SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml  我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Ill

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ). 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的. SRA数据库数据来自高通量测序平台(Roche 454 GSSystem®,Illumina GenomeAnalyzer®,Applied Biosystems SOLiDSystem®,HelicosHeliscope

一个问题: 在某张表中,存在一个id列(整数),我们希望在添加记录的时候,该列从1开始,自动的增长,怎么处理? 解决方式:oracle是利用"序列"(sequence)来完成的. 序列(sequence)介绍 oracle中,是通过使用序列(sequence)来处理自动增长列. (1)可以为表中的列自动产生值. (2)由用户创建数据库对象,并可由多个用户共享. (3)一般用于主键或唯一列. 创建序列基本语法: create sequence 序列名称 start with 开始数字 i

--创建序列create sequence deptno_seqstart with 50increment by 10maxvalue 70cache 3; --为了方便演示,创建了一个和dept表结构相同的deptnew表create table deptnewasselect * from dept; --向表中插入数据,并通过序列给主键列deptno提供数据insert into deptnew(deptno,dname,loc)values(deptno_seq.nextval,'te

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

NCBI淘汰序列GI - 使用Accession.Version代替! 截至2016年9月,被称为“GI”的整数序列标识符将不再包括在NCBI支持的序列记录的GenBank,GenPept和FASTA格式中.FASTA标题将进一步简化,以便仅报告国际序列数据库协作(INSDC)和NCBI参考序列(RefSeq)项目管理的登录的序列登录号和记录标题. 当NCBI进行此转换时,我们鼓励具有依赖于GI的工作流的任何用户开始计划使用accession.version标识符.2016年9月之后,任何完全依

RNAcentral 是EBI 开发的一个非编码RNA的数据库. 网址如下: http://rnacentral.org/ RNAcentral 整合了包括 Ensembl, GENCODE,Greengenes, HGNC, LNCipedia, lncRNAdb, miRbase, NONCODE,RDP, RefSeq, Rfam, SILVA 在内的多个数据库,完整的数据库列表见如下链接:http://rnacentral.org/expert-databases.对于每一条非编码RNA

RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据,采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测: 网址如下: http://donglab.ecnu.edu.cn/databases/FusionCancer/

FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www.stbates.org/guilds/app.php 对于数据库而言,最直接的就是看一下数据库中存储的字段信息: 点击下面的链接,可以返回FUNGuild 数据库中所有的记录,返回的文件格式是json, 这种格式是网络中数据传输的标准格式,但是对于我们来讲看起来不够直观,可以通过脚本语言处理,格式化

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp

以下是对Ensembl突变数据库中储存的数据的描述,对于Ensembl数据库中不同的物种,我们从各种来源(例如,dbSNP数据库)导入突变数据(SNP.CNV.等位基因频率.基因型等),导入的突变数据和等位基因经过质量控制过程来标记可疑数据. 我们将突变分成几个不同的类,并计算突变的预测结果,并且我们还创建了突变集以帮助人们从特定数据集中检索特定突变体组. 我们计算了人类每个突变在种群中的连锁不平衡. 突变数据类型 Ensembl突变数据库储存了从外部导入的数据以及就算得来的数据. 外部导入的数

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+:可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测.   临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物.结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和描述基于宏基因组的天然产物途径,该过程与研究结果是天然产物研究领域中在近二十年来较为创新的技术.为使

mysql序列(这里只谈innodb引擎): 在使用mysql的AUTO_INCREMENT时,使用AUTO_INCREMENT的字段必须建有索引,也可以为索引的一部分.当没有索引时会报错:          由于mysql是索引组织表,数据存放在主键中,又由于自增列字段内容长度较小,建议选用自增字段为主键. 对于mysql来说AUTO_INCREMENT 的加锁模式是由参数innodb_autoinc_lock_mode决定的,不同的加锁模式加上的不同的insert方式对mysql产生不同的影

1.Oracle监听启动命令:lsnrctl start 2.   sqlplus 登录数据库 3.OS版本及Oracle版本 select banner from v$version; 4.查询该数据库的实例名 select name from v$database; 5.查询该用户下所有的表 select * from tab; 6.查询当前用户的缺省表空间 select username,default_tablespace from user_users; 7.查询当前用户的角色 sel

数据库切片模式关注的实现水平伸缩.切分是从单个数据库到平分数据访问两个或更多数据库切片.每个切片有和原始数据库相同的Schema.大多数据分布在每个切片每一行.从切片合并起来的数据和原始数据库一样.切片也被近似等同于水平分区(Horizontal Partitioning),网上很多地方也用水平分区来指代切片,二者之间实际上还是有区别的.的确,切片 的思想是从分区的思想而来,但数据库分区基本上是数据对象级别的处理,比如表和索引的分区,每个子数据集上能够有不同的物理存储属性,还是单个数据库范围内的

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460 前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何採用 sra-toolkit 下载 sra 文件,可是假设你想下载整个项目的全部样本.应该如何批量下载呢.以下參考biostar站点的部分回帖.做简介. R语言 SRAdb 包 參考 https://www.biostars.org/p

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如 以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序