本文首发于“生信补给站”,ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图 进行绘制. 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一 载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包#install.pac

Scaring the Birds Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 970    Accepted Submission(s): 329 Problem Description It’s harvest season now!  Farmer John plants a lot of corn. There are ma

=-=感觉今天的题目好难... 主要是没有碰到过,所以会觉得不懂怎么写.. 其实现在想想,T1,T2,T3其实都好水..T1其实没有做过还真不会,有做过的话就是个大水题了 T2找最小环..超级裸的,但是自己不会打=-= T3直接FLOYD...+判断障碍物是否有在同一条线上 今天按理来说只有T4会比较难一些..DP+贪心 T1:模拟+数学思想 #include<cstdio> #include<cstring> #include<algorithm> using nam

Scaring the Birds Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 1257    Accepted Submission(s): 420 Problem Description It’s harvest season now!  Farmer John plants a lot of corn. There are m

秦曾昌人工智能课程---5.KNN和朴素贝叶斯 一.总结 一句话总结: 拟合和概率:构建机器学习模型,一般有拟合和概率两种方式 轻学无用:一定要保证学有所用,要深入学习,比如之前做的安卓,一定要学通,不然真的没用,完全浪费时间 1.参数模型(Parametric model)是什么? 通过结构化表达式和参数集表示的模型 参数模型(Parametric model)一类可以通过结构化表达式和参数集表示的模型.参数模型是以代数方程.微分方程.传递函数等形式表达的,或采用机抑方法建立的模型. 2.非参

It's harvest season now! Farmer John plants a lot of corn. There are many birds living around his corn field. These birds keep stealing his corn all the time. John can't stand with that any more. He decides to put some scarecrows in the field to driv

##################    Rancher v2.1.7  +    Kubernetes 1.13.4  ################ #######################    以下为声明  ##################### 此文档是在两台机上进行的实践,kubernetes处于不断开发阶段 不能保证每个步骤都能准确到同步开发进度,所以如果安装部署过程中有问题请尽量google 按照下面步骤能得到什么? 1.两台主机之一会作为Rancher的serve

txt_filename = './files/python_baidu.txt' # 打开文件 file_obj = open(txt_filename, 'r', encoding='utf-8') # 读取整个文件内容 all_content = file_obj.read() # 关闭文件 file_obj.close() print(all_content) 结果: Python (英国发音:/ˈpaɪθən/ 美国发音:/ˈpaɪθɑːn/), 是一种面向对象的解释型计算机程序设计语

{#portal.html#} {## ————————46PerfectCRM实现登陆后页面才能访问————————#} {#{% extends 'king_admin/table_index.html' %}#} {#{% block right-container-content %}#} {#<div class="container col-lg-offset-3">#} {# <h2><a class="form-signin-he

1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

统计学上分布有很多,在R中基本都有描述.因能力有限,我们就挑选几个常用的.比较重要的简单介绍一下每种分布的定义,公式,以及在R中的展示. 统计分布每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数函数,r――随机数函数.比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm.下面我们列出各分布后缀,前面加前缀d.p.q或r就构成函数名:norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心) unif:均匀,exp:指数,wei

https://www.analyticsvidhya.com/blog/2015/08/common-machine-learning-algorithms/?spm=5176.100239.blogcont61037.12.0MhmIg https://yq.aliyun.com/articles/61037?spm=5176.100239.bloglist.110.rlSDN9 We are probably living in the most defining period of hu

聚类 聚类 关键度量指标:距离 常用距离 绝对值距离 绝对值距离也称为"棋盘距离"或"城市街区距离". 欧氏(Euclide)距离 闵可夫斯基(Minkowski)距离 不难看出绝对值距离和Euclide距离是Minkowski距离的特例 当各变量的单位不同或测量值的范围相差很大时,不应直接采用Minkowski距离,而应先对各变量的数据作标准化处理,然后再用标准化后的数据进行计算 切比雪夫(Chebyshev)距离 它是Minkowski距离中的情况 马氏(Mah

Machine learning is a branch in computer science that studies the design of algorithms that can learn. Typical machine learning tasks are concept learning, function learning or “predictive modeling”, clustering and finding predictive patterns. These

聚类分析:对样品或指标进行分类的一种分析方法,依据样本和指标已知特性进行分类.本节主要介绍层次聚类分析,一共包括3个部分,每个部分包括一个具体实战例子. 1.常规聚类过程: 一.首先用dist()函数计算变量间距离dist.r = dist(data, method=" ") 其中method包括6种方法,表示不同的距离测度:"euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便.下面具体介绍以下. 一.画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 1.准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2.上代码,如下所示: manhattan(gwasResults) 如果觉得不够美观,考虑添加一下参数: manhattan(gwasResults, main = "Manhat

点u,v的Manhattan距离:distance(u,v)= |x2-x1|+|y2-y1| Manhattan最小生成树:边权值为两个点Manhattan距离的最小生成树. 普通算法:prim复杂度O(N2),或者处理出所有边,那么kruskal复杂度O(N2logN),这么庞大的复杂度显然是不行的 Manhattan最小生成树算法:以一个点为原点建立直角坐标系,在每45度内只会向距离该点最近的一个点连边. 简略证明: 如图,我们不妨设|AB|<=|AC|; 那么可以证明|AC|>=|BC

R语言特征 对大小写敏感 通常,数字,字母,. 和 _都是允许的(在一些国家还包括重音字母).不过,一个命名必须以 . 或者字母开头,并且如果以 . 开头,第二个字符不允许是数字. 基本命令要么是表达式(expressions)要么就是 赋值(assignments). 命令可以被 (;)隔开,或者另起一行. 基本命令可以通过大括弧({和}) 放在一起构成一个复合表达式(compound expression). 一行中,从井号(#)开始到句子收尾之间的语句就是是注释. R是动态类型.强类型的语

层次聚类 stats::hclust stats::dist    R使用dist()函数来计算距离,Usage: dist(x, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2) x: 是样本矩阵或者数据框 method: 表示计算哪种距离 euclidean              欧几里德距离,就是平方再开方. maximum              切比雪夫距离 manhattan            绝对

R语言与数据挖掘:公式:数据:方法 R语言特征 对大小写敏感 通常,数字,字母,. 和 _都是允许的(在一些国家还包括重音字母).不过,一个命名必须以 . 或者字母开头,并且如果以 . 开头,第二个字符不允许是数字. 基本命令要么是表达式(expressions)要么就是 赋值(assignments). 命令可以被 (;)隔开,或者另起一行. 基本命令可以通过大括弧({和}) 放在一起构成一个复合表达式(compound expression). 一行中,从井号(#)开始到句子收尾之间的语句就

如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人 众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”)  # 安装包 library(“qqman”)  #加载包 data(package=“qqman”)  # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults)  #查