NGS基础 - 高通量测序原理 原创: 赑屃 生信宝典 2017-07-23 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析.ChIP-seq分析.DNA甲基化分析.重测序分析五部分内容. NGS基础系列文章包括高通量测序原理,测序数据获取和质量评估,常见文件格式解释和转换4部分. 本文 (高通量测序原理) 涉及测序文库构建原理.连特异性文库的构建方式和识别方法.测序簇生成过程.双端测序过程.测序接头产生.PCR duplicate.测序通量选择标准等.

参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的

目录 1. 正文 1.1. 任务划分 1.2. 任务程序 2. 相关 1. 正文 1.1. 任务划分 使用高通量计算第一步就是要针对密集运算任务做任务划分.将一个海量的.耗时的.耗资源的任务划分成合适粒度的小任务,需要综合考虑资源.数据等多方面因素.HTCondor并不参与这方面的工作,任务划分需要用户自己实现. 默认情况下,HTCondor会把一个CPU核心当成一个计算资源.最理想的情况,就是计算集群网络内所有的集群主机都是同样的配置,数据也是易于划分的,那么可以按照计算机集群内CPU的总核心

目录 1. 正文 2. 目录 3. 参考 4. 相关 1. 正文 HTCondor是威斯康星大学麦迪逊分校构建的分布式计算软件和相关技术,用来处理高通量计算(High Throughput Computing )的相关问题.高通量计算中的Throughput应该是吞吐量的意思,也就是调度计算机资源的能力.与高性能计算(HPC)不同,高通量计算(HTC)应对的问题是在高性能的同时能够长时间稳定运行的能力,并充分利用集群或网络内计算资源.长时间计算时,集群或网络内计算资源往往是不可靠的,这中间蕴含了

目录 1. 正文 1.1. 一些问题 1.2. 使用建议 2. 相关 1. 正文 1.1. 一些问题 如果真正要将HTCondor高通量计算产品化还需要很多工作要做,HTCondor并没有GUI界面,更多更全面的功能在Linux系统下的命令窗口下更方便. 拆分任务也是使用者值得考虑的问题,很多的密集运算其实不太方便拆分,拆分后大概率要进行合并操作,这种合并操作可能也相当耗时,且只能单机运算不能进行分布式计算.拆分任务还需要一定的经验,即如何保证负载均衡,让所有的任务同时完成. 文件访问也是个值得

原文地址: IO读写的基础原理 大家知道,用户程序进行IO的读写,依赖于底层的IO读写,基本上会用到底层的read&write两大系统调用.在不同的操作系统中,IO读写的系统调用的名称可能不完全一样,但是基本功能是一样的. 这里涉及一个基础的知识:read系统调用,并不是直接从物理设备把数据读取到内存中:write系统调用,也不是直接把数据写入到物理设备.上层应用无论是调用操作系统的read,还是调用操作系统的write,都会涉及缓冲区. 具体来说,调用操作系统的read,是把数据从内核缓冲区复

手头有一套完整的PacBio技术资料,会慢慢的总结到博客上. 写在前面:PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS,一个是最新的Sequel,下面如果没有指明则是在讲RS平台. SMRT测序技术总览(SMRT® Sequencing Technology Overview) 首先必须对下面几个东西形成概念: 1.SMRT Cell:纳米制造的,不可回收的消耗品,每个 cell 里有 1M 的well(即ZMW),ZMW是单分子实时测序的最小场所. Sequel SMRT Cell 1M are

数据存储格式 Kafka的高可靠性的保障来源于其健壮的副本(replication)策略.一个Topic可以分成多个Partition,而一个Partition物理上由多个Segment组成. Segment分2部分:索引文件和数据文件.索引文件保存元数据,记录了消息在数据文件中的偏移(offset),消息有固定物理结构,保证了正确的读取长度. Segment文件带来好处:方便过期文件清理.只需要整体删除过期的Segment.以追加的方式写消息,顺序写磁盘极大提高了效率. 读取某offset消息

一些常用基本概念的介绍: flowcell流动池 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane通道 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果,1条序列一般称为1条reads bp base pair碱基对,用于衡量序列长度 双端测序 指一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测150bp junction 上面说的双端测序,中间会留有20

Nginx 首先要明白,Nginx 采用的是多进程(单线程) & 多路IO复用模型.使用了 I/O 多路复用技术的 Nginx,就成了”并发事件驱动“的服务器. 异步非阻塞(AIO)的详解http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-async/ 多进程的工作模式   1.Nginx 在启动后,会有一个 master 进程和多个相互独立的 worker 进程.   2.接收来自外界的信号,向各worker进程发送信号,每个进程都有可能来处理这个连接.

英文原文:Inside NGINX: How We Designed for Performance & Scale 为了更好地理解设计,你需要了解NGINX是如何工作的.NGINX之所以能在性能上如此优越,是由于其背后的设计.许多web服务器和应用服务器使用简单的线程的(threaded).或基于流程的(process-based)架构, NGINX则以一种复杂的事件驱动(event-driven)的架构脱颖而出,这种架构能支持现代硬件上成千上万的并发连接. Inside NGINX info

Nginx 是如何实现高并发的? 异步,非阻塞,使用了epoll 和大量的底层代码优化. 如果一个server采用一个进程负责一个request的方式,那么进程数就是并发数.正常情况下,会有很多进程一直在等待中. 而nginx采用一个master进程,多个woker进程的模式. master进程主要负责收集.分发请求.每当一个请求过来时,master就拉起一个worker进程负责处理这个请求. 同时master进程也负责监控woker的状态,保证高可靠性 woker进程一般设置为跟cpu核心数一

目录 1. 正文 1.1. 任务描述文件 1.2. 提交任务 1.3. 返回结果 2. 相关 1. 正文 1.1. 任务描述文件 前文提到过,HTCondor是通过condor_submit命令将提交任务的,这个命令需要提供一个任务描述文件.这个任务描述文件详细描述了任务运行的需求情况,如下所示: universe = vanilla requirements = (Arch == "INTEL" || Arch == "X86_64") && (O

目录 1. 目录 2. 进程 3. 命令 3.1. condor_q 3.2. condor_status 3.3. conodr_submit 3.4. conodr_rm 4. 相关 1. 目录 HTCondor环境配置完成后,安装文件目录如下: 其中bin目录里面存放了一系列condor_开头的可执行程序,正是通过这些指令程序来实现分布式计算的.其中有个GUI程序condor_birdwatcher.exe,打开后运行界面如下: 从程序名称可以看出这是个查看器程序,分别显示condor_q

目录 1. 概述 2. 安装 3. 结果 4. 相关 1. 概述 HTCondor是开源跨平台的分布式计算框架,在其官网上直接提供了源代码和Windows.Linux以及MacOS的安装包.因为平台限制的原因,在Windows下的功能是有所限制的,但其使用也是最直观方便的.为了更加便于了解使用情况,这里我还是采用Windows,建议后期有更多的需求或者基础足够好,可以直接上Linux. 2. 安装 在HTCondor官网上下载Windows安装包,直接打开运行: 点击"Next",显示

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

DNA甲基化测序方法介绍 甲基化 表观遗传学 DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在维持正常细胞功能.遗传印记.胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一. DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最 DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在维持正常细胞功能.遗传印记.胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一. DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,可能存

参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记. ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应).组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构. 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslin