本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

最近发现了python版的MCScan,是个大宝藏.由于走了不少弯路,终于画出美图,赶紧记录下来. github地址 https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) 软件安装 1 ## 安装lastal 2 网址:http://last.cbrc.jp 3 unzip last-1060.zip 4 cd last-1060 5 make 6 7 # 把scripts, src 添加到环境变量 8 9 ## jcvi

在你库里面的文件夹下 点击wiki进入编辑页面 如何编辑: header以#开始, #代表一级header, ##代表二级header... 段落直接以空行分隔. 每行后面加两个以上的空格 分条列举的时候,无规则的时候,每一条前面加上*号 加链接: [Scipy](http://www.scipy.org) 斜体: *content* 浅灰色底纹(如代码之类的):`content` 如果是好几行, 用: ``` few lines ``` 插入图片: ![genotype matrix form

开发环境 Eclipse Java EE IDE for Web Developers. Version: Luna Service Release 2 (4.4.2) tomcat:7.0 数据库:oracle 需求 利用jsp MVC 模式读取oracle数据库中的EMP表的数据 第一步:建立web工程 1)在Eclipse工程领域的空白处鼠标右键,New --> Dynaminc Web Project 2)Project Name:web01 点击下一步

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

一.MCSCAN 参考 :http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip   http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm 安装 :unzip MCscanX.zip  && cd MCScanX   && make 安装报错: 报错解决: 这个错误的原因是,MCScanX 不支持64位系统.如果要在 64位上运行,需要修改下源代码.只需要给 msa.h, dissect_multiple_ali

1. 纪录片:非自然选择 1.1 CRISPR-Cas9的出现 1.2 故事1:先天性基因缺陷而失明的小孩 1.3 故事2:基因变异的蚊子 1.4 基因技术应用的现状 1.5 担忧 2. CRISPR基因编辑 2.1 Cas9 2.2 Cas12a(以前称为Cpf1) 2.3 Cas9与Cpf1 2.4 Anti-CRISPR 2.5 CRISPR/Cas工具 3. 基因敲除 4. DNA,RNA,染色体,基因,蛋白质 4.1 概念 4.2 DNA和RNA 4.3 物质关系: 4.4 功能关系:

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注