前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程 首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta

最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi

[下面列出每个步骤最有用的一些R包] .数据导入 以下R包主要用于数据导入和保存数据: feather:一种快速,轻量级的文件格式:在R和python上都可使用 readr:实现表格数据的快速导入 readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据 openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets:读取google电子表格数据 haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr:从网站开放的API中读取数据 rvest:网

http://blog.fens.me/series-r/ R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大. R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒.直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器.随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长.现在已不仅仅是统计领域,教育,银行,电商,互联网….都在使用R语言. 要成为有理想的极客,我们不能停留在语法上,要掌握牢固的数学,概率,统计知识,同时还要有创

MAMP和WAMP搭建Web环境,数据库,数据分布可视化 1. 数据库 用MAMP和WAMP搭建Web环境,数据分布可视化 Web环境Web服务器:Apache.Nginx,处理Web请求数据库:MySQL,存储和管理数据后端:PHPWeb服务启动后,就可以在浏览器中访问根目录中的网站项目 MAMP:Mac,Apache,MySQL,PHP,https://www.mamp.info/en/WAMP:Windows,Apache,MySQL,PHP,http://www.wampserver.c

数据导入 以下R包主要用于数据导入和保存数据 feather:一种快速,轻量级的文件格式.在R和python上都可使用readr:实现表格数据的快速导入.中文介绍可参考这里readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据googlesheets:读取google电子表格数据haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据httr:从网站开放的API中读取数据rvest:网页数据抓取包xml2:读取HTML和

R语言服务器程序 Rserve详解 http://blog.fens.me/r-rserve-server/ Rserve的R语言客户端RSclient https://blog.csdn.net/u011955252/article/details/65442783 http://blog.fens.me/series-r/ R的极客理想系列文章 R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大. R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域

用emoji表情包来可视化北京市历史天气状况!   最近有了一个突如其来的想法,主要是看到了R社区有大神做了emoji表情包,并已经打通了ggplot的链接,所以想用ggplot结合emoji表情做一期天气可视化! library(RCurl) library(XML) library(dplyr) library(stringr) library(tidyr) library(plyr) library(rvest) library(ggimage) library(Cairo) librar

什么是DataFrame 引用 r-tutor上的定义: DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构,它的各行表示一个实例,各列表示一个变量. 没错,DataFrame就是类似于Excel表格和MySQL数据库一样是一个结构化的数据体.而这种结构化的数据体是当代数据流编程中的中流砥柱,几乎所有先进算法的载体都是DataFrame,比如现在我们耳熟能详的逻辑回归算法.贝叶斯算法.支持向量机算法.XGBoost算法等等都建立在这个数据流编程的基础之上,我们可以在R.Python.Scala

[在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程.具体如下]   [下面列出每个步骤最有用的一些R包] 1.数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据:feather:一种快速,轻量级的文件格式:在R和python上都可使用readr:实现表格数据的快速导入readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据googlesheets:读取google电子表格数据haven:读取SAS,SPSS和Stata

R语言中文社区历史文章整理(类型篇)   R包: R语言交互式绘制杭州市地图:leafletCN包简介 clickpaste包介绍 igraph包快速上手 jiebaR,从入门到喜欢 Catterplots包,让你绘制不一样的图 今天再来谈谈REmap包 ggplot2你需要知道的都在这... R访问数据库管理系统(通过RODBC包和RMySQL包两种方式) NLP——自然语言处理(三)text2vec包 Rattle:数据挖掘的界面化操作 借助caret包实现特征选择的工作 R语言的高质量图形

一篇文章教你如何用R进行数据挖掘 引言 R是一种广泛用于数据分析和统计计算的强大语言,于上世纪90年代开始发展起来.得益于全世界众多 爱好者的无尽努力,大家继而开发出了一种基于R但优于R基本文本编辑器的R Studio(用户的界面体验更好).也正是由于全世界越来越多的数据科学社区和用户对R包的慷慨贡献,让R语言在全球范围内越来越流行.其中一些R包,例如MASS,SparkR, ggplot2,使数据操作,可视化和计算功能越来越强大. 我们所说的机器学习和R有什么关系呢?我对R的第一印象是,它只是

「全局溢出」当一个区域的特征变化影响到所有区域的结果时,就会产生全局溢出效应.这甚至适用于区域本身,因为影响可以传递到邻居并返回到自己的区域(反馈).具体来说,全球溢出效应影响到邻居.邻居到邻居.邻居到邻居等等. 「局部溢出」是指影响只落在附近或近邻的情况,在它们影响邻邻区域之前就消失了. 对应全局与局部溢出,存在全局与局部自相关检验.全局自相关检验指标主要有 moran'I 指数.Geary 指数 C 统计量以及 Getis-Ord global G 统计量:局部自相检验指标主要有局部mora

最近看了好多潜类别轨迹latent class trajectory models的文章,发现这个方法和我之前常用的横断面数据的潜类别和潜剖面分析完全不是一个东西,做纵向轨迹的正宗流派还是这个方法,当然了这个方法和潜增长和增长曲线模型在做法并没有实际区别,都是用的hlme这个函数.但是文献中的叫法和花样就比较多了. 像本文写的latent class trajectory models,之前写的潜类别增长模型LCGA和增长曲线模型GMM都是潜类别线性混合模型latent class linear

最近在学深度学习相关的东西,在网上搜集到了一些不错的资料,现在汇总一下: Free Online Books  by Yoshua Bengio, Ian Goodfellow and Aaron Courville Neural Networks and Deep Learning42 by Michael Nielsen Deep Learning27 by Microsoft Research Deep Learning Tutorial23 by LISA lab, University

大数据通用处理平台 Spark Flink Hadoop 分布式存储 HDFS 资源调度 Yarn Mesos 机器学习工具 Mahout Spark Mlib TensorFlow (Google 系) Amazon Machine Learning DMTK (微软分布式机器学习工具) 数据分析/数据仓库(SQL类) Pig Hive kylin Spark SQL, Spark DataFrame Impala Phoenix ELK 8.1 ElasticSearch 8.2Logsta

本文首发于微信公众号 *“ 生信补给站 ” ,期待您的关注!!!* 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNDI1MzgzOQ==&mid=2650394184&idx=1&sn=11f28193202b0714aadef44f5304eb9d&chksm=f01caca8c76b25be779b1b668e44305dd0ff4447f7afcce7a9eedc340ded29a0af86c6b31e35&token=

##################    Rancher v2.1.7  +    Kubernetes 1.13.4  ################ #######################    以下为声明  ##################### 此文档是在两台机上进行的实践,kubernetes处于不断开发阶段 不能保证每个步骤都能准确到同步开发进度,所以如果安装部署过程中有问题请尽量google 按照下面步骤能得到什么? 1.两台主机之一会作为Rancher的serve

txt_filename = './files/python_baidu.txt' # 打开文件 file_obj = open(txt_filename, 'r', encoding='utf-8') # 读取整个文件内容 all_content = file_obj.read() # 关闭文件 file_obj.close() print(all_content) 结果: Python (英国发音:/ˈpaɪθən/ 美国发音:/ˈpaɪθɑːn/), 是一种面向对象的解释型计算机程序设计语

{#portal.html#} {## ————————46PerfectCRM实现登陆后页面才能访问————————#} {#{% extends 'king_admin/table_index.html' %}#} {#{% block right-container-content %}#} {#<div class="container col-lg-offset-3">#} {# <h2><a class="form-signin-he

ggfortify 有着简单易用的统一的界面来用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化的一个R工具包.这让许多的统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程,不用对结果进行任何处理就能以 {ggplot} 的风格画出好看的图,大大地提高了工作的效率. 虽然ggfortify已经在CRAN上,但是由于最近很多的功能都还在快速增加,还是推荐大家从Github上下载和安装 library(devtools) install_github('sinhrks/ggfortify') lib