目录 前言 问题 曲线救国 前言 虽然我的win版本R已经用4了,但之前在Linux环境一直没用R4.0,因为Linux涉及的东西太多,担心不稳定,牵一发而动全身. 但现在有好些R包必须要用更新到R4.0以上才能用了(主要是Rcpp版本太低),有的包本身升级时也要考虑不同版本的R,不更新一些函数功能用不了. 今天又碰到了这个问题,看来是时候更新R了. 问题 anaconda安装后自带R,但不是R4.0版,我的是R3.5.2.我尝试了用conda update r-base来更新,更新了几个库,但

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html Linux 的R环境,可以通过anaconda jupyter notbook很容易的配置,见我之前的博客  https://www.cnblogs.com/shanyr/p/11276755.html 安装R包 Linux下安装R包一般有2种方式: 1. R CMD INSTALL 下载源码 R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz 也可指定安装库路径: R CMD

1.首先Linux先安装java,Tomcat 中间件规范要求: 1)         软件必须下载到/services/download_soft_v        --------(用xftp上传到此目录) 2)         软件必须安装到/services/current_apps        --------------(将上传的java和tomcat 复制或者移动到此目录下) 操作步骤: 1)         利用xftp把软件包传到服务器上 2)         先上传至/ho

前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程 首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta

前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意.小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒.可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline时,不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题,尤其是对非root用户而言更是艰难重重. 准备依赖库 依次安装:zlib/bzip/liblzma/pcre/curl,注意顺序和版本.目前3.4以上3.6以下R版本相对较为稳定和不过时,我自己安装的是3.5.2. cd zlib-1.2.11 ./configure -

collection包1.1.0都升级了什么功能 jianfengye/collection(https://github.com/jianfengye/collection) 这个包喜迎第一个子版本升级,从1.0.1升级到了1.1.0.这次还是做了不少改动的. 支持int32 这个需求是这个issue提出的: https://github.com/jianfengye/collection/issues/10 主要是在protobuf 生成的go代码里面是int32,int64的. 增加一个类

当前系统为CentOS Linux release 6.0 (Final),内核版本为2.6.32-71.el6.i686.由于最近内核出现最新的漏洞(linux kernel 又爆内存提权漏洞,2.6.39 内核无一幸免,所以将内核升级至3.2.2最新版本. 1.查看当前系统内核 # uname -r2 2.6.32-71.el6.i686 2.下载linux-3.2.2内核包 # cd ~# wget -c http://www.kernel.org/pub/linux/kernel/v3.

pip 当前内建命令并不支持升级所有已安装的Python模块. 列出当前安装的包:  pip list 列出可升级的包:  pip list --outdate 升级一个包:  pip install --upgrade requests  // mac,linux,unix 在命令前加 sudo -H 升级所有可升级的包: pip freeze --local | grep -v '^-e' | cut -d = -f 1  | xargs -n1 pip install -U   for i

ubuntu下升级R版本   在测试<机器学习 实用案例解析>一书的邮件分类代码时,windows系统下rstudio中无法读取特殊字符,在ubuntu下可以.在ubuntu虚拟机下安装tm包(install.packages("tm"))时,提示R版本过低(需要3.1,但是只有3.0,最新版本是3.2),百度了下,网上的资料说,需要配置下/etc/apt/sources.list文件,即下载列表,包括R官方网站给出的方法也是如此.这些资料和R官网的说明地址如下: http

https://cosx.org/2013/11/building-r-packages-easily/ 最近想试一下捣腾一个 R 包出来,故参考了一些教程.现在看到的最好的就是谢益辉大大之前写过的开发 R 程序包之忍者篇,以及 Hadley 大神(ggplot2 devtools 等一系列包的作者)的 教程.但是前者有一些过时,后者是全英文的,所以我这里记录一下比较简单的过程,给读者们一个参考思路.如果你有一些 R 程序,想塞到去一个自创的 R 包中,那么这篇文章就可能是你想要的.为了方便说明

R不必说,数据统计分析可视化的必备语言,R包开发的门槛比较低,所以现在随便一篇文章都会发表一个自己的R包,这样有好处(各种需求早有人帮你解决了)也有坏处(R包太多,混乱,新手上手较难).作为生信工程师,日常就是查看别人写的R包,分析数据,然后借鉴.修改,根据自己的需求开发新的R包. 参考: http://blog.fens.me/r-build-package/ R包开发 如何系统地学习 R 语言的各种 packages? Developing Packages with RStudio To

本文转自:http://www.cnblogs.com/ggjucheng/archive/2012/01/14/2322659.html 简介 用简单的话来定义tcpdump,就是:dump the traffic on a network,根据使用者的定义对网络上的数据包进行截获的包分析工具. tcpdump可以将网络中传送的数据包的“头”完全截获下来提供分析.它支持针对网络层.协议.主机.网络或端口的过滤,并提供and.or.not等逻辑语句来帮助你去掉无用的信息. 实用命令实例 默认启动

参考:https://pip.pypa.io/en/stable/installing/ 1.wget -c  https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py 2.python get-pip.py 3.更新pip:pip install -U pip pip install --upgrade pip 如果linux设备无法连接外网,只能考虑源码安装了 把安装包上传到设备上pip-9.0.1.tar.gz,解压,进入目录 python setup.py install

[转载]Linux升级NTPD服务器-编译安装ntp-4.2.8p12与配置 1. 系统与软件版本 1.1 系统版本 rhel6.4(Red Hat Enterprise Linux Server release 6.4 (Santiago)) 1.2 ntpd软件版本 ntp-4.2.8p12.tar.gz 1.3 下载地址 官方下载地址:http://support.ntp.org/bin/view/Main/SoftwareDownloads 参考文档:http://www.linuxfr

第7周第2次课(5月8日) 课程内容: 10.6 监控io性能 10.7 free命令10.8 ps命令10.9 查看网络状态10.10 linux下抓包扩展tcp三次握手四次挥手 http://www.doc88.com/p-9913773324388.htmltshark几个用法:http://www.aminglinux.com/bbs/thread-995-1-1.html   10.6 监控io性能 [root@jimmylinux-002 ~]# iostat -x 查看磁盘io百分

1.前言 使用yum安装虽然很方便,但是如果要是在没有公网的环境下,是没有办法使用yum源的.所以我们可以使用mysql提供的glibc版本的安装包,进行安装. 但是在安装之前,一定要将以前的版本删除,包括/etc/my.cnf和/etc/my.cnf.d一类的文件全部删除,否则在启动的时候会导致混乱.从而报错. 软件 版本 linux RedHat7.4 mysql 8.0.12 2.下载解压 当然如果你还是可以出公网的话,可以使用下边命令,直接进行下载. wget https://dev.m

前言 如果你有订阅一些科技新闻,应该会有看过内核在4.9当中加入了一个新的算法,来解决在有一定的丢包率的情况下的带宽稳定的问题,这个是谷歌为我们带来的干货,新的 TCP 拥塞控制算法 BBR (Bottleneck Bandwidth and RTT),谷歌一向的做法是,先上生产,然后发论文,然后有可能开源,所以这个已经合并到了内核4.9分支当中,算法带来的改变在出的测试报告当中有很详细的数据展示,这个看多了可能反而不知道到底会有什么明显改变,特别是对于我们自己的场景 那么本篇就是来做一个实践的

最近安装github上的R包,经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误.起初以为是网络的问题,换了网不行,登梯子不行,关闭重启也不行. 在网上查了下,说是R默认是通过IE浏览器来下载包的,所以需要设置IE的安全选项. but,我已经很多年没用过IE了(但很多政府官方网站的操作都是默认IE,而且是要

ORACLE LINUX 6.3 + ORACLE 11.2.0.3 RAC + VBOX安装文档 2015-10-21 12:51 525人阅读 评论(0) 收藏 举报  分类: Oracle RAC 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. VBOX + Oracle Linux 6U3 + ORACLE 11.2.0.3.0 RAC 安装 环境: 虚拟机          VIRTUAL BOX OS                ORACLE LINUX 6.3_X86_64

R语言的使用,很大程度上是借助各种各样的R包的辅助,从某种程度上讲,R包就是针对于R的插件,不同的插件满足不同的需求,截至2013年3月6日,CRAN已经收录了各类包4338个. 一. R语言包的安装 1.通过选择菜单: 程序包->安装程序包->在弹出的对话框中,选择你要安装的包,然后确定. 2.使用命令 install.packages("package_name","dir") package_name:是指定要安装的包名,请注意大小写. dir:包