在对vcf的操作有这样三个软件: Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里. GATK .x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦. Bcftools:涉及文本的处理,功能很强大,后续随着我的分析还要继续介绍. 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: bcftools v

C#文件的拆分与合并操作示例代码. 全局变量定义 ;//文件大小 //拆分.合并的文件数 int count; FileInfo splitFile; string splitFliePath; FileStream splitFileStream; FileInfo joinFile; string joinFliePath; FileStream joinFileStream; 拆分文件操作 private void CheckSplit_Click(object sender, Event

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

目录 目录 Merge AndroidManifest 合并清单文件 合并多个清单文件 合并优先级 合并冲突启发式算法 合并规则的标记 节点标记 属性标记 Attribute markers 标记选择器 替换导入库的 uses-sdk 隐式系统权限 检查合并清单并查找冲突 附录:合并策略 Markdown版本笔记 我的GitHub首页 我的博客 我的微信 我的邮箱 MyAndroidBlogs baiqiantao baiqiantao bqt20094 baiqiantao@sina.com

文件的拆分与合并在开发中经常会用到,上传或是下载的时候都有这样的运用 文件拆分的思路 将文件大小拆分为n个文件 那么,每个文件的大小就是等大小的 如果文件大小被n除不尽,那么就使用n+1个文件来拆分 最后一个文件的大小就是整除不尽的那一部分数据 文件合并的思路 将拆分出来的全部文件胺顺序读取 挨个数据写入到指定文件中 所有文件数据写入完毕 那么合并就完成了 代码实现 布局文件(activity_main.xml) <LinearLayout xmlns:android="http://sc

篇一:WPF常用知识以及本项目设计总结:http://www.cnblogs.com/baiboy/p/wpf.html 篇二:基于OneNote难点突破和批量识别:http://www.cnblogs.com/baiboy/p/wpf1.html 篇三:批量处理后的txt文件入库处理:http://www.cnblogs.com/baiboy/p/wpf2.html 篇四:关于OneNote入库处理以及审核:http://www.cnblogs.com/baiboy/p/wpf3.html [

本章将讲解如何通过svn命令获取某版本后改动的所有文件 一键操作,告别svn log的繁杂对比工作. 1:安装SVN命令行工具Subversion(不是TortoiseSVN) 下载Subversion,并安装,本人安装目录为 D:\Subversion 2:把Subversion配置到环境变量,使其可以通过dos窗口执行命令 进入安装目录,找到bin文件,把bin路径配置到环境变量Path下.如图所示: 3:打开dos窗口,执行svn help,出现如下内容则配置成功. 4:准备工作结束,激动

hbase将dfs作为存储,公司测试环境断电后,hadoop集群会因此而损坏一些block文件,这个时候,客户端在读取文件时会报一些错: DataXceiver error processing READ_BLOCK operation Got error for OP_READ_BLOCK 因为文件损坏,我直接是把损坏的文件删除 先检查损坏文件: hadoop fsck / 输出: 注意到 CORRUPT FILES 22:表示有22个损坏的块文件 删除损坏文件: hadoop fsck /

对使用zend加密后的php文件进行解密 使用zend加密后的php文件用notpad++打开会出现类似的乱码 下面使用解密工具进行解密 http://pan.baidu.com/s/1i3n4ysX 下载上面的解密工具,解压到盘里面,最好不要有中文路径,我解压到 I:\Dezender 里面,修改 I:\Dezender\PHP5\PHP5\php.ini文件,修改里面的文件路径 打开cmd命令行 然后就可以看见你的文件目录下面会多出一个文件    文件名.de.php I:\Dezender

使用UtralEdit或者sublime text打开编译后的.class文件, 其中cafe babe为magic number(魔数),标识这个文件是java的class文件. 0033转换成10进制是51(3*16^1+3*16^0).而51则是jdk 1.7.(50是jdk1.6.49为jdk1.5) 而51就是jdk1.7的minor.major version. 延伸:: 下表既是minor.major version表

datafile.txt  #文件 Man: this is the right room for an argument. Other Man: I've told you once. Man: No you haven't Other Man: Yes, I have. (pause) Man: When? Other Man: Just now. Man: No you didn't Other Man: Yes I did. Man: You didn't Other Man: I'm

http://www.iteye.com/problems/72150 写了一段代码 大体是 InputStream读取文件到string后OutputStream到文件 遇到的问题为TXT文件大小格式等都没有问题,但是PDF\RAR等格式的就无法打开了,重新生成的文件大小会比原文件小,代码如下. package com.stream; import java.io.BufferedReader; import java.io.ByteArrayOutputStream; import java

eclipse开发工具Import工程后,工程文件夹上出现黄色感叹号. 可能是Work目录无效,解决方法:删除Work目录即可,如下图所示: 删除后,如下图:

MainWindow.xaml文件 <Window xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation" xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml" xmlns:d="http://schemas.microsoft.com/expression/blend/2008" xmlns:mc="

merge后发现冲突太多,或者合并的分支代码并不是最新,那就直接撤销再合并好了. git reset --hard HEAD 用来撤销还没commit 的merge,其实原理就是放弃index和工作区的改动.

tomcat编译项目后,classes文件没有相应的改变: tomcat不能将项目部署到服务器: 1.首先,在tomcat安装目录webapps中将编译后的整个项目删掉,然后再在eclipse将tomcat中添加的项目移除,再clean…一次,然后再导入你的项目到tomcat,再编译. 2.如果还有错: 很可能是.xml文件没有加载上:可参考http://www.cnblogs.com/mmzs/p/8757709.html

首先,是wine QQ的安转教程:Wine安装最新版QQ(8.9.2)的简单教程 - Powered by Discuz! 里面作者也提到了关于重启后出现个人文件夹被占用的情况. 如下: 这里,如果不替换riched20的话则安装好QQ后无法输入用户名,不停用txplatform.exe则WineQQ无法完整退出,导致关掉重开后提示QQ文件被占用,禁用ntoskrnl.exe是为了规避可能出现QQ无法启动的bug.前面的*号可以省略,不过我觉得比较好看,还是加上去了. 我按照上面的设置后,发现还