#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fasta import sys import re FASTA= sys.argv[1] BED= sys.argv[2] fasta= open(FASTA, 'U') fasta_dict= {} for line in fasta: line= line.strip() if line == '':

Google了一下,现成的工具不多. 自己写代码也可以,就是速度肯定不快,而且每次写也很麻烦. 偶然看到QIIME的filter_fasta.py有这个功能,从name list中提取多个序列. filter_fasta.py -f extract_no_N_200.fasta -o remain.fasta -s out.list [REQUIRED] -f, --input_fasta_fp Path to the input fasta file -o, --output_fasta_fp

已知一个私钥, 如何从其中提取公钥出来? 提取公钥 ssh-keygen -y -f /path/to/private_key > /path/to/public_key

目录 数据的图示 不同类型的基于图的特征 节点属性 局部结构特征 节点嵌入 DeepWalk简介 在Python中实施DeepWalk以查找相似的Wikipedia页面 数据的图示 当你想到"网络"时,会想到什么?通常是诸如社交网络,互联网,已连接的IoT设备,铁路网络或电信网络之类的事物.在图论中,这些网络称为图. 网络是互连节点的集合.节点表示实体,它们之间的连接是某种关系. 例如,我们可以用图的形式表示一组社交媒体帐户: 节点是用户的数字档案,连接表示他们之间的关系,例如谁跟随谁

/************************ @HJ 2017/3/30 参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b0020f301010qcz.html修改的代码 @主要调用opencv相关函数,从视频流中提取出图片序列 @需要注意的问题: cvReleaseImage(&pImg)释放内存出错的两种情况:具体可以参考http://www.cnblogs.com/grandyang/p/4615036.html 1)从摄像头获取的图片不能被修改和释放,所以如果

如何在 Linux 中提取随机数 一.设备文件 /dev/random & /dev/urandom 字符特殊文件 /dev/random 和 /dev/urandom (存在于Linux 1.3.3.0) 为内核提供了随机数生成接口.文件 /dev/random 具有主要设备编号1以及次要设备编号8.文件 /dev/urandom 具有主要设备编号1以及次要设备编号9. 二.俩者区别 发生器有一个容纳噪声数据的熵池,在读取时,/dev/random设备会返回小于熵池噪声总数的随机字节./dev

Linux shell 中提取zip或jar文件中的某个文件 假如有个压缩包 abc.jar, 里面文件如下 (可以用unzip -l abc.jar 查看): data/1.txt data/2.txt 那就可以如下提取里面指定的文件到指定的位置,但上级目录将不会被创建.不加-d参数就解压到当前目录,-d参数可以指定不存在的目录,会自动创建.解压得到的文件名不变. unzip -j abc.jar data/2.txt -d /tmp/data_in_abc

目录 1.RPM包中文件的提取 2.在RPM包中提取文件的操作 (1)cpio命令介绍 (2)提取RPM包中文件 1.RPM包中文件的提取 为什么要做这个事呢? 在操作Linux系统的时候误删除一个文件,可以通过强制覆盖的方法可以把删除的文件还原.如果不是误删除,我只是修改了文件中的内容,但是我忘记源文件内容是什么,我修改不回来了.这个时候强制安装覆盖(--force选项)就解决不了问题了.因为强制安装覆盖,并不会对现已存在的文件做修改.Linux系统怕软件的强制安装覆盖把你现有的配置清空了.

先把代码贴上来,有时间整理一下 首先说一下要实现的功能: 假定现在有一个json格式的字符串,而且他是一个josn中的数组,比如: [ { "id": "NEW2017042605516200", , " }, { "id": "20170426A08ZPL00", , " }, { "id": "NEW2017042701070500", , " } ]

----------文本操作命令---------- sed命令:文本编辑工具 sed是一个很好的文件处理工具,本身是一个管道命令,主要是以行为单位进行处理,可以将数据行进行替换.删除.新增.选取等特定工作,下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为: sed [-nefri] 'command' 输入文本 常用选项: -n∶使用安静(silent)模式.在一般 sed 的用法中,所有来自 STDIN的资料一般都会被列出到萤幕上.但如果加上 -n 参数后,则只有经过sed 特殊处理的那一行(

最近,需要将wireshark监听的数据进行提取,分两步:首先,应该得出wireshark的数据包吧,在图形化界面中可以非常直观的将监听数据进行存储,但是这样需要手动操作非常麻烦,而且容易出错(随着处理数据包的数量增加,图形化可能吃不消,以前就遇见过),在linux下,采用了tshark命令,tshark就是wireshark图形界面命令行化,命令如下: sudo tshark -f "udp port 1243" -i eth0 (-w)> /tmp/capture.cap 对

一.基本概念 二.中断屏蔽 三.原子操作 四.自旋锁 五.信号量 六.互斥体 七.自旋锁与信号量的比较 Linux设备驱动中必须解决的一个问题是多个进程对共享资源的并发访问,并发的访问会导致竞态,即使是经验丰富的驱动工程师也常常设计出包含并发问题的bug驱动程序. Linux提供了多种解决竞态问题的方式,这些方式适合不同的应用场景. 一.基本概念 并发(concurrency):指的是多个执行单元同时.并行被执行,而并发的执行单元对共享资源(硬件资源和软件资源上的全局变量.静态变量等)的访问则很

本文介绍了判断字符串是否全为数字的4种办法,另外还介绍了一个translate函数的小技巧,从任意字符串中提取数字(调用2次translate函数).这个办法是一个公司同事发现的,用起来很方便,但理解起来稍有点困难. 1.通过ASCII码判断是否数字,介于[48, 57]之间,(ascii('0') = 48, ascii('9') = '57')2.调用cast函数尝试强制转换成NUMERIC或NUMBER,不是合法数字串即抛异常3.调用translate函数,剔除所有[0-9]数字后,看是否

论文系统Step1:从日志记录中提取特定信息 前言 论文数据需要,需要实现从服务器日志中提取出用户的特定交互行为信息.日志内容如下: 自己需要获取"请求数据包一行的信息"及"OUTSTR"下一行的信息. 思路 考虑使用正则表达式提取特定信息. 示例代码: Pattern pattern = Pattern.compile("请求数据包信息:\"(.+?)\""); Matcher matcher = pattern.match

前几天因为同事一个sql写的有问题,导致我这边处理mysql入库出现数据丢失,没什么办法啊,为了回复数据,只能去翻前两天的log了,但是怎么从十几个几十兆的文件中找到我们需要的数据然后提取出来呢,我的第一反映就是在服务端通过shell 脚本find方法,查找需要的数据,然后导入到一个临时文件.然后再把这个临时文件导出来进一步的处理.后来一个同事说,sublime可以做这个工作,所以就研究了下sublime的部分功能,原来sublime,不仅可以如此方便的在庞杂的数据中提取出我们想要的数据,而且可

当我们想要从genbank 中下载序列的时候,总需要点击右上角的download 按钮,选择对应的格式,然后通过浏览器进行下载,这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载: 代码如下: #!/usr/bin/env perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank; my ($acc, $out_dir) = @ARGV; ; system qq{mkdir -p $out_dir} if not -d $out_dir; my $s

bag文件是ROS常用的数据存储格式,因此要从bag文件中提取数据就需要了解一点ROS的背景知识. 1. 什么是ROS及其优势 ROS全称Robot Operating System,是BSD-licensed系统用于从PC上控制机器人组件.ROS系统由一系列的独立node组成,彼此间通过publish/subscribe消息传递模式相互沟通.比如某个传感器驱动由某个node执行,将该传感器数据用message stream的形式publish,而这些message则可以在数据处理或者日志节点被

在Linux shell命令中expr虽然不是很起眼,但是它的作用是非常大的!到目前为止,我个人看来最大的作用就是两个——四则运算和字符串的操作. 先说四则运算,在Shell中四则运算不能简简单单的加减乘除,应该要写如下的格式: $val1=`$val2 - 1` 其中“=”后面用“`”包住表达式,这个符号在Shell中十分有用,是Tab键上面“~”的原来形式.可以用来将很多命令的结果保存到一个变量中去.接着就是运算符了,运算符的左右两边必须是空格,否则会出错. 接着是强大的字符串操作: 提取指

[流媒體]H264—MP4格式及在MP4文件中提取H264的SPS.PPS及码流 SkySeraph Apr 1st 2012  Email:skyseraph00@163.com 一.MP4格式基本概念 MP4格式对应标准MPEG-4标准(ISO/IEC14496) 二.MP4封装格式核心概念 1  MP4封装格式对应标准为 ISO/IEC 14496-12(信息技术 视听对象编码的第12部分: ISO 基本媒体文件格式/Information technology Coding of aud

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

2012年11月份的资料,之前ARMv8手冊还没公布,我想办法从编译器的binutils中提取出了全部ARMv8指令的二进制编码,之前不能随便发,如今相当于解禁了^_^. 问题1:提取ARMv8的指令编码 答:ARMv8指令的opcode能够在支持ARMv8的编译器binutils中找到,该工具能在网上找到,见參考资料[1],或者在[1]中搜索aarch64_opcode_table. 为了说明指令编码细节.现将网页中部分内容摘录例如以下: struct aarch64_opcode aarch