今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap 经过测试,我发现序列数大于50 的时候,只要长度没有太长,结果也是正常的 所以,muscle 的缺陷就是对于太长的输入序列,没办法正常比对,这个时候推荐使用mafft 这个多序列比对工具

一.下载 Git 二.下载Git小乌龟-TortoiseGit 三.汉化-去官网下载,官网地址 https://tortoisegit.org/download/

简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw . 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW).因此,推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对. 安装 1 $ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-s

[环境变量]注释掉conda3,source ~/.bashrc conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作. # 由于是刚开始搭建,这里没有给orthofinder单独一个环境空间,这一套下来,基本的基因分析软件都安装好了.

因为上一篇博客需要展示一些软件操作过程,如果直接截图的话一来可能需要多张图,二来表达也不方便,所以特意去查了下如何录制手机屏幕操作,然后转成gif,嵌入进博客中,这样表达起来就方便多了.话不多说,总结了两种方法,这就写出来.PS一点,使用以下方法,必须保证安卓系统在4.4以上,至于4.4以下能不能行,可以自行验证. 2016-9-13更新:好像这个需求还是有很多人需要的,在此推荐一个更简单方便的录制方法. 2015-11-15更新:发现第三种方法,更快更方便. 首先先来看下效果,怎么样,是不是有

最近打算将一些软件操作过程进行屏幕录制进行视频分享,所以寻思着找一块能在MAC上使用的屏幕录制软件.google了一番,没想到MAC系统自带的QuickTime Player已经内置屏幕录像功能,而且简单好用! 启动QuickTime Player 新建屏幕录制 如果想要在录制的过程中对鼠标点击的位置突出的话,可以勾选控制界面右边的倒三角,勾选“在录制中显示鼠标点按”,当然你还可以在这里设置麦克风输入,比如录制教程的时候,一边讲解一边录制,那么就可以把“内建输入:外置麦克风”勾上,还可以设置视频

软件名称: 屏幕录像专家2014软件语言: 简体中文授权方式: 免费试用运行环境: Win8 / Win7 / Vista / WinXP软件大小: 7.9MB图片预览: 软件简介:屏幕录像专家2014是一款专业的屏幕录像制作工具,屏幕录像专家在中国的屏幕录像软件,可以说是NO.1,很多人都在用它,是制作各种屏幕录像.软件教学动画和制作教学课件的首选软件 屏幕录像专家2014,可以轻松地将屏幕上的软件操作过程.网络教学课件.网络电视.网络电影.聊天视频.游戏等录制成FLASH动画.WMV动画.A

随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生.而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要.目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗.药物研发提供参考.ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库,但它从2009年开始就不再更新.而CARD(the Comprehensive Antibiotic Research Database)数据库包含了ARDB数据库中所有抗性信息,并搭建了一个基于志愿者贡献的数据共

经过一年的忙碌,终于又到了寒假时间,小白又满状态复活了. 这一年小白学了很多的课程,但是一年下来,小白却感觉脑袋里没留下什么东西,貌似什么东西都在考完试的那一刹那全还回给老师了.这一年学习之余,小白仍然坚持着做案例,做大量不同的案例,虽然有一些案例做起来并没有太大的作用,但是至少可以熟练软件操作过程. 最近小白对于网格产生了一些困惑,正巧的是中午在食堂吃饭的时候碰到了小牛师兄,这一学期忙着上课,有一阵子没见着小牛师兄了. "嘿,师兄,好久不见了耶",小白上去打招呼. "是啊小

5.1 print和import的更多使用方式 5.1.1 使用逗号输出 print 'Age',42 print 1,2,3 如果要同时输出文本和变量值,又不希望使用字符串格式化的话,那么这个特性就比较有用了 >>> name = 'Gumby' >>> salutation = 'Mr.' >>> greeting = 'Hello' >>> print greeting,salutation,name Hello Mr. Gum

本文基于Python 3.6.5的官文random编写. random模块简介 random为各种数学分布算法(distributions)实现了伪随机数生成器. 对于整数,是从一个范围中均匀选择(uniform selection): 对于序列,是从一个随机元素的均匀选择: 一个函数实现列表的随机排列(random permutation),是在列表本身实现了(in-place,改变了列表),而用于随机采样(random sampling)的函数则没有对列表本身进行更改. On the rea

测试环境(win10 x64 软件Diamond 3.5 x64) 软件下载地址:http://files.latticesemi.com/Diamond/3.5/3.5.0.102_Diamond_x64.zip 一.建工程 打开软件 如图所示: 虽然diamond的中文资料并不是特别多,但是软件中自带的英文资料放在了很显眼的位置,如上图红色圈的地方.Lattice diamond user guide 主要是介绍软件的使用说明,包括工程的建立方法,软件使用流程,具体的工具讲解会跳到专门的手册

一.部署LNMP环境 目标: 安装部署Nginx.MariaDB.PHP环境 1> 安装部署Nginx.MariaDB.PHP.PHP-FPM: 2> 启动Nginx.MariaDB.FPM服务: 3> 并测试LNMP是否工作正常. 方案: 在RHEL7系统中,源码安装Nginx,使用RPM包安装MariaDB.PHP.PHP-FPM软件 操作过程中需要安装的软件列表如下: 1> nginx                              # nginx提供调用服务,充当

有时,用户仅需要进行GIS数据格式的简单转换,对文字注记.制图表达.投影信息无特别要求,可进行快速格式转换.做为MapGIS文件与Shape文件间的格式转换工具,Map2Shp软件操作过程十分简单,只需依以下步骤进行即可. 1.添加数据 启动Map2Shp转换软件,参考[功能面板]--[添加文件],添加待转换文件到转换列表. 图 1 添加目录或文件 2.指定转换参数 点击[批量转换]按钮,启动转换向导,参考[功能面板]--[格式转换]. 图 2 批量转换 指定空间参考输出方式为"不输出空间参考信

DC-9 渗透测试 冲冲冲,好好学习 DC系列的9个靶机做完了,对渗透流程基本掌握,但是实战中出现的情况千千万万,需要用到的知识面太广了,学不可以已. 靶机IP: 172.66.66.139 kali IP: 172.66.66.129 网络模式 NAT netdiscover 拿到靶机ip 172.66.66.139 nmap -sV -A -p- -oN /tmp/dc-9.nmap 22端口的状态时 filtered (被过滤的,不能确定是否开放).80开放. #看到 SSH的22端口是f

python随机数模块 random - 生成伪随机数,该模块实现了各种分布的伪随机数生成器. 对于整数,从范围中有统一的选择. 对于序列,存在随机元素的统一选择.用于生成列表的随机排列的函数.以及用于随机抽样而无需替换的函数. 几乎所有模块函数都依赖于基本函数 random() ,它在半开放区间 [0.0,1.0) 内均匀生成随机浮点数. 警告 不应将此模块的伪随机生成器用于安全目的. 有关安全性或加密用途 1.整数用函数 random.randrange(stop) 从 range(star

interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯一的interpro 编号,类似 IPR034725 这种格式,而每条蛋白又有对应的GO注释信息: 可以通过下面的链接得到 IPR 编号和GO 注释信息之间的对应关系 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/interpro2go 这个链接中的内容如下:

1.原始的数据表 2.操作 -- 创建序列 test_data_file_Id_Seq -- create sequence Test_data_file_Id_Seq increment by 1 start with minvalue 1 maxvalue 999999999; --对自己想要添加自增id的表备份一份,防止操作出错create table test_data_file_copy as select * from test_data_file --查看备份的表的记录数是否和以前

多重比对序列的格式及其应用   这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结.在做系统演化分析.序列功能分析.基因预测等,都需要涉及到多重序列比对.特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时,会遇到各种的格式,而这些格式是如何产生的,有什么区别,格式之间如何转换,从哪里可以下载到相关的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章将就这些问题进行总结与讨论.因为涉及内容较多,不足之处,欢迎大家补充或者批判. 生物信息学的基础是基

俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习! 软件工程的一般开发过程:愿景分析.业务建模,需求分析,健壮性设计,关键设计,最终设计,实现…… 时序图也叫序列图(交互图),属于软件工程里的第二步——业务建模阶段里的图,业务建模要求我们把视角从系统转向组织,要站在客户的角度看问题,以达到清晰准确地“知彼”,术语就是从组织的角度来定位系统的价值,从而避免软件项目的失败,因为大量软件项目失败的原因都是一个——最终实现和用户需求不一致!故业务建模也叫组织建模,切记在业务建模和需求分析