目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

Vc数据库编程基础MySql数据库的表查询功能 一丶简介 不管是任何数据库.都会有查询功能.而且是很重要的功能.上一讲知识简单的讲解了表的查询所有. 那么这次我们需要掌握的则是. 1.使用select 语句查询所有的字段跟指定的字段. 2.按照条件查询.使用运算符以及不同的关键字进行查询. 3.为表跟字段起别名 4.聚合函数的使用. 5.设置字段为主键. 也就是自动增长. 二丶.使用select 语句查询所有的字段跟指定的字段. 1.简单查询.以及需要了解的知识 查询所有命令:  select

前言 在平时大家安装数据库的时候,一般默认功能选择都会选择全选.但是前两天公司同事问我:"那么多功能为什么都能用到嘛?"顿时,我思考了一下确实没有详细了解每个功能的详细作用,于是花费一些时间将功能详细说明总结下来,那么数据库安装中哪些功能是必须的呢? 数据库功能详细说明 实例功能 数据库引擎服务 1.SQL Server 复制:包括一组技术,利用这些技术可以将一个数据库中的数据和数据库对象复制和分发到另一个数据库中,并在这些数据库之间进行同步以实现一致性.可以使用复制功能将数据分发到不

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

本篇讲诉如何在页面中通过操作数据库来完成数据显示的分页功能.当一个操作数据库进行查询的语句返回的结果集内容如果过多,那么内存极有可能溢出,所以在大数据的情况下分页是必须的.当然分页能通过很多种方式来实现,而这里我们采用的是操作数据库的方式,而且在这种方式中,最重要的是带限制条件的查询SQL语句: select name from user limit m,n 其中m与n为数字.n代表需要获取多少行的数据项,而m代表从哪开始(以0为起始),例如我们想从user表中先获取前五行数据项(1-5)的na

1.数据库简介 UniVec是一个数据库,可用于快速识别核酸序列中可能来自载体来源(载体污染)的片段.使用UniVec进行筛选是高效的,因为已经消除了大量冗余子序列,从而创建一个只包含来自大量载体的每个惟一序列段的一个副本数据库.除了载体序列,UniVec还包含用于克隆cDNA或基因组DNA过程中常用的adpter.linkers和引物的序列.这使得在载体筛选过程中可以发现这些寡核苷酸序列的污染.UniVec可以从NCBI FTP目录获得:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/p

Oracle数据库自发布至今,也经历了一个从不稳定到稳定,从功能简单至强大的过程.从第二版开始,Oracle的每一次版本变迁,都具有里程碑意义. 1979年的夏季,RSI(Oracle公司的前身,Relational Software,Inc)发布了Oracle第二版. 1983年3月,RSI发布了Oracle第三版.从现在起Oracle产品有了一个关键的特性--可移植性. 1984年10月,Oracle(RSI更名为Oracle)发布了第4版产品.这一版增加了读一致性这个重要特性. 1985年

mysql执行的sql脚本中注释怎么写? mysql 服务器支持 # 到该行结束.-- 到该行结束 以及 /* 行中间或多个行 */ 的注释方格: mysql; # 这个注释直到该行结束 mysql; -- 这个注释直到该行结束 mysql ; mysql+ /* 这是一个 多行注释的形式 */ ; 注意 -- (双长划) 注释风格要求在两个长划后至少有一个空格! 尽管服务器理解刚才描述的注释句法,但 MySQL 客户端的语法分析在 /* ... */ 注释方式上还有所限止: 单引号和双引号被用

1 环境搭建 1.1 Python安装 1.2 MySQL环境搭建 1.3安装MySQLdb  2 具体实现 2.1 登陆界面 2.2 注册界面 2.3 具体实现部分代码   1 环境搭建 1.1 Python安装 本文具体实现部分Python环境:Python2.7.14,64位版本 具体安装步骤见:Python 环境搭建 附:配置PythonIDE,推荐PyCharm(具体IDE界面见下图),下载点击运行即可使用 PyCharm 官方下载地址:http://www.jetbrains.com

一.视图 简介: 视图是一个虚拟表(非真实存在),其本质是[根据SQL语句获取动态的数据集,并为其命名],用户使用时只需使用[名称]即可获取结果集,可以将该结果集当做表来使用.使用视图我们可以把查询过程中的临时表摘出来,用视图去实现,这样以后再想操作该临时表的数据时就无需重写复杂的sql了,直接去视图中查找即可,但视图有明显地效率问题,并且视图是存放在数据库中的,如果我们程序中使用的sql过分依赖数据库中的视图,即强耦合,那就意味着扩展sql极为不便,因此并不推荐使用. 使用方法: #两张有关系

最近公司项目要使用myBatis,自己以前没有接触过,就在网上找到了一些资料研究了些.初步做出了基于myBatis连接mysql数据库的jdbc实现的功能. employee.java package com.org.position.model; public class employee { private int employeeId;// 员工id private String employeeName; //员工姓名 private String employeeSax; //员工性别

1.视图 视图是一个虚拟表(非真实存在),其本质是(根据SQL语句获取动态的数据集,并未其命名),用户使用时只需使用(名称)即可获取结果集,可以将该结果集当做表来使用 使用视图我们可以把查询过程中的临时表摘出来,用视图去实现,这样以后再想操作该临时表的数据时就无需重写复杂的SQL了,直接去视图中查找即可 但视图有明细的效率问题,并且视图是存放在数据库中的,如果我们程序中使用的sql过分依赖于数据库中的视图,即强耦合,那就意味着扩展sql极为不便,因此并不推荐使用 使用视图 #修改视图,原始表也跟

项目里新建表时model,mapper以及mapper.xml基本都是用Mybatis Generator(以下简称为MBG)自动生成的,但是MBG自动生成的model的注释实在有点非人类,至少中国人是完全接受不了的,在配置中禁用掉注释吧,倒是简单了,可是生成的model类光秃秃的,啥都没有,字段方法没有注释,使用很不方便,别人看也不知道这个字段是啥含义,到最后还是要自己添加,一张表多点几十个字段,特么添加累死了,不能这么干,得想法子,百度了一下网上,基本有两种方法,第一种,就是直接修改MGB的

原理 通过反射实体所在程序集,得到枚举值列表,再通过sql获取数据库表结构,两者拼接成sql. 规范 实体枚举字段最好也加上Description特性,方便多次更新: 代码 实体定义 public partial class ProviderContract : Entity<int> { /// <summary> /// 自增Id /// </summary> [Column("Id")] public override int Id { get

首先要在Oracle数据库创建表文件,包括建立表头以及关键字(唯一标识符),此次程序所用的表名称为SW_USER_INFO,表头有UNAME.UKEY.USEX等,关键字为UCC,然后添加一条记录,用户名称为system,密码为1.登陆原理为通过链接Oracle数据库,然后搜索表名称,根据关键字锁定记录,获取记录信息与登陆界面输入信息进行比对,信息一致即可登陆成功,反之则不通过.连接Oracle数据库代码如下: 1 import java.sql.Connection; 2 import jav

//修改注释 alter table user comment = '我要修改注释'; //新建表设定表注释及解释说明. create table AuthUser( ID ) primary key auto_increment comment '主键', NAME ) comment '姓名', CREATE_TIME date comment '创建时间' )comment = '用户信息表';

遇到一个项目,需要跨表网上找了很多的资料,整理一下,方便以后再次使用 背景:在一个mysql服务器上(注意:两个数据库必须在同一个mysql服务器上)有两个数据库: memory (存储常规数据表) 中有一个 user 表(记录用户信息) memory_stat (存储统计数据表) 中有一个 user_stat (记录用户统计数据) 现在在 user 表生成的 GridView 列表中展示 user_stat 中的统计数据 只需要在User的model类中添加关联. public functio

pycharm快捷键使用技巧 Ctrl+d 复制当前行.或者选择的块Ctrl+n 跳转到类Ctrl+shift+n 快速查找文件名Ctrl+shift+f 全局查找,快速查找关键字的文件Ctrl+shift+r 全局替换Ctrl+鼠标左键 查看源代码Ctrl+alt+方向左右键 看源码的时候前进返回Ctrl+a 全选ctrl+alt+l 格式化代码Ctrl+/ 注释选中的代码Alt+enter 自动导入包Tab 多行同时向后移动shift+tab 与Tab相反alt+选中像notepad++多行