EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR3

步骤一:打开链接并选择物种 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?hsa00001+3101 步骤二:对文件进行解析 步骤三:统计信息 一级结构(6大类): grep ^A dre00001.keg |les 二级结构(下面三种方法都行,54小类): grep ^B dre00001.keg |awk '$0 != "B" {print}' |les grep ^B dre00001.keg |grep -v 'B$' |les grep ^B

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具,官网链接如下: http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装: tophat-fusion 是集成在tophat软件中的,具体的安装参考tophat的安装就好了 使用方法: 对于tophat-fusion 而言,要求固定的目录结构,比如我在result 文件夹下进行tophat-fusion的分析 那么我需要在该目录下准备几个文件: 1)物种对应的re

下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可   wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击

️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站.通过它,能找到了几乎所有的注释资源.如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建. 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获取数据库 ah = AnnotationHub() 2. 搜索自己所需数据库并下载 res <- query(ah,"Spinacia oleracea") spinach_org <

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后

本文转载于https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIxNzEzODA5NQ==&mid=2649373408&idx=1&sn=232c2cb36dfde647a5c1f5103d213ddd&chksm=8fe0cc20b897453613450906548a7344d17b3a850be9103cb33b58b0c521212c81de1750e160&mpshare=1&scene=23&srcid=0619cPV

tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框 在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构 选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为 >tdbD00000241|

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具.这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索.这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入. 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的步骤. 下载 BLAST+软件包ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe,适用于运行64位Windows操作系统的PC上.

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意

主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd 因为昨天刚装了centOS,所以这里只贴出linux下的操作: 1. 进入linux服务器,下载aspera. 输入:wgethttp://downlo

先下载 assembly summary files The assembly_summary files report metadata for the genome assemblies on the NCBI genomes FTP site. Four master files reporting data for either GenBank or RefSeq genome assemblies are available under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.g

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460 前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何採用 sra-toolkit 下载 sra 文件,可是假设你想下载整个项目的全部样本.应该如何批量下载呢.以下參考biostar站点的部分回帖.做简介. R语言 SRAdb 包 參考 https://www.biostars.org/p