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28w/m 45errors Recent developments in astronomy have made it possible to detect planets in our won Milky Way and in other galaxies. This is a major achievement because, in relative terms, planets are very small and old not emit light. Finding planets

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

TCP的那些事儿(上) 原文链接:http://coolshell.cn/articles/11564.html TCP是一个巨复杂的协议,因为他要解决很多问题,而这些问题又带出了很多子问题和阴暗面.所以学习TCP本身是个比较痛苦的过程,但对于学习的过程却能让人有很多收获.关于TCP这个协议的细节,我还是推荐你去看W.Richard Stevens的<TCP/IP 详解 卷1:协议>(当然,你也可以去读一下RFC793以及后面N多的RFC).另外,本文我会使用英文术语,这样方便你通过这些英文关

编程题#5:细菌实验分组 来源: POJ (Coursera声明:在POJ上完成的习题将不会计入Coursera的最后成绩.) 注意: 总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB 描述 有一种细菌分为A.B两个亚种,它们的外在特征几乎完全相同,仅仅在繁殖能力上有显著差别,A亚种繁殖能力非常强,B亚种的繁殖能力很弱.在一次为时一个 小时的细菌繁殖实验中,实验员由于疏忽把细菌培养皿搞乱了,请你编写一个程序,根据实验结果,把两个亚种的培养皿重新分成两组. 输入 输入有多行,第一行为整数n(

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TCP头格式 注意以下几点: TCP的包是没有IP地址的,那是IP层上的事.但是有源端口和目标端口. 一个TCP连接需要四个元组来表示是同一个连接(src_ip, src_port, dst_ip, dst_port)准确说是五元组,还有一个是协议.但因为这里只是说TCP协议,所以,这里我只说四元组. 注意上图中的四个非常重要的东西: Sequence Number是包的序号,用来解决网络包乱序(reordering)问题. Acknowledgement Number就是ACK——用于确认收到

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提取细菌基因组ORF思路: 1.通过FNA文件得到细菌基因组序列 2.分正负链和三个相位共6种情况统计ORF 3.写入文件 转载请保留出处! 统计细菌基因组ORF 贴上Python代码(版本:3.6) # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Thu Dec 14 13:19:00 2017 @author: zxzhu """ import re def N2M(sequence): #正负链转换 hash

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

本文转载自陈皓博文TCP 的那些事儿(上). TCP是一个巨复杂的协议,因为他要解决很多问题,而这些问题又带出了很多子问题和阴暗面.所以学习TCP本身是个比较痛苦的过程,但对于学习的过程却能让人有很多收获.关于TCP这个协议的细节,我还是推荐你去看W.Richard Stevens的<TCP/IP 详解 卷1:协议>(当然,你也可以去读一下RFC793以及后面N多的RFC).另外,本文我会使用英文术语,这样方便你通过这些英文关键词来查找相关的技术文档. 之所以想写这篇文章,目的有三个, 一个是

目录 Linux上删除大量文件几种方式对比 1. rm删除:因为文件数量太多,rm无法删除(报错) 2. find查找删除:-exec 3. find查找删除:xargs 4. find调用-delete删除 5. ls和xargs组合删除 6. rsync delete删除 总结: Linux上删除大量文件几种方式对比 linux上删除大量小文件删除测试:删除500000个小文件测试 生成文件: $ for i in $(seq 500000);do echo 'text' >hello/$i

[noip模拟赛5]细菌   描述 近期,农场出现了D(1<=D<=15)种细菌.John要从他的 N(1<=N<=1,000)头奶牛中尽可能多地选些产奶.但是如果选中的奶牛携带了超过 K (1<=K<=D)种不同细菌,所生产的奶就不合格.请你帮助John 计算出最多可以选择多少头奶牛. 输入 第一行:三个整数N,D,K 下面N行:第i行表示一头牛所携带的细菌情况.第一个整数di表示这头牛所携带的细菌种类数,后面di个整数表示这些细菌的各自种类标号. 输出 只一个数 M

原文地址:http://kb.cnblogs.com/page/209100/ TCP是一个巨复杂的协议,因为他要解决很多问题,而这些问题又带出了很多子问题和阴暗面.所以学习TCP本身是个比较痛苦的过程,但对于学习的过程却能让人有很多收获.关于TCP这个协议的细节,我还是推荐你去看W.Richard Stevens的<TCP/IP 详解 卷1:协议>(当然,你也可以去读一下RFC793以及后面N多的RFC).另外,本文我会使用英文术语,这样方便你通过这些英文关键词来查找相关的技术文档. 之所以

参考:登上<Cell>封面的AI医疗影像诊断系统:机器之心专访UCSD张康教授 Identifying Medical Diagnoses and Treatable Diseases by Image-Based Deep Learning 2018-2-22 Cell 读<Identifying Medical Diagnoses and Treatable Diseases by Image-Based Deep Learning> 没有问题就无法学习: 1. 文中的数据规模

The Greengenes Database Release 13_5 这是16S的一个非常重要的数据库 The Greengenes Database, a public resource since 2002 (DeSantis 2003, DeSantis 2006, McDonald 2011), is a well-characterized and curated database of small subunit ribosomal near-full length sequen

Ubuntu上的编辑器有gedit.vi.sublime等.gedit一般在没有其他编辑器时临时使用,大部分情况下,vi和sublime使用的比较多,Linux系统内置了vi和sublime,其中,sublime是可视化的编辑器可以通过鼠标操作可以实现各种功能,学习起来比较容易,这里就不作赘述.今天主讲的是非可视化的编辑器vi,提到vi编辑器既让人爱又让人恨.学会vi编辑器的程序猿爱死了vi,新手恨死了vi.接下来就系统的讲解下VI编辑器,供大家参考查询. vi又叫vim,这两个是一样的. vi

 TCP协议具体解释 3.1 TCP服务的特点 TCP协议相对于UDP协议的特点是面向连接.字节流和可靠传输. 使用TCP协议通信的两方必须先建立链接.然后才干開始数据的读写.两方都必须为该链接分配必要的内核资源,以还礼链接状态和连接上数据的传输.TCP链接是全双工的.即两方的数据读写能够通过一个连接进行.完毕数据交换之后,通信两方都必须断开连接以释放系统资源. TCP协议的这样的连接是一对一的.所以基于广播和多播(目标是多个主机地址)的应用程序不能使用TCP服务. 而无连接协议UDP则很适