Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是

我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性.GO总共有三个ontology(本体),分别描述基因的分子功能(molecular function).细胞组分(cellular compon

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白. 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平. 特性:远距离效应,无方向性. 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶

N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的大规模研究,为我们理解啮齿动物和人类细胞中蛋白质糖基化的分子结构和生物网络做出了重大贡献.不过在许多无脊椎动物,N-糖基化的研究仍然很少. 捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)是寄生于反刍动物的一种吸血寄生线虫,在世界范围内广泛分布.先前的研究表明该寄生虫存在一系列哺乳动物缺失的

package com.zb.zhihuianyang.base; import android.app.Activity; import android.os.Bundle; import android.support.v4.app.Fragment; import android.view.LayoutInflater; import android.view.View; import android.view.ViewGroup; /** * Fragment基类 * 1. 初始化布局

Unity3D依靠多平台发布这个核心特点,目前如日中天,屌丝引擎之王绝无来者.Egret白鹭引擎,也着实在微信上刷了一屏又一屏.这二者似乎风马牛不相及,但是这个无处不搞基的年代,让一切皆有可能. U3D只是多平台发布,而js和webgl才是多平台运行.你有没有想过有u3d来开发js和webgl应用呢,然而unity官方选择了一条il2cpp的路线,让这个希望化为泡影.IL2CPP做webgl没有前途IL2CPP做webgl没有前途iL2CPP做webgl没有前途 为什么没有前途,1000个人心里

作者 彭東林 pengdonglin137@163.com 平臺 tiny4412 ADK Linux-4.4.4 u-boot使用的U-Boot 2010.12,是友善自帶的,爲支持設備樹和uImage做了稍許改動 簡介 前面我們實現了一種設備樹下中斷的使用方法,下面介紹第二種,這種方式本質上跟前者是一樣的,使用的是platform_bus的接口. 爲了便於比較,還是以底板上面上的四個按鍵爲例分析,其中前兩個按鍵使用第二種方式,後兩個按鍵使用第一種方式. 正文 原理圖可以參考博文:基於tiny

类的继承与派生 面向对象技术强调软件的可重用性,这种重用性通过继承机制来实现.而在类的继承过程中,被重用的原有类称为基类,新创建的类称为派生类.派生类定义语法格式如下: class <派生类名> : <继承方式> <基类名1>, <继承方式> <基类名2> ...... { <派生类成员的定义>; } 继承方式控制着派生类成员以及派生类对象如何访问从基类继承来的成员:“:”后只有一个基类为单继承,有多个基类为多继承. 派生类的构造函数

为了访问公有派生类的特定成员,可以通过讲基类指针显示转换为派生类指针. 也可以将基类的非静态成员函数定义为虚函数(在函数前加上virtual) #include<iostream> using namespace std; class base{ public: /*virtual*/ void who(){ //define this function to virtual will be normal cout << "this is the class of bas

基类:基类定义了所有对于派生类来说普通的属性和方法,派生类从基类继承所需的属性和方法,且在派生类中增加新的属性和方法. 继承:继承是C++语言的一种重要机制,它允许在已定义的类的基础上产生新类. lua基类和C++基类极为相似,但是lua中却没有继承这一说,更没有所谓的派生类.lua只能通过一种行为(元表)来模拟C++继承这一方法. 元表:lua中提供的元表是用于帮助lua数据变量完成某些非预定义功能的个性化行为,当它做某一种操作,然而self表中却没有定义实现这种操作的方法,那么为了实现这一操

当我们用MVVM设计模式的时候要实现INotifyPropertyChanged,每次都要实现这个接口比较麻烦,所以基类的作用就体现出来了.代码如下:   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 6

我们知道,salesforce中系统标准列表页面提供了相应的分页功能,如果要使用其分页功能,可以访问http://www.cnblogs.com/zero-zyq/p/5343287.html查看相关实现. 现在很多的sfdc项目都是重构页面进行开发,所以很多系统分装的功能用不上,但是很多确实很常见的功能,比如分页,这时候就有必要自己封装一套翻页基类,子类继承父类并实现相关方法以后,前台通过封装的翻页类实现翻页功能. 根据系统的分页功能可以想象到我们设计的分页类应该满足以下简单的功能: 1.相关

设计一个验证用户身份是否登陆的基类BaseController /// <summary> /// 所有需要进行登录控制的控制器基类 /// </summary> public class BaseController : Controller { /// <summary> /// 当前登录的用户属性 /// </summary> public UserInfo CurrentUserInfo { get; set; } /// <summary&g

多个线程同时访问共享数据时,线程同步能防止数据损坏.之所以要强调同时,是因为线程同步问题实际上就是计时问题. 不需要线程同步是最理想的情况,因为线程同步一般很繁琐,涉及到线程同步锁的获取和释放,容易遗漏,而且锁会损耗性能,获取和释放锁都需要时间,最后锁的玩法就在于一次只能让一个线程访问数据,那么就会阻塞线程,阻塞线程就会让额外的线程产生,阻塞越多,线程越多,线程过多的坏处就不谈了. 所以可以避免线程同步的话就应该去避免,尽量不要去使用静态字段这样的共享数据. 类库和线程安全 .net类库保证了所

7.为多态基类声明虚析构函数 1.为多态基类声明虚析构函数 code1: class A{ public: int* a; A():a(new int(5)) {} ~A(){ delete a; } }; class B:public A { public: int *b; B():b(new int(10)) {} ~B(){ delete b; } }; int main(int argc, char const *argv[]) { B *bb=new B; A* aa=bb; dele

An event can be raised only from the declaration space in which it is declared. Therefore, a class cannot raise events from any other class, even one from which it is derived. 事件只能在它被声明的声明空间(类)中使用.所以不能从任何其他类引发,即使该类是事件所在类的继承类. 那我们如何才可以引发基类中的事件,给个实例大家一

发现这个月准备竞赛完全没有更新哎... 改了下某华大一c++测试题...网上对虚继承讲的要么太繁琐要么不到位,自力更生 #include<iostream> #include<fstream> using namespace std; class A { public: A(int i) { a = i; cout << "a=" << a << endl; } ~A() { cout << "A's d

[题目分析] 高斯消元求线性基. 题目本身不难,但是两种维护线性基的方法引起了我的思考. void gauss(){ k=n; F(i,1,n){ F(j,i+1,n) if (a[j]>a[i]) swap(a[i],a[j]); if (!a[i]) {k=i-1; break;} D(j,30,0) if (a[i]>>j & 1){ b[i]=j; F(x,1,n) if (x!=i && a[x]>>j&1) a[x]^=a[i];

[题目分析] 显然,一个路径走过两边是不需要计算的,所以我么找到一条1-n的路径,然后向该异或值不断异或简单环即可. 但是找出所有简单环是相当复杂的,我们只需要dfs一遍,找出所有的环路即可,因为所有的简单环都可以经过各种各样的异或得到. 然后线性基,在从高位向低位贪心即可,至于证明,需要拟阵的相关知识. [代码] #include <cstdio> #include <cstring> #include <cstdlib> #include <cmath>