff} 以下同理,从左至右分别为-年-月-日 时:分:秒.毫秒{0:yyyy-MM-dd HH:mm:ss zzz}{0:yyyy-MM-dd HH:mm:ss.ff zzz}{0:yyyy-MM-dd HH:mm:s

最近看了一些关于面向对象的知识,最近工作中在做统计查询的时候需要用到本月.近三个月.今年的日期范围,所以下面用用面向对象的思想写了一个获取日期的插件,大家可以借鉴使用. 直接通过new DateHelp就可以调用了 var myDate = new DateHelp({ date:'2015-02-01',//从此日期开始计算 format:'yyyy/MM/dd'}); myDate.getThisMonth();myDate.getThreeMonth();myDate.getThisYea

转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示 在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校

今天看到工程里有关DateTime的有关知识,之前了解一些用法,比如怎么获取年月日,当前系统时间等等,但是,感觉还是有好多不知道,于是上网搜罗了一下,找到很多有关知识,现在与大家分享下:   DateTime.Now.ToShortTimeString() DateTime dt = DateTime.Now; dt.ToString();//2005-11-5 13:21:25 dt.ToFileTime().ToString();//127756416859912816 dt.ToFileT

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

C#里内置的DateTime基本上都可以实现这些功能,巧用DateTime会使你处理这些事来变轻松多了 今天                             DateTime.Now.Date.ToShortDateString();                昨天,就是今天的日期减一  DateTime.Now.AddDays(-1).ToShortDateString();                明天,同理,加一             DateTime.Now.AddD

C#里内置的DateTime基本上都可以实现这些功能,巧用DateTime会使你处理这些事来变轻松多了今天DateTime.Now.Date.ToShortDateString();昨天,就是今天的日期减一DateTime.Now.AddDays(-1).ToShortDateString();明天,同理,加一DateTime.Now.AddDays(1).ToShortDateString(); 本周(要知道本周的第一天就得先知道今天是星期几,从而得知本周的第一天就是几天前的那一天,要注意的是

日期及日期格式: 获取系统日期: sysdate() 格式化日期 to_char(sysdate(),'yyyy-mm-dd,hh24:mi:ss') to_date(sysdate(),'yyyy-mm-dd,hh24:mi:ss') 注: to_char 把日期或数字转换为字符串 to_char(number, '格式') to_char(salary, '$99,999.99') to_char(date, '格式') to_date 把字符串转换为数据库中的日期类型 to_date(ch

DateTime.Now.ToShortTimeString() DateTime dt = DateTime.Now; dt.ToString();//2005-11-5 13:21:25 dt.ToFileTime().ToString();//127756416859912816 dt.ToFileTimeUtc().ToString();//127756704859912816 dt.ToLocalTime().ToString();//2005-11-5 21:21:25 dt.ToL

DateTime.Now.ToShortTimeString() DateTime dt = DateTime.Now; dt.ToString();//2005-11-5 13:21:25 dt.ToFileTime().ToString();//127756416859912816 dt.ToFileTimeUtc().ToString();//127756704859912816 dt.ToLocalTime().ToString();//2005-11-5 21:21:25 dt.ToL

今天看到工程里有关DateTime的有关知识,之前了解一些用法,比如怎么获取年月日,当前系统时间等等,但是,感觉还是有好多不知道,于是上网搜罗了一下,找到很多有关知识,现在与大家分享下:     DateTime.Now.ToShortTimeString()  DateTime dt = DateTime.Now;  dt.ToString();//2005-11-5 13:21:25  dt.ToFileTime().ToString();//127756416859912816  dt.T

日期表示法 年由4位数字组成YYYY,或者带正负号的四或五位数字表示±YYYYY.以公历公元1年为0001年,以公元前1年为0000年,公元前2年为-0001年,其他以此类推.应用其他纪年法要换算成公历,但如果发送和接受信息的双方有共同一致同意的其他纪年法,可以自行应用. 月.日用两位数字表示:MM.DD. 只使用数字为基本格式.使用短横线"-"间隔开年.月.日为扩展格式. ISO 8601:2004不再允许缺省(默认)世纪仅用两位数字表示年,这会与小时数的表示相混淆.而遵循ISO 8

错误的原因是使用了两次MM . 一.Oracle中使用to_date()时格式化日期需要注意格式码 如:select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mm:ss') from dual;原因是SQL中不区分大小写,MM和mm被认为是相同的格式代码,所以Oracle的SQL采用了mi代替分钟.select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mi:ss') from dual;

一.事件回放  今天工作时碰到了一个奇怪的问题,这个问题很早很早以前也碰到过,不过没想到过这么久了竟然又栽在这里. 当时正在联调一个项目,由于后端没有提供数据接口,于是我直接本地建立了一个 json 文件,然后把配置的URL指向这个json文件,文件内容大概如下 : // account.json { success: true, data: [{ id: "1", name: "张XX", job: "员工", type: 1 }] } 嗯,一

原因: Excel2007设置过单元格格式后,并不能立即生效必须挨个双击单元格,才能生效.数据行很多.效率太低. 原因:主要是一些从网上拷贝过来的日期或数字excel默认为文本格式或特殊-中文数字格式大小写. 手动设置单元格,将格式改成日期格式,但仍不能参与计算. 只有挨个单元格双击,才能生效:才可以计算. 解决: 选中整列,"数据"--->"分列"--->"分隔符号"--->"下一步"--->&quo

有些功能部分手机不能使用,网站,通讯录,wifi基本上每个手机都可以使用. 在看之前你可以扫一扫下面几个二维码先看看效果: 1.二维码生成 网址 (URL) 包含网址的 二维码生成 是大家平时最常接触到的(例如:http://dnt.dkill.net),二维码识别软件能够通过 http://前缀 知道数据代表的是一个网址.使用{URLTO:www.baidu.com} 类似的语法格式也能让识别软件认出网址. 2.二维码生成 电子邮箱地址(E-mail Address) 互联网上大家联络时基本都

注:这并不是一篇技术文章,而是记录了我这几个月经历的入职,裸辞,找工作的心路历程,简单介绍一个博主的情况,我是16年毕业生,校招进了一家北京的公司,java开发,和很多年轻人一样,干了一段时间,我发现这项工作和我的职业规划不符,于是,裸辞,从北京杀到上海,经历了一段找工作的艰辛,并顺利进入一家自己心仪的公司,这篇文章是深夜失眠时所写,倾诉的欲望难能可贵,风格可能偏文艺,行文略长,希望能给一些朋友一点启示,一点分享,一点鼓励,无它,轻喷. 在临下火车的时候,我瞥了一眼站台上的时钟,四点一刻,凌晨,