miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过

来源:http://52brain.com/thread-17336-1-1.html Brodmann分区是一个根据细胞结构将大脑皮层划分为一系列解剖区域的系统.神经解剖学中所谓细胞结构(Cytoarchitecture),是指在染色的脑组织中观察到的神经元的组织方式.Brodmann分区最早由德国神经科医生科比尼安·布洛德曼(Korbinian Brodmann)提出.他的分区系统包括每个半球的52个区域.其中一些区域今天已经被细分,例如23区被分为23a和23b区等.从物种间差异来讲,同一

参考了众多文章并结合实际操作后的感想. 参考:http://www.plob.org/2013/09/18/6174.html 参考:http://www.plob.org/2012/06/12/2207.html Orthomcl需要的linux详细配置,简单叙述. 系统:unix BLAST Database:oracle 或 mysql 内存4G,硬盘100G perl: DBI module 和 DBD-mysql MCL程序 详细操作过程及需要注意的点: 1.数据库安装和配置 我用的m

[转]Fragstats软件使用及其景观生态学意义     原文地址:http://blog.163.com/shuailai@126/blog/static/132380408201041525137936/ 现在景观格局研究普遍采用Fragstats 3.3软件计算格局指数,我在写文章的过程中也使用了这一软件,期间也遇到不少问题,幸得高人指点和自己不断摸索(当时网上鲜有使用方法),终于把数据算出来了,现在把使用过程中遇到的一些问题与方法写出来,希望对后来者有些帮助,在写这个的过程中,参考了一

Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了(satija的力作),我之前测试过,但是没怎么用. 最近发现这个工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下这篇文章. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species 主要目的:identifying subpopulations of cells that are present across m

1.摘要 群居性的进化是进化的主要过渡之一,但其背后的基因组变化是未知的.我们比较了10种蜜蜂的基因组,它们的社会复杂性各不相同,代表了社会进化中的多种独立过渡,并报告了三项主要发现. 第一,许多重要的基因显示出中性进化的证据,这是随着社会复杂性的增加而放松选择的结果. 第二,没有单一的通往群居社会的路线图;社会性中的独立进化过渡具有独立的遗传基础. 第三,尽管这些转变在细节上明显独立,但它们确实具有类似的一般特征,包括受约束蛋白质进化的增加,伴随基因调控潜力的增加,以及转座因子多样性和丰度的减

应用场景 DNA分析: 将DNA的一级序列如β-球蛋白基因的第一个外显子(Exon)转化为分子“结构图”,然后由所得“结构图”提取图的不变量,如分子连接性指数．以图的不变量作为自变量,再由相似度计算公式或距离公式进行相似度计算,其相似度的大小显示不同物种间亲缘关系的远近程度,运用这种方法对人.猴及鼠等8个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似度进行计算,所得结果与生物学中的进化树符合得较好. 拼字检查:将每个词与词典中的词条比较,英文单词往往需要做词干提取等规范化处理,如果一个词在词典中不存在

HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家级人选获得者.作为“十五”重大攻关项目课题组长.国际HapMap计划Steering Committee Member和 “中华单体型图协作组”召集人,负责HapMap“中国卷”的实施.主要从事疾病相关基因定位.群体遗传学和基因组多态研究,部分成果在Nature,Nature Genetics, P

背景:16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于16S rRNA基因的进化速率较慢,在物种间保守,会存在多个物种的基因完全相同的情况,而且由于基因水平转移的发生,即使亲缘关系较远的物种,也可能出现基因序列完全相同的情况,更进一步讲,我们分析时通常只采用16S rRNA基因的某些区域,这导致物种间扩增出来的片段完全相同的概率大大增加:而一些蛋白编码基因,特别是一些参与重要的信号通路的基因,比如参与氮

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplotype就是单条染色体中的一段,译作单体型(有人译作单倍型),是描述遗传差异的一种主要方式.DNA作为遗传物质,不但编码了物种间的差异,物种内不同个体之间的差异也含在其中,均表现为基因组之间的DNA序列差异,也就是基因组的多态性上. DNA由四种核苷酸单个连接而成,基因组最常见的多态就是单核苷酸多态

KEGG, 简称京都基因组百科全书,包含了许多的数据库,对于研究基因功能来说,KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库: KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因,会把和其同源的基因所有基因都归为一类,就是每一个KO, 并赋予一个K number, 用该基因的功能作为这个KO的功能: 基于同源基因具有相似功能的假设,把每个基因的功能进行了扩充,对于某个物种中功能研究的很清楚的基因,在不同的物种间搜寻该基因的同源基因,将这些同源基因定义为一个ortholog

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点   进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate   准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下

一.MCSCAN 参考 :http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip   http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm 安装 :unzip MCscanX.zip  && cd MCScanX   && make 安装报错: 报错解决: 这个错误的原因是,MCScanX 不支持64位系统.如果要在 64位上运行,需要修改下源代码.只需要给 msa.h, dissect_multiple_ali

文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud

经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了.如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性. 标注有物种信息,scaffold信息,并用颜色加以区分物种的不同属性. 最后一章的代码和思路更新见公众号. 接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容.

1950年Barbara Mclintock 首次在玉米中发现转座子(TEs),并由此获得诺贝尔奖.尽管长期被认为是垃圾DNA,但现在TEs被广泛认可是宿主基因组演化的重要推动力.它们可引起包含基因重复(gene duplication)在内的各种遗传突变,从而影响生物的进化轨迹. 转座子类型众多,包含non-LTR(Long Terminal Repeat)型逆转座子. LTR型逆转座子.Helitron型DNA转座子.TIR(Terminal Inverted Repeat)型DNA转座子等

最近发现了python版的MCScan,是个大宝藏.由于走了不少弯路,终于画出美图,赶紧记录下来. github地址 https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) 软件安装 1 ## 安装lastal 2 网址:http://last.cbrc.jp 3 unzip last-1060.zip 4 cd last-1060 5 make 6 7 # 把scripts, src 添加到环境变量 8 9 ## jcvi

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注

文章目录 介绍 进化的力量 基因学方法 种源试验 短期基因检测实验 表型与遗传估计 差异化 基因学趋势 预测对气候变化的反应 介绍 基因生态学是研究种内遗传变异与环境条件的关系.它揭示了种群适应环境的模式,这是由于不同地点之间的自然选择的差异造成的.进行基因生态学研究的实际目的是:(1)确定种子可以从采集地点移到重新造林地点的距离,而不会有树木对种植地点适应不良的风险:(2)划定单一育种计划就能满足要求的地理育种区:(3)在本地范围内为外来(引进)物种选择最佳种源:(4)预测森林树木种群适应快速

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp