简单使用DESeq做差异分析 Posted: 五月 06, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq这个R包主要针对count data,其数据来源可以是RNA-Seq或者其他高通量测序数据.类似地,对于CHIP-Seq数据或者质谱肽段数据也是使用的. 由于DESeq是一个R包,因此使用它需要一点点R基础语法. 首先需要读入一个数据框,列代表每个sample,行代表每个gene database_all <- read.tab

最近遇到一个问题,如果因变量为一个连续变量(如胰岛素水平),主要考察的变量为分组变量(如正常血糖组,前糖尿病组,糖尿病组三组),现在的目的是想看调整多种变量(包括多个连续性变量和分类变量)后,胰岛素水平是否一致. 一开始的思路想到的是采用GLM进行协方差分析来解决. 但是有觉得似乎不是很对,因为经典的协方差分析通常只考虑一个连续变量(协变量)和一个分组变量,同时协变量和分组变量只有不存在交互的时候(经典协方差分析的前提)才能使用协方差分析.针对我目前的问题,如果想调整多个连续性变量和分类变量,这

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- 笔者寄语:异常值处理一般分为以下几个步骤:异常值检测.异常值筛选.异常值处理. 其中异常值检测的方法主要有:箱型图.简单统计量(比如观察极值) 异常值处理方法主要有:删除法.插补法.替换法. 提到异常值不得不说一个词:鲁棒性.就是不受异常值影响,一般是鲁棒性高的数据,比较优质. 一.异常值检验 异常值大概包括缺失值.离群值.重复值,数据不一致.

在数据挖掘的过程中,数据预处理占到了整个过程的60% 脏数据:指一般不符合要求,以及不能直接进行相应分析的数据 脏数据包括:缺失值.异常值.不一致的值.重复数据及含有特殊符号(如#.¥.*)的数据 数据清洗:删除原始数据集中的无关数据.重复数据.平滑噪声数据.处理缺失值.异常值等 缺失值处理:删除记录.数据插补和不处理 主要用到VIM和mice包 install.packages(c("VIM","mice")) 1.处理缺失值的步骤 步骤: (1)识别缺失数据:

R语言glm函数学习:  [转载时请注明来源]:http://www.cnblogs.com/runner-ljt/ Ljt 作为一个初学者,水平有限,欢迎交流指正. glm函数介绍: glm(formula, family=family.generator, data,control = list(...)) family:每一种响应分布(指数分布族)允许各种关联函数将均值和线性预测器关联起来. 常用的family: binomal(link='logit')         ----响应变量

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/TqFk66F2gUu_k8WEjKbLtA 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. lm/glm/t.test/chisq.test等模型结果,怎么提?复制粘贴还是broom? 一 载入数据及R包 1.1 mtcars数据集 #载入内置数据集mtcarshead(mtcars)                   mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec

当某个请求能够被成功路由的前提是它满足某个Route对象设置的路由规则,具体来说,当前请求的URL不仅需要满足路由模板体现的路径模式,请求还需要满足Route对象的所有约束.路由系统采用IRouteConstraint接口来表示路由约束,所以我们在接下来的内容中将路由约束统称为RouteConstraint. 在大部分情况下,约束都是针对路由模板中定义的某个路由参数,其目的在于验证URL携带的某部分的内容是否有效.不过也有一些约束与路由参数无关,这些约束规范往往是除URL之前的其他请求元素,比如

学过的统计知识忘光了,飞速恶补了一下能用到的,此篇多有错误今后看到再改= =||| 成对t检验(Paired ttest) 将两组测量值对应相减,再将所得差值看作服从正态分布的随机变量,然后再做关于差值的均值的假设检验. matlab:[h, p, ci, stats] = ttest(x, y, 'name', 'value'); ▷ OPTIONS: …'Alpha' :显著性水平(0, 1) …'Dim' :第一非单值维度(默认) …'Tail' :备择假设类型(‘both’(默认)|'r

#region 检验参数合法性,数值类型不小于0,引用类型不能为null,否则抛出异常 /// <summary> /// 检验参数合法性,数值类型不小于0,引用类型不能为null,否则抛出异常 /// </summary> /// <param name="arg">待检参数</param> /// <param name="argName">待检参数名称</param> /// <pa

通过<EnableCorsAttribute特性背后的故事>我们知道:由CorsPolicyProvider提供的CorsPolicy表示目标Action采用的资源授权策略,ASP.NET Web API最终需要利用它对具体的跨域资源请求实施授权检验并生成相应的CORS响应报头.在ASP.NET Web API的应用编程接口中,资源授权检验的结果通过类型CorsResult来表示. 一.CorsResult CorsResult定义在命名空间"System.Web.Cors"

R data analysis examples 功效分析 power analysis for one-sample t-test单样本t检验 例1.一批电灯泡,标准寿命850小时,标准偏差50,40小时的差值是巨大的,此研究设定效应值d= (850-810)/50,希望有90%的可能检测到,即功效值为0.9,还希望有95%的把握不误报显著差异, 问需要多少支电灯泡. H0=850,HA=810 library('pwr') pwr.t.test(d=(850-810)/50,power=0.

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Kolmogorov-Smirnov检验(K-S检验)基于累积分布函数,用以检验一个经验分布是否符合某种理论分布或比较两个经验分布是否有显著性差异. 两样本K-S检验由于对两样本的经验分布函数的位置和形状参数的差异都敏感而成为比较两样本的最有用且常规的非参数方法之一. 优点:该检验不依赖于要测试的累积分布函数,相比于卡方拟合检验(卡方检验需要50个以上的样本),不需要大量的样本. 缺点:只适用于连续分布:在分布中间敏感,在两端不够敏感:最大的局限在于整个分布需要完全确定,如果位置,形状等参数都是

1,T检验和F检验的由来 一般而言,为了确定从样本(sample)统计结果推论至总体时所犯错的概率,我们会利用统计学家所开发的一些统计方法,进行统计检定. 通过把所得到的统计检定值,与统计学家建立了一些随机变量的概率分布(probability distribution)进行比较,我们可以知道在多少%的机会下会得到目前的结果.倘若经比较后发现,出现这结果的机率很少,亦即是说,是在机会很少.很罕有的情况下才出现:那我们便可以有信心的说,这不是巧合,是具有统计学上的意义的(用统计学的话讲,就是能够拒

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Why ? 合法性检查对于程序的健壮性具有重要作用.在Android开发中,良好的合法性检查设计机制可以使程序更加清晰,产生bug更少,交互更加友好. What ? 合法性检查的目的在于确定边界.对于在程序中流动的数据来说,其流动路径往往是很复杂的.为了保证程序的健壮性,需要保证数据从一端流入并且从另外一端流出的过程中不会发生异常行为.数据流经的每一个方法都必须保证异常被正确处理.为了让每一个函数清晰简单,有必要在数据进入函数之前保证其合法性.让函数中的逻辑不受数据边界的影响. Who ? 接受

一.基本介绍(关于下列五个定义来自http://www.cnblogs.com/zhangziqiu/archive/2011/03/30/ComputerCode.html#!comments,谢原博主分享) 什么是机器数:一个数在计算机中的二进制表示形式,  叫做这个数的机器数.机器数是带符号的,在计算机用一个数的最高位存放符号, 正数为0, 负数为1.比如,十进制中的数 +3 ,计算机字长为8位,转换成二进制就是00000011.如果是 -3 ,就是 10000011 . 什么是真值:因为

一.模型假设 传统多元线性回归模型 最重要的假设的原理为: 1. 自变量和因变量之间存在多元线性关系,因变量y能够被x1,x2-.x{k}完全地线性解释:2.不能被解释的部分则为纯粹的无法观测到的误差 其它假设主要为: 1.模型线性,设定正确: 2.无多重共线性: 3.无内生性: 4.随机误差项具有条件零均值.同方差.以及无自相关: 5.随机误差项正态分布 具体见另一篇文章:回归模型的基本假设 二.估计方法 目标:估计出多元回归模型的参数 注:下文皆为矩阵表述,X为自变量矩阵(n*k维),y为因

主要记一句话: SPM的GLM模型中的β,指的是相应regressor对最后测量得到的信号所产生的效应(effect). 后续的假设检验过程实际上都是对各个regressor的β向量进行的. The figure above explains the meaning of file beta_000*.nii in the working directory of SPM 1st level analysis.

来源: http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ee13c2c01016div.html   1,T检验和F检验的由来 一般而言,为了确定从样本(sample)统计结果推论至总体时所犯错的概率,我们会利用统计学家所开发的一些统计方法,进行统计检定.   通过把所得到的统计检定值,与统计学家建立了一些随机变量的概率分布(probability distribution)进行比较,我们可以知道在多少%的机会下会得到目前的结果.倘若经比较后发现,出现这结果的机率很少,亦即是说,

柯尔莫哥洛夫-斯米尔诺夫检验(Колмогоров-Смирнов检验)基于累计分布函数,用以检验两个经验分布是否不同或一个经验分布与另一个理想分布是否不同. 在进行cumulative probability统计(如下图)的时候,你怎么知道组之间是否有显著性差异?有人首先想到单因素方差分析或双尾检验(2 tailed TEST).其实这些是不准确的,最好采用Kolmogorov-Smirnov test(柯尔莫诺夫-斯米尔诺夫检验)来分析变量是否符合某种分布或比较两组之间有无显著性差异. Ko